（一）行政机构
30年代前，当地没有专门管理医疗卫生的机构，仅有国医研究会、中药同业公会和西医同业公会等组织。这些组织主要是协调开业者彼此之间的关系，处理一些重大问题。民国33年，县城的中医人员组织了中医师协会，主委为高杰堂，会址设在老砖街种德堂药店；西医组织了西医师协会，主委为徐绳武，会址设在炭厂街新华旅社。民国35年，西医师协会改为医师公会，理事长李保初，另有常务理事。医师公会负责审批城内从医开业人员，凡申请开业者，须由有名望的保人推荐方可审批开业。后来，民国县政府的卫生行政工作，除县政府督饬警佐办公处负责开展卫生运动外，又设有夏季防疫委员会及施种牛痘所等机构，负责防疫事宜。
民国38年，县卫生院建立后，负责防疫、治病和统管全具卫生行政工作。到1952年6月14日，县政府内设卫生科，配备4名工作人员，其中设科长1人。1961年9月，改为县卫生局。1963年6月，改为县人民委员会卫生科。“文化大革命”初期，卫生科工作一度瘫痪。1968年8月27日，成立亳县卫生科革命领导小组。1970年，改称亳县革命委员会卫生局。1980年11月，改为亳县卫生局，设局长1人、副局长3人。1981年10月，局内下设人秘、业务、财会、监察4个股。1986年6月，增设了药政股、药检所。
（二）医疗机构
清光绪三十三年（1907），山东省沂水县徐寿庭、朱献庭来亳开设献寿医院，地址在大牛市街中间路南（现华佗中医院牛市门诊部西）。这是本地开业最早的一所西医院。稍晚，徐树宣在小牛市街开设西医院。民国10年，美国女医师庆美瑞在王巷口路西开设了福音妇婴医院。民国14年，山东省人在门神街开设博济医院。民国25年前后，本地人在曹巷口开设普爱医院，在打铜巷开龙济药房，在南京巷（后迁纯化街西头）开设德仁医院，在王巷口计设济生医院，在纯化街开设大同医院，在北门口开设广济医院，在丁家胡同开设长济医院，在簧学巷口开设华英医院，在纸帮公所（何家巷）开设红十字医院，在葛仙庙也开设有医院。另外还有古月（贫民）、兄弟、谯陵、济华、伯英等医院开业。民国27年，在于鱼市开设博爱医院，在里仁街开设光明医院，在沙礓坑开设中华医院。其他还有广爱、广生、道宾、保兴、瑞民、永生、协济等医院和诊所。日军占领亳城后，在大隅首北边开办了汪伪亳县县立医院，朝鲜人神农在大隅首东路南开办了友邻医院（兼药房）。民国县政府在古城集开办了亳县县立医院。直到亳县解放前夕，全境共有医院、诊所40家（不包括散居在乡间的诊所），其中中医14家。西医26家。
民国38年7月1日，建亳县人民医院。1951年9月，有区卫生所16家，其他乡镇及城关各街道有西医诊所1家，中医诊所50家，中西医联合诊所52家。1952年3月，设亳县妇幼保健站。1956年3月，建亳县卫生防疫站和亳县中医联合医院（即华佗中医院的前身）。1959年7月，建亳县初级卫校。到1986年底，全市卫生医疗机构有市级5个，区级24个，乡级33个，此外还有街道、村镇开设的和个体开业的门诊部、诊所等。
市人民医院民国38年7月1日建院，地址初在半截楼西头路南，当时有职工8人，其中院长1人，医生1人，有房屋5间，30多种常用药品。不久搬到半截楼东头路南的一座大院内，有房屋近百间。医院招收了10多个练习生，开设治疗、收费、挂号等科室。到1950年8月，人员增至33人，分设了医务课、防保课、总务课。除担负治疗任务外，还负责全县卫生行政的管理。1952年，卫生行政工作转交卫生科。1955年5月，从半截楼迁入薛家巷姜家大院。1956年，撤销防保课，其业务交防疫站。时人员增至53人。亳县人民医院外科业务较好，邻近百余里来亳就医做手术者（阑尾切除、膀胱结石取出、鞘膜积液翻转、卵巢囊肿摘除等）甚多。1957年，该院副院长袁志昌代表安徽省县级医院参加在北京召开的医院工作会议。1966年，人员增至129人，病床增至180张，临床科室有内、外、妇、儿、骨、五官、传染等，医技科室有检验、放射、针灸、理疗等。到1976年，人员增至180人。1980年后发展较快，新盖3层门诊楼1座，2760平方米；4层病房楼1座，5590平方米；还新盖了老干部病房、急诊观察室等。并添置了大型医疗器械脑电图仪、心电图仪、B型超声波诊断仪、300亳安X机等，增设了神经内科、肿瘤科、泌尿科、计划生育咨询门诊等。1986年，门诊量达175379人次，住院6384人次，全年业务收入1893000元，是1976年的4.5倍。
华佗中医院1956年3月，由城关第二、第三联合诊所合并组成，地址在大牛市街路南，房屋14间，人员29人，其中中医15人，西医3人，中药调剂3人，其他人员8人。1962年，经卫生厅批准改为华佗中医院。1966年，改为白求恩医院。1975年，迁到环城东路，有病房32间640平方米。1976年，建门诊楼1座，1320平方米。人员增至80人，病床100张。设中医内、外、妇、儿、眼、骨、针灸、胃肠、肝病等科室，并恢复了华佗中医院的名称。1985年，卫生部长崔月犁为医院题写院名。1986年，又新建了2400平方米的病房楼，并增设了痔瘘、气功推拿、中医喉科。当年门诊量11万人次，住院1032人次，业务收入45.9万元，年终被省卫生厅评为文明中医院。
妇幼保健站1952年3月，在县医院内筹建，配备了妇科医生，开设妇幼门诊。1956年，从县医院分开，迁至大隅首东路南。1984年，又迁至人民东路64号新建的妇幼保健大楼。
卫生防疫站1952年3月，县医院防保课改为防疫股。1956年3月，成立了卫生防疫站，配备了专人，添置了设备。到1958年，各区（镇）都配备了专职或兼职的防疫医生。到1978年，各公社也配备了专职防疫医生，大队有不脱产的防疫员，形成了县（市）、区（镇）、公社、大队四级卫生防疫网。
工人疗养院1951年7月，亳县总工会在各基层工会特别是搬运和建筑工会的支持下，办起一所以工人为主要服务对象的工人医院，地址在爬子巷路北。当时只设内、外两科，5张病床，4个医务人员。次年，医院迁到里仁街路南，增加了人员，添置了设备，增加了科室，每天的门诊人次由20增加到60人次左右。
1969年，工人医院交给县卫生局管理，改为亳县第二人民医院，在亳城西南角选定了新院址。因预防地震，故因陋就简，搭起茅草棚（防震棚）30多间，以便应诊。这时人员增加到45人，内、外、妇、儿各科，基本齐全，并设有化验、放射等辅助科室。
1979年11月，经中共亳县常委会议研究决定，将亳县第二人民医院，由卫生局再交给县总工会管理。1981年6月，县总工会接收后改称为工人疗养院，并进行了扩建。到1985年，在城南新建工人疗养楼1幢，有平房89间，开放病床70张。共有医务人员48人，又增添了理疗机、心电图等现代化的医疗设备。从1981年到1985年底，共收住院疗养病人3751人次，门诊治疗85907人次。
区、镇卫生院1951年，采取自愿申请、私营公助的办法，组建城西、十河、双沟、古城、油河、城父、十九里、大寺、张阁、余集、颜集、张集、魏岗等区、镇卫生所13个。1952年，又增设了城北、立德、观堂3个区卫生所，并全部改为全民所有制。1955年，区卫生所调整为10个（城关、十河、双沟、古城、大杨、十九里、观堂、五马、张集、十八里）。1958年11月，上述卫生所全部改为公社卫生院，并增设了立德、城父、魏岗3个公社卫生院。1969年，共有社、场、镇卫生院23个。除水上公社卫生院是集体单位外，其他均为全民所有制单位。1979年，城北卫生院撤销，卫生医疗单位有22个。1986年，城关镇划分为3个办事处，城关由原来的1个卫生院遂改为花戏楼、汤陵、薛阁3个卫生院，另增办减店镇卫生院。