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地质地形
县境82.4％的面积为早期河间平原，由早期河流淤积而成。由于降雨、河流侵蚀和人类活动等影响，部分地区形成零星湖坡洼地和庄户地。
县境17.6％的面积为黄泛区平原，分布在涡河两沿。从河上游至河下游，宽度逐渐减小，呈“∨”形。其地面一般高出两边河间平原区地面1米左右，是涡河的天然堤防。
县境呈不规则的四边形，由西北向东南平缓倾斜，自然坡降为1／9000。7座残丘，地面高程平均为26.5米至33.5米。
地质
县境有巨厚的第四系松沉积物发育。其下隐伏有寒武系、奥陶系、石炭系和二迭系地层。涡河以北，有零星山丘出露，属寒武系，由灰岩和泥岩构成。由于构造运动差异，第四系厚度各地有所不同，涡河以北70至600米，北部较薄，南部较厚。涡河以南大于200米。
第四系中下更新统：顶板埋深85至120米，为厚层粘土、亚粘土及厚度不同的中细砂、砂砾石层，以及薄层粉细砂组成的河湖相沉积。
上更新统：顶板埋深约45米，厚40米至60米，为厚层亚粘土夹薄层，呈条带状细砂层或粉砂层，也属河流沉积。
全新统：为全区最新河流沉积物。古河道的发育方向与现代河流基本一致，为西北至东南向。总厚为30米至50米，分为上、中、下三段。下段：厚20米至25米，有两个韵律层。下部韵律多为浅黄色粉砂，或亚砂土与青黄、褐黄色亚粘上层互相交迭；上部韵律厚10米至12米，为薄层浅灰色粉细砂、细砂与青黄、褐黄色亚粘上层互相交迭。其顶部有7层厚8米至5米黑色淤泥质，夹杂含有机物的亚粘土。中段：厚16米至23米，露于地表。岩性为青黄杂色、褐黄色亚粘土与浅黄色亚砂土及浅灰色、浅黄色粉细砂、中细砂层互相交迭。在古河道带中，砂层厚度增大，以中细砂及粉细砂为主，砂层埋深多在4米至19米，含有白色淡水螺蚌等石化程度不高的化石及碎片。在青黄杂色亚粘土内，含大量钙质结核及铁锰结核。上段：分布在现代河流两侧的泛滥带内。在涡河及其主要河流两侧，多有1米至3米灰白色粉砂或亚砂土；远离河谷的泛滥带内，多为棕红色亚粘土，厚度由1.5米变化到0.5米。
山脉 涡河以北有7座残丘，孤不成岭，占地总面积为6.22平方公里。
龙山该山座向东北，海拔105.3米，距县城12.5公里，占地面积1.41平方公里。
东山该山在龙山集东2.5公里，又名独山或蜘蛛山，海拔93米，占地面积0.71平方公里。
西山该山在龙山西2公里，又名塔山或凤山，海拔52米，占地面积0.97平方公里。
石弓山该山座向东北，海拔68.3米，距县城30公里，占地面积2.19平方公里。
郭独山该山在石弓山东3.5公里，又名嵇山，海拔54.3米，占地面积0.31平方公里。
齐山该山距县城34公里，海拔47.3米，占地面积0.23平方公里。
辉山原名灰山，1945年新四军四师十一旅在此建“烈士陵园”，改为现名。距城35公里。山多黄石，又名黄石山，海拔40米，占地面积0.4平方公里。
除石弓山外，其余6座山石均系石灰岩。
河流
县境内主要水系有涡河、包河、北淝河、西淝河，顺地势自西北流向东南。此外，有武家河、芡河、界洪河等。
涡河水系：源出河南省通许县大青岗，东南流至安徽亳县西北，汇惠济河而水始大。又东向南，流经亳县城父寨七里桥入县境。
涡河流至义门集东南，漳河（现称“章河”）自西南注入。后曲折东流至大石桥，拖江沟自北注入。
东南流至乾柴庙，龙凤沟自南注入。
东流至赵屯南，薛沟（姚子沟）水自南注入。
东南流至彭渡口，湖沟水自南注入。
东流至孙楼北，界洪河水自南注入。
东流至县城北，界沟水自南注入；雉河水（现称武家河）自西北注入。
东流过县城北。五道沟水自北注入。
从县城东北角折转南流，至官路口东去，葛沟水自南注入。
东流至杨楼西，蔡沟水自北注入。
东流至蒙关店北铁牛岭，白膏沟水自南注入：普沟水自北注入。
东南流，张沟水自北注入。
东流至解庄，解沟水自南注入。
东流至桥口张南，马沟水自北注入。
南流至王辛庄，沈沟水自西注入。
折转东流至杨瓦房西，白羊沟水自北注入。
东南流至刘沟西北，黑沟水从东北注入。
东南流，银沟水自南注入。
东南流至小王园南，文沟水自东北注入。
东南流至西阳集北，金沟水从东南注入。
东流至涡阳与蒙城边界前张庄，青羊沟水自北注入。
自此，涡河人蒙城县界。涡河经县境55公里，流域平均宽度16.7公里，流域面积1268平方公里。总落差58.7米，河床平均比降0.3‰，河上口宽190米至200米，底宽140米至160米。最高水位30.45米，出现于1963年8月7日。最低水位18.99米，出现于1960年3月4日。最大流量每秒2480立方米，出现于1963年8月6日。最小流量每秒40立方米，出现于1962年8月21日。建涡阳闸后，闸上最高水位为30.15米，出现于1976年；最低水位为22.73米，出现于1971年；闸下最高水位为28.66米，出现于1971年；最低水位22.27米，出现于1972年。
包河水系：在县境东北，源出河南省黄河故道南岸，至河南省永城县大土店南荆庄入县境。喇叭沟水从河南永城县境内来，自北注入。
东南流至许庄，新四沟、安乐沟合流注入。
流至丹城集北东去，钱沟水自北注入。
东南流至董阁庄南，董王沟水自东北注入。
东南流至西神桥东北，双沟水自南注入。
东南流，荆沟水自北注入。
东南流至祁沟庄南，祁沟水自北注入。
东南过石弓集西南，折转至南又东去，东沟水自北注入。
东南流至罗沟庄东北，岭子沟水自南注入。
东流至石羊西，西寺沟水自南注入。
东流至郑楼东，郑沟水自南注入。
自此，包河越界入濉溪县，流域面积262平方公里。在县境行22公里。
北淝河水系：在县境东部，源于河南商丘。1953年，兴办引淝入涡工程，太清宫集以上由五道沟、青羊沟两处截入涡河；以下，北淝河归原道。至顺河集东南，蒋沟水自北注入。
东南流至曹市集东南，殷家河自北注入。
自此，河东流入蒙城，在县境行16公里，流域面积280平方公里。
西淝河水系：上游称清水河，源于河南太康马厂集。至安徽亳县入县境西南，始称西淝河。该河沿太和与涡阳县界南去，界洪河水自东注入。
南流，流沟水自太和境西注入。
南流，白玉港沟水自太和境西注入。
东南流，任沟水自东北注入。
南流入利辛，在县境行8公里，流域面积263平方公里。
武家河：又名雉河，源出河南商丘的沙河，东南流入亳县。由县西北张庄入境。
东南流至周桥北，拖江沟水自北注入。
东南流至袁大庄南，大羊沟水自南注入，小金沟水自北注入。
南流，母猪沟水自东北注入。
南流至袁小桥东，丰产沟水自西注入。
东南流至江庄南，李沟水自西注入。
东南流至刘庄东，宋江沟水自东北注入。
南流至丁集南，宋沟水自西注入。
南流至韩胡同北，回龙沟水自西注入。
西南流，太平沟水自西注入。
东南流至张老家南，小黑沟水自北注入。
东南流至梁园北，涡兴河水自北注入。
东南流至城关入涡河，在县境行35公里。
芡河：源于县城西20公里处的清游湖。
东南流至杉木桥北，与薛沟会合。
东南流至沈庄东，与胡沟会合。
东南流至花沟集北，与涡标河会合。
东南流，与石雁沟会合。
东南流至公吉寺北，与界洪河会合。
东南流至赵桥西，与涡楚河会合。
东南流至董楼南，与白膏沟会合。
东南流至郭圩庄东，银河水自东北注入。
东南流入利辛，在县境行16公里。
1954年至1955年，该河于石雁沟、白膏沟、北风沟8处分段引入涡河。
界洪河：1958年开挖，自高公向东北，至孙楼东北入涡河。再东北向，至青疃麻疯病院西北而中断。
县境17.6％的面积为黄泛区平原，分布在涡河两沿。从河上游至河下游，宽度逐渐减小，呈“∨”形。其地面一般高出两边河间平原区地面1米左右，是涡河的天然堤防。
县境呈不规则的四边形，由西北向东南平缓倾斜，自然坡降为1／9000。7座残丘，地面高程平均为26.5米至33.5米。
地质
县境有巨厚的第四系松沉积物发育。其下隐伏有寒武系、奥陶系、石炭系和二迭系地层。涡河以北，有零星山丘出露，属寒武系，由灰岩和泥岩构成。由于构造运动差异，第四系厚度各地有所不同，涡河以北70至600米，北部较薄，南部较厚。涡河以南大于200米。
第四系中下更新统：顶板埋深85至120米，为厚层粘土、亚粘土及厚度不同的中细砂、砂砾石层，以及薄层粉细砂组成的河湖相沉积。
上更新统：顶板埋深约45米，厚40米至60米，为厚层亚粘土夹薄层，呈条带状细砂层或粉砂层，也属河流沉积。
全新统：为全区最新河流沉积物。古河道的发育方向与现代河流基本一致，为西北至东南向。总厚为30米至50米，分为上、中、下三段。下段：厚20米至25米，有两个韵律层。下部韵律多为浅黄色粉砂，或亚砂土与青黄、褐黄色亚粘上层互相交迭；上部韵律厚10米至12米，为薄层浅灰色粉细砂、细砂与青黄、褐黄色亚粘上层互相交迭。其顶部有7层厚8米至5米黑色淤泥质，夹杂含有机物的亚粘土。中段：厚16米至23米，露于地表。岩性为青黄杂色、褐黄色亚粘土与浅黄色亚砂土及浅灰色、浅黄色粉细砂、中细砂层互相交迭。在古河道带中，砂层厚度增大，以中细砂及粉细砂为主，砂层埋深多在4米至19米，含有白色淡水螺蚌等石化程度不高的化石及碎片。在青黄杂色亚粘土内，含大量钙质结核及铁锰结核。上段：分布在现代河流两侧的泛滥带内。在涡河及其主要河流两侧，多有1米至3米灰白色粉砂或亚砂土；远离河谷的泛滥带内，多为棕红色亚粘土，厚度由1.5米变化到0.5米。
山脉 涡河以北有7座残丘，孤不成岭，占地总面积为6.22平方公里。
龙山该山座向东北，海拔105.3米，距县城12.5公里，占地面积1.41平方公里。
东山该山在龙山集东2.5公里，又名独山或蜘蛛山，海拔93米，占地面积0.71平方公里。
西山该山在龙山西2公里，又名塔山或凤山，海拔52米，占地面积0.97平方公里。
石弓山该山座向东北，海拔68.3米，距县城30公里，占地面积2.19平方公里。
郭独山该山在石弓山东3.5公里，又名嵇山，海拔54.3米，占地面积0.31平方公里。
齐山该山距县城34公里，海拔47.3米，占地面积0.23平方公里。
辉山原名灰山，1945年新四军四师十一旅在此建“烈士陵园”，改为现名。距城35公里。山多黄石，又名黄石山，海拔40米，占地面积0.4平方公里。
除石弓山外，其余6座山石均系石灰岩。
河流
县境内主要水系有涡河、包河、北淝河、西淝河，顺地势自西北流向东南。此外，有武家河、芡河、界洪河等。
涡河水系：源出河南省通许县大青岗，东南流至安徽亳县西北，汇惠济河而水始大。又东向南，流经亳县城父寨七里桥入县境。
涡河流至义门集东南，漳河（现称“章河”）自西南注入。后曲折东流至大石桥，拖江沟自北注入。
东南流至乾柴庙，龙凤沟自南注入。
东流至赵屯南，薛沟（姚子沟）水自南注入。
东南流至彭渡口，湖沟水自南注入。
东流至孙楼北，界洪河水自南注入。
东流至县城北，界沟水自南注入；雉河水（现称武家河）自西北注入。
东流过县城北。五道沟水自北注入。
从县城东北角折转南流，至官路口东去，葛沟水自南注入。
东流至杨楼西，蔡沟水自北注入。
东流至蒙关店北铁牛岭，白膏沟水自南注入：普沟水自北注入。
东南流，张沟水自北注入。
东流至解庄，解沟水自南注入。
东流至桥口张南，马沟水自北注入。
南流至王辛庄，沈沟水自西注入。
折转东流至杨瓦房西，白羊沟水自北注入。
东南流至刘沟西北，黑沟水从东北注入。
东南流，银沟水自南注入。
东南流至小王园南，文沟水自东北注入。
东南流至西阳集北，金沟水从东南注入。
东流至涡阳与蒙城边界前张庄，青羊沟水自北注入。
自此，涡河人蒙城县界。涡河经县境55公里，流域平均宽度16.7公里，流域面积1268平方公里。总落差58.7米，河床平均比降0.3‰，河上口宽190米至200米，底宽140米至160米。最高水位30.45米，出现于1963年8月7日。最低水位18.99米，出现于1960年3月4日。最大流量每秒2480立方米，出现于1963年8月6日。最小流量每秒40立方米，出现于1962年8月21日。建涡阳闸后，闸上最高水位为30.15米，出现于1976年；最低水位为22.73米，出现于1971年；闸下最高水位为28.66米，出现于1971年；最低水位22.27米，出现于1972年。
包河水系：在县境东北，源出河南省黄河故道南岸，至河南省永城县大土店南荆庄入县境。喇叭沟水从河南永城县境内来，自北注入。
东南流至许庄，新四沟、安乐沟合流注入。
流至丹城集北东去，钱沟水自北注入。
东南流至董阁庄南，董王沟水自东北注入。
东南流至西神桥东北，双沟水自南注入。
东南流，荆沟水自北注入。
东南流至祁沟庄南，祁沟水自北注入。
东南过石弓集西南，折转至南又东去，东沟水自北注入。
东南流至罗沟庄东北，岭子沟水自南注入。
东流至石羊西，西寺沟水自南注入。
东流至郑楼东，郑沟水自南注入。
自此，包河越界入濉溪县，流域面积262平方公里。在县境行22公里。
北淝河水系：在县境东部，源于河南商丘。1953年，兴办引淝入涡工程，太清宫集以上由五道沟、青羊沟两处截入涡河；以下，北淝河归原道。至顺河集东南，蒋沟水自北注入。
东南流至曹市集东南，殷家河自北注入。
自此，河东流入蒙城，在县境行16公里，流域面积280平方公里。
西淝河水系：上游称清水河，源于河南太康马厂集。至安徽亳县入县境西南，始称西淝河。该河沿太和与涡阳县界南去，界洪河水自东注入。
南流，流沟水自太和境西注入。
南流，白玉港沟水自太和境西注入。
东南流，任沟水自东北注入。
南流入利辛，在县境行8公里，流域面积263平方公里。
武家河：又名雉河，源出河南商丘的沙河，东南流入亳县。由县西北张庄入境。
东南流至周桥北，拖江沟水自北注入。
东南流至袁大庄南，大羊沟水自南注入，小金沟水自北注入。
南流，母猪沟水自东北注入。
南流至袁小桥东，丰产沟水自西注入。
东南流至江庄南，李沟水自西注入。
东南流至刘庄东，宋江沟水自东北注入。
南流至丁集南，宋沟水自西注入。
南流至韩胡同北，回龙沟水自西注入。
西南流，太平沟水自西注入。
东南流至张老家南，小黑沟水自北注入。
东南流至梁园北，涡兴河水自北注入。
东南流至城关入涡河，在县境行35公里。
芡河：源于县城西20公里处的清游湖。
东南流至杉木桥北，与薛沟会合。
东南流至沈庄东，与胡沟会合。
东南流至花沟集北，与涡标河会合。
东南流，与石雁沟会合。
东南流至公吉寺北，与界洪河会合。
东南流至赵桥西，与涡楚河会合。
东南流至董楼南，与白膏沟会合。
东南流至郭圩庄东，银河水自东北注入。
东南流入利辛，在县境行16公里。
1954年至1955年，该河于石雁沟、白膏沟、北风沟8处分段引入涡河。
界洪河：1958年开挖，自高公向东北，至孙楼东北入涡河。再东北向，至青疃麻疯病院西北而中断。
