清光绪二十二年（公元1896年）后，涡阳连遭水旱灾害，“三年颗粒无收”（《涡匪纪实》赵尔巽全宗第十一号），“涡河两岸十室九饥”（袁大化《光绪戊戌平定涡匪纪事本末》）。光绪二十三年（公元1897年），涡阳县知县陈福源，谎报丰年，逼百姓缴纳银粮。次年，继任知县欧阳霭，严令催科，民间怨声载道，一触即发。曹市集在县城东20多公里处，与蒙城、濉溪接壤，交通闭塞。30余年前，该集为捻军蓝旗的发祥地。捻军失败后，少数蓝旗部众携器械、旗帜回乡隐居。捻军反抗官府的斗争，一直流传民间，为百姓所敬慕。迫于生计，刘朝栋在曹市集揭竿起义，数日之内，从者数十万。义军攻占龙山、义门，席卷涡阳全境。
由于起义带有很大的盲动性，缺乏统一严密的组织和指挥。农民的狭隘观念，导致起义首领胜利时脱离群众，报复杀人，在训练、组织有素的清军面前，这次起义不可避免地失败了。
聚众起义
刘朝栋，原籍涡阳县丹城集西北刘洪庄，自幼流落在青疃集帮工。因脑后生有瘤，绰号“刘疙瘩”。光绪二十四年（公元1898年），刘往来涡阳、宿州、亳州及河南永、夏间，与曹市集茶馆主人牛汝秀，捻首魏坤之子魏德成、丰集邵大法结伙贩私盐，率饥民抢富户粮款，成为县衙的拘捕对象。光绪二十四年（公元1898年）十一月间，邵大法在丰集率饥民均分富户钱粮，被清军追捕，匿藏在刘朝栋家。十一月十八日，刘朝栋、牛汝秀、魏德成在县东北柴村庙烧香结盟，准备起事。事后，刘对邵大法说：“败露而就栓与谋反以罗法，等死耳！幸能逃生，孰若反。”（《安徽文史资料选编》第十三辑：《刘疙瘩起义》）便决定乘龙山游击何师程赴寿州之机，揭竿起义。
十一月二十六日午时，曹市集逢集，刘朝栋、牛汝秀、魏德成、余盛五、位金山、位银山等领100余人，化装成过路行人，去曹市集。在集上，牛汝秀突然举出大红旗，沿街高呼：“岁饥无食，吾辈且饿死！刘某起义，何不从之！”（赵尔巽全宗第十一号卷：《涡匪纪实》）当时，应声如雷，蜂拥入盐栈抢之。出集后，跟随者己有六七百人。是夜，刘朝栋、牛汝秀在魏庄魏德成家商议，后去古桥集宝小端家计划树旗扩军。有刘元善、许绵阳、郑国、王三波、王全栋、韩德修等人集合五六百人参加。二十七日晨，刘朝栋等人又去曹市集，在故清将牛师韩家，收取竹竿标枪30余支及洋枪弹药，再次抢砸盐店和10余家富户，回大魏庄庆祝起义。魏德成自认为是捻军旗主子孙，应为盟主，遭刘朝栋部下反对。刘、魏间为争夺盟主发生矛盾。
涡阳县知事欧阳霭，从蒙城回县，募集百余人，指定本县士绅魏禄、王开朗、马骥等率领团丁闭城防守。为安抚城内饥民，不得不开仓赈济，并禀报寿、亳二州清军求援。
十一月二十八日，魏德成自领一军，去石弓攻打盐店。魏军未到，石弓集周德恒、马大嘴等率领饥民，将集上的盐店夺取一空，并占领稽山。同日夜，刘朝栋，牛汝秀、魏德成、余盛五、周德恒、马大嘴等各率部属，与顺河集刘天骥部会合，计3000余人去龙山。是夜三更，以1000多人围攻清军龙山营（驻亳州清军韩全明率马队一哨驰援，带错枪弹，已退入涡阳县城）。义军放火烧龙山营南门，清千总吴有谋率兵士灭火，相持3小时之久。义军佯攻龙山营西南，又遣主力焚烧东门，清军溃乱。刘朝栋据龙山顶，指挥进攻。黎明前夕，义军攻占龙山。杀清军外委吴玉楷、练总张德馨、队目郜廷杰，掳获龙山营关防、军旗、大炮、洋枪、弹药、马匹、饷银。夺取盐店、富户粮银。义军死200余人，后抵涡阳南境；颍州的马、步两哨也至县城。龙山营游击何师程，于十一月二十九日从寿州返涡阳县城。
丹城绅士王品刚，宴请刘朝栋、魏德成等，故意在宴前高叫恭请盟主升座。魏德成昂然居上座，王品刚率众下拜，欢呼盟主。刘朝栋羞怒交加，几乎未能终席。十二月一日，刘朝栋约魏德成赴丹城议事，指使刘元善在途中杀德成及其两个胞弟。同日，刘朝栋自称汉王，被推为“大汉盟主”，树黄旗。
攻占义门
十二月一日，新兴集孙凌志、燕怀君（亦名燕鸿勋）、燕超凡等率众起义，攻取新兴、牌坊两集官盐店，占领赵旗屯集。随之，集中数千人进攻义门集。清军驻义门巡检宋超、把总孙传曾等率兵分股守集。双方相持半日，义军撤退。二日，邵大法在丰集起义，自封“仁义王”。一日内发展到4000余人。
燕怀君、孙凌志邀请刘朝栋率部攻义门集。刘朝栋约邵大法率部相助。义门集内富者闻讯，纷纷外逃。清巡检宋超也将妻儿送至亳州。十二月三日，义军攻义门，宋超、孙传曾外逃。义军入义门集，不准烧杀，用红布包头，剪去一半发辫，马也去其尾。缴获物资运往丹城。刘朝栋效仿王侯，穿清将黄马褂，“行则排刀数十柄，护马数十匹。”（赵尔巽全宗第十一号：《涡匪纪实》）原定于四日集结义军5万，车500辆攻县城。因各路队伍未按时到达，清军防守严密，计划落空。同日，孙志隆在众兴集起义。
十二月三日至十一日，清政府下颁10余道通电令和上谕，令苏、豫、皖、鲁等省官吏，速调兵赴涡阳县镇压。三日，清安徽提督韩企云率二营兵丁抵涡阳。五日，清军卓胜营由王凤台率领抵涡阳。六日，两江总督刘坤一派衡军三旗、护军三旗、亲军二旗开往涡阳；同日，河南归德镇总兵武朝聘率三营兵马，扼守永、夏防境。在马村桥、耿皇寺一带，截阻义军交通。涡阳县知县欧阳霭调省察看发落，另派候补知县王树鼎代理。
十二月五日，李向善、周大泰、李传等在丰家集起义。六日，孙仲一、赵金朗（即赵金郎）、冯东鲁在楚店集起义；葛怀玉、葛小五在西阳集起义。两葛南联廉广运部义军，西结程大闪、程二闪部义军，声势颇大。李韶、赵学宗在李门集（张村铺南端）起义。上述各部先后与邵大法部会合，占领拓树店，攻克程家寨。七日，燕怀君一军在耿皇寺北，败于归德镇总兵武朝聘，由赵旗屯南渡涡河。
刘朝栋遇难
邵大法误闻刘朝栋失败，十二月七日，率军5000余人由丰集北上，遇燕怀君所率的义军。两军合后，经花沟集、临湖铺、彪狸铺（即标里铺）、孙村店，至张村铺。张村铺圩长备猪羊款待，贿赂银钱、鸦片各2000两，马10匹，均被邵大法拒绝。邵闻袁好文在阎集起义，自称“三齐王”，当晚又率军南进。在陈家圩，圩长陈庆之佯作款待，潜伏团丁袭击邵大法，义军被杀数百人。邵大法受伤逃脱，指挥义军歼陈家圩团丁。是夜，军经周圩，歼该圩团丁。八日，邵大法兵分两路。一路1000余人入王市集。后在冯家圩与阜阳知县黄家杰民团作战，互有死伤。十一日，进攻洱家铺、张家圩等地。十二日，义军在路家圩败于黄家杰的团练，撤至淝河口，抢渡时互相践踏，渡河后幸存十分之二三。另一路由邵大法自领，进攻蔡湖东西村圩，失败。后又遇清军卓胜营马队，已溃不成军。邵大法创伤剧发，率孙仲一等数十人匿隐在邵小庄养伤。族人邵甲告密，被刘秉乾率团练捕获，解往军营，审讯中，邵“噤暗不答”。（赵尔巽全宗第十一号卷：《涡匪纪实》）十三日，与孙仲一等被害。十五日，刘将邵大法首级送涡阳报功，被郭宝昌骑兵夺走。
十二月十三日，袁好文探知邵大法被害，率军经佛镇集、董家圩，被袁怀锷等团练截击，袁好文战死，全军覆没，冯东鲁率一队义军，于十二月九日从张村铺西出，入阜阳县界。十日，在太和三塔集破王家寨，杀圩长王三哭。燕怀君率一队义军出张村铺，攻战周家寨后，从四大王庙入阜阳境内。冯燕两军，后均被团练分截击败。冯、燕先后被俘，十三日，同在蒙城殉难。清凤颍道李桂馨率军抵龙山营据守。十二月六日，刘朝栋、牛汝秀、余威五、葛怀玉等率义军在张老家遇清卓胜营王凤台军。义军战败，退往丹城，在燕牌坊和石弓山之间，又遇豫军武朝聘马、步三营阻截，损失惨重。七日，刘朝栋探知清军要围攻丹城，率军去临涣集，计划在八日夜，袭击清徐州总兵刘青煦所率援军。因刘军未到，计划落空。
清道员袁大化，涡阳县殷庙人，回家探亲，十二月八日，抵临涣集。正逢刘朝栋起义。袁访刘青煦，劝从速镇压。九日上午，义军离临涣集4公里，遇清军刘青煦部。义军且战且退至道竹桥，从北路包抄清军。清宿州盐巡数十骑从东北方向冲入，义军火药车（在包河南张楼）被击中，阵角紊乱。退却时，刘朝栋中炮落马，被部下救起。十日上午，刘青煦抵青疃集，探得义军在集西，即督军追赶。
刘朝栋、牛汝秀、孙凌志等率义军5000人，在青疃集西集结，分10队南北列阵，背倚段大营村，前据两个相隔1公里许的村庄，预防清军抄袭。清军分左、中、右三路，前马后步，步战马援。因中路马队妨碍步枪射击，袁大化建议，马队绕前面两村抄义军后路攻击。刘从计，自督中路进攻。义军排列数百队，蛇行逼近清军。清军左右马队遇伏击，退归中路，义军趁势包围。清军右路马队官熊长春不知发枪，袁大化暂令清军从北横击。义军败，退入段家营，被清军包围，死伤惨重。残部退却时又遭团练截杀。十一日，清军在樊将寺中义军伏击。义军西行，至龙山焦楼，被圩长魏学堂、清游击焦承佑率民团3000人夹击，败退至高庄、小王家，又遇卓胜营，全军战没。
刘朝栋、刘元善等5人乘骑返回青疃集，匿藏在集北大刘庄王金栋家，被刘长太诱擒，押县请功。行至涡北台子寺，被何师程部劫走，解交高炉集郭宝昌营。十二月十二日，刘朝栋在高炉就义。
葛怀玉潜回家乡，化装乞丐，带妻子外逃，在蒙城西鄙村被人识破，惨遭杀害。牛汝秀延至光绪二十五年（公元1889年）正月十四日，在蒙城骆驼铺被捕，押至蒙城被惨杀。余盛五、刘元善逃走，不知所终。亳州饥民闻刘朝栋起义，也举旗响应，入涡阳境内，知刘已败，即回。