地下水在北部和西部比较丰富，南部比较贫乏。
沿江圩区平原和青通河、九华山、秋浦河和黄湓河的河谷平原，以松散岩类孔隙水为主，含水层为河床相砂、砂砾石为主，厚5～38米，水位埋深在3～7米之间，出水量大于50吨/小时，属于矿化度小于0.5克/升的碳酸盐淡水。
南部低山丘陵以碳酸岩裂隙岩溶水为主，含水层位是下古生界的碳酸岩和下二至奥陶系灰岩的构造复合部位，富水程度不等，在贵池市刘街——高坦——东至县花园一线，出水量为10～30吨/小时；石埭县的六都——横渡——东至县的石城一线，出水量大都在50吨/小时以上，裂隙岩溶水的水位埋深一般小于15米，在石埭县城附近局部形成高出地面0.30米的自流水。水质良好，均为淡水，矿化度小于0.5克/升。
在九华山花岗岩体的范围内，地下水贫乏。但由印支期侵入岩所形成花岗闪长岩的青阳、许家坦岩体，由于极易风化剥蚀，在山间贫地内埋藏有风化裂隙水，水量一般在10～15吨/小时，水质良好。