解放前，两县无防汛抗旱机构。1949年6月，东流县成立了县防汛委员会，有圩口的区成立区防汛委员会，广丰圩以原有堤工委员会为防汛领导机构。1950年6月，东流县成立县防汛总队部，内设宣教、民力、技术、总务4股，指挥全县防汛工作。大渡口、瓦垄、香隅3个区成立防汛大队部，26个村设防汛中队，各圩口以堤工委员会为基础，建防汛委员会，广丰、广惠两圩设防汛指挥部。3个防汛圩区设防汛指挥员1人，代替县总队部推行、检查、督促防汛工作。1955年，东流县改防汛总队为防汛指挥部。1958年，东流县将防汛指挥部改为防汛抗旱指挥部。1959年，建立东至县防汛抗旱指挥部。1968年，改称东至县革命委员会防汛抗旱指挥部。1981年，恢复东至县防汛抗旱指挥部。自1959年后，各区、乡（公社）成立防汛抗旱指挥所，广丰圩、大板水库等重点工程在汛期也成立防汛指挥所。
县防汛抗旱机构，为全县最高防汛抗旱指挥机构。常设于县政府或水电局办公。指挥长（总队长）由历届县长（革委会主任）兼任，副指挥长（副总队长）由主管副县长（革委会副主任）、县人武部长、农工部长、农办主任（农委主任）、水电局长兼任。指挥部下设办公室，是指挥部的办事机构。根据当年防汛抗旱的需要，下设财务、器材、交通运输、保卫等机构。1983年前，防汛抗旱指挥部还设有政委、副政委职。政委由历届县委书记担任，副政委由分管农业的县委副书记、人民武装部政委等担任。
县防汛抗旱指挥部，为常设的临时机构。每年汛期（5—9月）恢复办公，调整充实领导成员，配备工作人员，开展防汛抗旱工作。