清末境内为东流、建德两县，县级行政机构称县署，基层称乡、里。县署通称县衙，设知县1人，掌握行政司法大权。知县主居署之正堂，故亦称正衙，又有左堂、儒学与右堂之分，为知县下属官主居之所。
左堂（称二衙），设丞1人主管，内设司爷，分管粮架房和钱粮两楹。
右堂（称四衙），设典史1人，系主管捕关犯人的机构，下设有捕署、监牢，又分男女班房和押解重犯的壮下班。
儒学正堂（称三衙），设教谕1人，训导1人主居。主管全县考试与书院等督导事宜，内设考棚（称考场所）。清光绪三十一年（1905）废科举，两县裁教谕和训导，分别设立劝学所，主管县内教育。
清末东流、建德两县县署组织系统表

东流、建德两县县城均设有城守营，主防汛和把守城池，内配有文书和武备二师爷，还设有僧道会司，主管全县佛教、道教。
县以下按照地理区域划分为乡、里，不设办事机构，行政事务由各地豪绅和宗族长充任主管，区、乡系地方自治组织，不列政府管制。清嘉庆二十三年（1852）《东流县志》和宣统二年（1910）《建德县志》记载，两县管制和设置无甚差异。县设知县，有典史、司员、儒学教谕、训导及巡检。