东至县卫生防疫站是1959年由东流、至德两县防疫站合并而成。1962年，县卫生防疫站与卫生科合署办公，同年夏，设检验室。1969年，并入县卫生站。1970年，防疫、保健两部门从卫生站分出，恢复东至县卫生防疫站，同年新建办公楼670平方米。
1979年以来，防疫、检验设备不断添置更新，检验室已能配合其他科室开展理化、毒理、细菌等检验项目。到1987年，全站有职工27人，其中卫生技术人员17人；设有防疫、地方病防治、结核病防治、卫生、检验等组室，成为全县防疫技术中心。
1983、1984年间，在传染病管理和疫情报告工作中，两次获得行署卫生局颁发的奖状，一次获省防疫站“全省水质分析质量控制工作”奖状和合格证书。
一、传染病防治
解放后，境内先后发生和流行的主要传染病有：疟疾、痢疾、流行性脑脊髓膜炎（流脑）、流行性乙性脑炎（乙脑）、麻疹、白喉、伤寒、流行性感冒、百日咳、狂犬病、病毒肝炎、流行性出血热、脊髓灰质炎等，其中疟疾、痢疾、麻疹、百日咳、流感、流脑、肝炎等，发病面最广。1953年，传染病总发病率为4525.55／10万，死亡率12.12／10万。1951、1955、1957年先后控制和消灭了天花、斑疹、伤寒、回归热与黑热病。80年代初，白喉、脊髓灰质炎等得到控制，流脑、乙脑、疟疾等传染病的发病率明显下降。1982年，停止常规种痘。1984年传染病总发病率下降到2798.20／10万，传染病年平均死亡率下降到1.87／10万。但狂犬病和流行性出血热发病率明显上升。狂犬病，1976年发病8人，全部死亡。1978年到1979年未见发病。1984年发病8人，全部死亡。出血热病从1963年开始，每年都有发生。1978年冬，七里湖垦区发生出血热暴发流行，发病175人，死亡7人。1979年2月，县医院1名护士因护理出血热病人而发病，出血热发病范围已波及东流、临江、香口、建新、合镇、长安、尧渡、良田、查桥、马田等乡镇。
二、地方病防治
县内流行的主要地方病有丝虫病、地方性甲状腺肿和疟疾等病症。
丝虫病俗称“橡皮腿”。在县内流行已久。解放后，丝虫病的流行得到了有效控制。1984年10月，县卫生局组织人员对全县9个区41个乡的1岁以上人口进行丝虫病抽查，血检人数141772人，其中阳性人数942人，阳性率0.67％。阳性率最低的为0.04％，最高的2.12％。经过反复防治，服用海群生，病人基本好转。
地方性甲状腺肿又称“地甲病”。在境内大部分地区流行。1982年，县防疫站组织调查397所中小学，受检63032人，检出甲状腺肿9313人，患病率为14.78％，生理肿大16360人，共25676人，肿大率为40.73％。同时，选择东南西北中5个点的居民，进行整群抽样调查，受检16402人，检出地甲病人1614人，患病率为9.84％，地甲病与生理甲状腺肿大计3680人，肿大率为22.43％。患者男少女多，地区间流行程度差异较大。山丘地带的查桥、良田、徐村、坦埠、白笏、张溪、汪坡、高山、平原、洪方、花园里、马坑、木塔、利安、看山、泥溪、昭潭、西湾、香口等19个乡为重病区，7至14岁中小学生甲状腺肿大率在50％以上，居民患病率在10％以上。这些地区伴有地方性克汀病流行。圩区和丘陵区的马田、五丰、普庆、官港、石城、永丰、铁炉、东胜、新丰、新庭、合镇、建新、临江、庆丰、尧渡镇、大渡口镇等16个乡镇为轻病区。7至14岁中小学生甲状腺肿大率在20％以上。居民患病率在3％至10％。非病区有胜利、姜坝、瓦垄、长岭、长安、八都湖、杨桥、七里湖、东流镇等8个乡镇。1984年9月，对地甲病流行区进行微量碘测定，流行区水碘均值为2.54微克／升，非流行区为7.62微克／升，两者差异显著。
地甲病因为外环境（水、土、蔬菜）缺乏微量元素碘所致。防治措施：食盐加碘，此项工作已趋向正常化、制度化。对病区7至14岁中小学生普服碘油丸。
1985年，复查5个流行点15746人，查出地甲病患者537例，患病率3.14％，与1982年初查时相比下降65.35％。经考核检收，已有新庭、合镇、洪方3个乡和尧渡镇第一批达到基本控制地甲病标准。
疟疾俗称“脾寒”，又叫“摆子”。据1950年以来的疫情资料反映，疟疾在境内有4次发病高峰（1953、1967、1971、1973），其中1971年发病率高达6755.17／10万。同年10月，豫、鄂、皖、苏、赣5省联系协作会议精神贯彻后，全县开展全民性预防服药和现症病人治疗，休止期根治，使发病率逐年下降。从1972年起，一直坚持“两根治、一预防、大力灭蚊”的综合措施，效果甚好。1985年，大渡口、张溪、昭潭3个疟疾检点检查23910人，阳性人数412人，阳性率1.68％，到1986年全县发病率降低到78.97／10万。
此外，从80年代以来，开展了食盐加碘和妇幼保健工作，地方性克汀病发病基本得到控制。