本县水系以九华山为分水岭，山南陵阳河、三溪河，属青弋江支流，入太平湖；山北青通河、九华河注入长江。
水文特征：主要受降雨量支配，旱期流量小，汛期、雨季流量大。
一、地表水
青通河为本县主要河流。发源于九华山东部岔泉岭，源头芙蓉溪，由东阳涧、游龙涧、菖蒲涧、垂云涧、石船涧等会流成溪，溪长约10公里。成树枝状分布，至双溪寺纳九子溪，沿山谷北流，穿越蓉城镇，至元桥（又名永桥）会东河、东山河，于童埠新河口会七星河，北流至铜陵县大通镇入长江，全长53公里。河底高程（吴淞）蓉城高阳桥处为9米，童埠处3米。河床宽20至80米，河口宽200米，流域面积388.7平方公里，蓉城以上属山涧溪流，水位暴涨暴落，河床多砾石、卵石、粗砂；中游（蓉城——童埠）河床弯曲，流势变缓；下游经湖沼洼地，浅水不畅，淤积较剧。汛期江水倒灌可抵蓉城。据水文资料载：青通河常年流速0.5至1.5立方米／秒，最大流速450立方米／秒（1983年7月4日），最高水位达19.24米（1970年7月13日）。1958、1966、1978等年份，夏季河水断流，河床干涸。
青通河水质良好，含有铁、锌、汞等微量元素。支流有七星河、东河、东山河等。七星河为最大支流，有南北二源，北源出自南陵县河湾乡水龙山老虎头，称水龙溪，至钱桥会芭茅溪成北河；南源出自青阳、泾县交界的黄柏岭乌潭溪，与玉狮等4溪会流成南河。至木镇、南河、北河汇流成七星河，河床宽20至30米，至新河口入青通河。
东河源出分水岭，长18公里，河床宽10至20米，属常流砂河。
东山河源出酉华乡东山，流入七星河。1954年洪水改道，后开挖新河入东河，全长12.5公里，河床宽15至25米，属常流砂河。
九华河古称五溪河。主要支流有八都河与九都河。八都河出自小天台，由濂溪、曹溪在宗文罗会缟溪成河。九都河源出十王峰与分水岭，由龙溪、缥溪、双溪、舒溪、澜溪等溪水会流而成。龙溪出自分水岭北，长10公里，落差800米。缥溪源出大古岭，长8公里。双溪源出天香岭，长11公里。舒溪源出翠盖峰，长15公里。澜溪源出莲花峰，长8公里，落差300米。九都河在庙前与八都河交会，北流至贵池梅埂入长江。上游山溪呈树枝状分布，中下游河床宽，流速减缓，入江段又称梅埂河。全长39公里（县境长27公里），上游河床较窄，中下游河床宽30至60米，流域面积206平方公里。庙前至五溪一般流量1.5至2.5立方米／秒，最大流量312立方米／秒。灌溉面积2.5万亩，支流上建有小型水库和水电站。
水质纯净，含有微量元素铁等。
陵阳河古称博山河。源出分水岭南侧、仙姑峰东的兰溪，经所村与南流溪会流成河。南流经沙济至广阳入太平湖，全长19公里（县境内长15公里）。河床宽15至40米，流域面积94.8平方公里，支流有所村溪、姚村溪等。属常流河，流量一般在0.4至1立方米／秒，最大流量180立方米／秒。
三溪河源于天台山南侧的清溪，经南阳湾，会黄石溪、东溪、考坑溪诸水，向东南至六都入太平湖，长28公里，河床宽8至15米，属山涧溪流河，水位暴涨暴落。一般流量0.2至0.6立方米／秒。支流喇叭河落差大，建有多级（梯）电站。
七溪河源出方四堰、胡田一带，南流经沙济杨梅村至石台启田入太平湖，长15.3公里（县境内长8.9公里）。属山涧溪流河，河床宽5至12米。
二、地下水
按地貌单位划分，本县地下水属山丘类型，多为岩溶裂隙水和岩基裂隙水。地下水的补给以大气降水为主，并以泉和渗流的方式排入河道形成河川径流。县内浅水层下地下水主要分布于青通河、九华河河谷平原及支流两岸，蓉城、城东、木镇、新河、庙前、酉华、五溪等乡镇，一般在地面深约6至7米可见水，属地下水丰产区，地下水储量未经勘查。
本县清泉密布，其中以潮泉（间歇泉）为奇。另有瀑布与深潭。
清泉潮泉：在新河乡新建村龙王山下，为间歇泉。每日数潮，平时流量有限，潮来猛涨数十倍。
清泉：在城西五里清泉岭下，泉从石罅中涌出，清澈透明。
涌泉：在酉华乡梯云山下，泉水扬出，即流入石罅中，潜行数百米，又冒出地面。
珍珠泉：在酉华乡地名阁下，池水沸出，昼夜不息。
六泉：在庙前乡六泉村口，水从6个泉眼涌出。
金沙泉：有二，一在上禅堂西，泉涌入池。石上刻有“金沙泉”三字。一在无相寺西，流量较大。
舒姑泉：在翠盖峰下，石洞珠连，洞中有穴，欠中有泉眼，泉挂石壁，下有潭。
地藏泉：在神光岭南侧，相传唐贞元年间，建金地藏肉身塔时，揭石而得此泉。
芙蓉泉：在芙蓉峰西，泉水涌流，今筑有畜水池，为九华街天然自来水站。
珞泉：又名璎珞泉，在九华乡钓鱼台旁，泉水遇巨石阻碍，喷激冲泻。
白龟泉：又名灵源泉，在杜村乡长垅村境内，古崇觉寺北。相传古寺开工时，白龟现于庙基。
瀑布百丈岩瀑布：有二，一在杨田乡五梅村，盘台岭东约1公里，瀑宽7米，落差48米，飞流直下，上有600平方米蓄水潭。一在黄石溪鲇鱼潭上，宽5米，落差27米。
盘台双瀑：在盘台岭下，双瀑间隔30米，落差42米和60米，瀑宽20米，似秀发辫挂于岩上。
百丈潭瀑布：在朱备乡戴家岭西北200米处，飞瀑直落巨石，宽3米，落差25米。
百丈箭瀑布：在朱备乡天柱峰侧游龙涧中，瀑自悬崖飞下，高百余米，注入嘉鱼池。
碧桃瀑布：在大古岭西北，溪水自桃花岩飞流直下，瀑宽2米，落差30米。
龙池瀑布：一名五龙瀑。位于甘露寺东侧五龙湾，瀑分三级，相对落差80米，中段入石穴，激扬数十米，跌入龙池。
七布泉瀑布：在九子岩东北侧，涧水七折前行，一折一瀑，每瀑落差10米。
深潭映峰潭：旧名碧潭。在沙济乡琉璃岭下，潭面方圆50平方米，深数十米，诸峰倒映潭中，景色如画。
百丈潭：在朱备乡将军村境内，水自峰顶直下，落入潭中，潭面方圆200平方米，深数十米。
鲇鱼潭：在陵阳黄石村西，为锅穴式深潭，潭中产鲇鱼。
玉龙潭：在陵阳乡耀紫岩下，溪水飞入潭中，深数十米，久旱不竭。
天池：有二，一在化城寺东，天池庵内，水从石罅出，入池；一在天门峰南侧，池平阔。
白鹤池：在五溪乡云山村山腰，他宽30米，长50米。古时，常有白鹤入池戏水。
龙池：在赫云峰下，燕子洞北侧，诸涧水会流峰峡，飞瀑注入成池，深数十米。
白石池：在庙前乡十字村，池白如雪。
嘉鱼池：在天柱峰东龙池涧中，面积50平方米。