一、国民政府驻军
民国16年(1927)3月，北伐军江右军第二、六军及江左军第七军一度驻和县、含山、无为、巢县等地。
民国17年(1928)9月，第八师一部驻含山、巢县。
民国18年，新编第一师一部驻含山县、和县。
民国19年1月，区内各县均组建保安大队。
民国26年冬，第一七一师一部2000余人驻含山县。
民国27年第七军一七Ｏ师、一七一师及四十八军第一三八旅各一部驻巢县北部地区。
民国28年，设在古河镇的第五行政督察专员公署决定成立第十游击纵队，司令部驻含山县北部。
民国30年，第四十八军一七六师五二八团驻庐江县，第一三八旅及第十游击纵队驻巢县、含山及古河、梁园等地。
民国31年，第七军一七一师师部驻巢县栏杆集。
民国33年(1944)，第一七一师五一三团2100余人，位于巢县赵集、柘皋之间；第十挺进纵队3000余人，位于古河、昭关、善厚集、周家岗、高皇殿之间。
民国34年10月，第一七六师五二八团由庐江进驻无为。
民国35年上半年，第二十一集团军一三八旅由庐江进驻无为。同年秋，成立和含巢合四县联防区，指挥所设巢县烔炀镇。省保安六团团部先后驻柘皋、烔炀。
民国36年，青年军二Ｏ二师驻含山、和县、巢县，后移驻庐江县。
民国37年，第一七六师五二七、五二八团驻庐江县；第一三八旅驻巢县、庐江县。
同年冬，由淮海战役溃退之刘汝明残部一度驻巢县、含山、和县、无为县。
附：日本侵略军、伪军
抗日战争时期，驻区内日本侵略军为一一六师团、十五师团、十三混成旅团的一部。一一六师团部驻怀宁(今安庆)，该部三十三联队驻铜陵、黄姑闸、襄安、刘家渡。十五师团部驻南京，该部高田联队驻巢城、烔炀、盛家桥、无城、裕溪口、和县、含山。十三混成旅团驻合肥至烔炀河一线。伪军第一方面军第六师，驻巢县、含山、和县、无为。伪第一方面军第七师，驻合肥、含山、和县、巢县。伪护国救民独立师，驻无城、三官殿、汤家沟、新沟、姚王庙、新板桥。伪皖中清乡司令部驻撮镇、桥头集、下塘集、店铺、忠庙等地。此外，还驻有含山反共自卫团、巢北清乡队等杂牌伪军。
民国30年，区内敌伪据点有：巢县、林头、东关、长岗集、铜城闸、沈家巷、裕溪、雍家镇、汤家沟、黄家渡、三汊河、新板桥、三官殿、运漕、黄雒河、仓头、夹江、临江坝、无为、虹桥、岔路口、塔桥、凤凰颈、刘家渡、横步桥、襄安、土桥、泉塘、西河、蜀山、黄姑闸、开城桥、盛家桥、盛家湾、浓家山、戚桥、姥下、白渡桥、西梁山、黄山寺、江边、香泉、西埠、腰埠、娘娘庙、丰山、南义、后港桥、兴隆集、螺丝滩、百旺市、祁门站、张公庙、陶家厂、新塘、关门镇、铜城闸、含山、巴巴店、司徒庙、十字路、横龙埠、清溪、郭山羊、半汤等。
二、人民军队驻军民国27年4至5月间，新四军第四支队进驻庐江、巢县。东北流亡救国挺进队(后改为东北流亡抗日挺进纵队)进入巢县、和县、含山县。同年9月，第四支队将舒城、庐江、无为、桐城、巢县等地中共领导的武装合编为第四支队游击第二纵队，纵队部驻无为。民国28年1月，第四支队游击第二纵队改编为新四军江北游击纵队，纵队部仍驻无为。
民国28年5月，在庐江县汤池成立新四军江北指挥部。6月，江北新四军部队统编为第四支队、第五支队、江北游击纵队。整编后，第四、五支队挺进皖东敌后，江北游击纵队驻无为、巢县、和县、含山。次年4月，因遭受国民政府军武装袭击，被迫转移至皖东津浦路西地区。6月，在合肥三官集整编，辖一、二两个团。
同年9月，日军占领无为县城。江北游击纵队二团团部率2个连队及无为游击队从皖东回到无为，合编为无为游击纵队。同期，新四军第三支队挺进团一部驻庐江、无为。
民国30年5月1日，新四军第七师在无为县白茆洲成立。辖第十九旅的五十五、五十六团，师部驻无为、巢(县)南，另将第三支队挺进团改为第七师挺进团，仍驻庐江以西地区。同年9月，成立五十七团，驻白茆洲。11月成立和含指挥部，部队活动在含山、和县。
民国31年1月，挺进团在宿松、望江、太湖等地遭国民政府军大规模“围剿”，损失惨重，退回无为后整编为五十八团，活动在无为、庐江及其以西地区。
民国32年(1943)2月，第七师主力部队实行地方化，撤销旅级建制，编为4个支队及1个独立团。和含支队部驻和县南义；沿江支队部驻无为尚礼岗；皖南支队部驻无为白茆洲；巢合庐游击支队部驻巢(县)北一带；独立团驻无为。同年9月，新四军第二师六旅划归第七师建制，番号为“巢大”，驻无为。
民国33年10月，和含支队成立独立团，驻含山、和县。
民国34年4月，新四军第三师独立旅由苏北进驻无为。6月，第七师重建第十九旅，辖五十五、五十六、五十七共3个团，沿江支队番号撤销。同年9月根据国共两党“重庆谈判”达成的协议，第七师部队撤离本区。
民国36年9月，晋冀鲁豫野战军三纵八旅二十四团进驻庐江。
民国37年6月，马长炎、高立忠率华东野战军渡江先遣支队，顾鸿率第九支队(亦说独立大队)进驻无为。
民国38年3月，许世友、谭震林率第三野战军七兵团驻庐江县。兵团部先驻庐江中学，不久移驻无为。该兵团第二十七军军部驻石涧，二十五军军部驻黄雒，二十四军军部驻无为南乡。王建安率第九兵团的三十五军驻含山林头及沿江一线。
1949年7月，以皖西四分区、江淮五分区及皖西一、二分区部分区域组成巢湖军分区，驻巢城，隶属皖北军区。辖无为、庐江、巢县、和县、含山、肥东、肥西等7县人民武装部。代管皖北军区四十一团。1952年4月，巢湖军分区撤销。
1965年8月，恢复巢湖军分区建制，驻巢城，隶属安徽省军区。辖巢县、无为、庐江、和县、含山、肥东等6县人民武装部。1983年8月，肥东县人民武装部划归合肥军分区建制。1986年6月，县、市人民武装部改归地方政府建制，实行政府、军队双重领导。
巢湖军分区司令员、政委任职简表

中国人民解放军武装警察部队在区内驻军有安徽省总队第二支队及武警巢湖地区支队。第二支队是1982年11月由安徽省军区独立第五团改编的，改编时支队部驻庐江县白湖，1986年1月支队部迁至巢城。地区支队是1983年6月由行署公安处民警科、消防科合并组成，由武警安徽省总队和行署公安处实行双重领导，支队部驻巢城。
1969年1月，东海舰队干部轮训大队由上海迁至巢县(现巢湖市)，代号四八六部队。1974年4月，改为五七干部学校。1979年2月，撤干部学校，成立东海舰队第三训练团。1983年6月，改为东海舰队训练基地第七大队，代号37975部队。