本区辖境处于北亚热带向暖温带的过渡地带，受季节影响明显，降雨常集中在夏秋季节。每年六、七月份西太平洋副高压北移，暖湿气流与北方冷空气在上空交汇，出现连阴雨天气，形成梅雨期；进人八月后，又常受西太平洋台风和副热带风暴的影响，多暴雨。全区1年平均降雨量在900～1050毫米之间，而6～9月份的累计降雨约占年降雨量的55～60%左右，常易发生水灾。加之境内河流均发源于浅山丘陵区，下泄人长江、淮河、高邮湖，源短而坡陡，每降暴雨，山洪骤泻，汇集人河道，但河道弯曲不畅，常溢漫成灾。如遇长江、淮河流域连降暴雨，受长江、淮河高水位的顶托，灾情更为加重，沿河、湖圩区因地势低洼，常积水成涝。
本区见于记载的历史上最早的水灾是汉永光五年(公元前39年)，清光绪《凤阳府志》记载那次水灾是：“夏及秋大水，颍川、淮南雨坏乡聚居舍，水流杀人”。但明以前，史籍对水灾的记载少而不全，明以后渐多，且较为详细。自明洪武元年(1368年)至1949年新中国成立的582年间，见于记载的水灾有187次，其中明朝276年间74次，清朝267年间共103次，民国38年间共11次。民国年间的11次水灾分别发生在民国元年(1912年)、民国3年、民国5年、民国8年、民国10年、民国16年、民国19年、民国20年、民国27年、民国30年和民国35年，其中以民国20年的水灾最为严重，当时报纸及有关资料记载:滁县境内各河“暴涨丈余，沿河附近二百余里田庐牧畜淹死无算”；定远县“池洛两河流漂庐舍，毙人畜，新修严涧桥亦为冲倒”；全椒“市街水淹五、六尺，镇市荡平，田禾淹没，浮尸累累”。
建国后，全区陆续兴建了一批水利骨干工程，抗灾能力逐步提高。据统计，1950年至1992年的43年间，本区淮河流域发生较重水灾13次，滁河流域发生较重水灾10次，由于河道经过整治，堤防加固加高，提高了行洪泄洪能力，加上驷马山分洪道、马汊河分洪道等水利设施的建成使用，灾情得到了有效减轻。建国后本区发生较重大水灾的年份有1954年、1956年、1962年、1975年、1982年和1991年。其中1991年大水灾为百年不遇，汛期降雨量(5～9月)滁河流域在1170～1400毫米之间，淮河流域在910～1300毫米之间，均比历年同期多一倍左右。特别是当年梅雨期来得早，历时长，降雨来势猛，雨量大。从5月18日开始到7月13日结束，历时56天，比建国后梅雨最早的1956年还提前半个月，较正常年份的梅雨期长一倍以上。汛期滁河最高水位古河为16.71米、赤镇为14.47米、汊河闸为12.55米，分别超过历史最高水位0.34米、0.75米和0.41米；池河最高水位明光为18.31米，超过历史最高水位0.02米，超过1954年水位0.52米)淮河最高水位临淮关为20.79米，浮山为18.11米，均为历史上有记载以来的第二位的高水位，仅次于1954年水位。由于水利条件的改善，防洪抗洪能力大大提高，大部份堤防都能安全渡汛，仅破嘉山县安淮圩、天长县大小新圩、全椒县东官圩等千亩以下小圩9个。但因阴雨时间长，全区受灾面积仍达415.38万亩，其中成灾面积286.98万亩；全区444家县属以上工业企业和3.7万个乡镇企业被迫停产，造成直接经济损失在28.9亿元以上。
1949—1992年全区严重水灾情况一览表