财政收支审计，大致经历了试点审计、行业审计、财务决算审计、定期普遍审计和经济责任审计的发展过程。
1985年5月，推广湖北省襄樊市审计经验，在全区试行行政事业财务收支定期报送审计制度。并逐渐由一级行政事业单位向二、三级单位延伸。经过连续8年的审计，行政事业单位的重大违纪现象有所控制，违纪金额逐年下降。自1987年起，对自筹基本建设资金来源与建设项目开工实行报送审制度，到1992年，共审计了302个项目，投资6971万元，其中查出不落实资金861万元，压缩基本建设规模512万元。1990年，全区采取“上审下”和委托审计两种方式，提前完成了对全区七个县(市)财政收支的第一轮审计任务。截至1992年底，共审计县级财政收支11个(次)，查出并收缴违纪资金119.8万元，压缩财政赤字869万元。在财政收支审计中，主要从严肃财经纪律，促进加强财政管理，增收节支出发，为宏观经济管理和财政经济体制改革服务。来安、凤阳县审计机关根据县人大委托，从1989年起，分别对本县财政决算在提交人大审议前，实行审计签证制度，使财政收支审计工作经常化、制度化。
全区审计机关每年还积极参与财务、税收物价大检查，组织审计业务骨干对全区重点企业单位进行年度财务审计。