江淮分水岭自西向东横贯本地区中部，境内南北自然环境和气候条件不同，种植作物种类和耕作形式各异。分水岭以北的定远、凤阳、嘉山三县为黄淮麦产区，分水岭以南的天长、来安、滁州、全椒四县市为长江中下游稻作区。因此，全地区有多种形式耕作制度。
建国前，本地区耕作制度主要是一年一熟制，只有部分条件较为好的农田采用二年三熟制或一年两熟制。秋种以小麦、大麦为主，兼种豌豆、蚕豆、油菜；春种以玉米、高粱、山芋、棉花为主，夏种以水稻、花生、大豆为主，兼种旱粮作物和经济作物。圩区低洼田和岗丘冲田，一般为冬春休闲，积水沤田，一年只种一季中稻；岗丘旱地和缺水的薄瘠田，一般一年只种一季春山芋、春玉米、春花生、棉花，秋后翻耕休闲，冻堡越冬。部分条件较好的良田采用一年两熟制，稻作区主要采用稻麦、稻油轮作；麦产区主要采用麦类—玉米、麦类—山芋、麦类—豆类、小麦(油菜)—夏烟等轮作形式。也有小麦套花生—水稻，玉米—小麦—水稻、山芋—春烟—小麦轮作的两年三熟制。早粮作物普遍采用田间套种的方式，一般为小麦和豌豆混种，麦田沟边套种蚕豆，玉米田内套种大豆、豇豆，棉花田内套种芝麻、绿豆等。1949年，全地区水稻播种面积仅有329.93万亩，近三分之一的水稻田不能轮作种麦。
建国初期，基本上是沿袭以粮食生产为主，以稻麦连作为代表的传统的耕作制度。1953年，实施中共安徽省委提出的“三改”措施，要求扩大秋种面积，改变午、秋收成比重；改一年一熟为一年两熟，实行套种、间种，提高复种指数；推广高产作物、耐涝耐旱作物，改变广种薄收习惯。全地区在试点基础上，大规模推行该措施。兴修农田水利，治理沤水田，改旱地为水田，推广早稻、双季稻、旱粮作物和经济作物，改一年一熟为稻麦轮作为主要内容的一年两熟制。1955年，全地区水稻播种面积382.73万亩，小麦播种面积为442.58万亩。实行稻麦轮作的一年两熟制，适合本地区的自然条件，茬口协调，提高了土地利用率，改良了土壤，达到了增产增收目的。稻作区部分地方还试行油—稻—稻、绿肥—稻—稻，一年三熟制。1956年，全地区复种指数达到176.1%，其中午收面积为509.78万亩，比1949年增长87.2%，水稻播种面积为508.67万亩，比1949年增长54.16%。但因水利、肥料和农业气候等因素制约，品种不配套，“三改”收效甚微。1958年以后，“三改”工作没有再继续进行下去。1959年，全地区复种指数由1958年的166.5%下降到151.7%；1961年下降到131.8%，仅略高于1949年的水平，有的县还不及1949年的水平。1965年以后，农业进行调整，耕作制度相应地发生了变化。各县先后从外地引进红花草、苕子、紫花豌豆等绿肥作物。全椒、定远两县率先推行“一麦加三早(早稻、早山芋、早玉米)、苕子、红花草”的耕作措施；天长县推广袖菜、绿肥、棉花和双季稻，试行肥——稻——稻、一肥一稻、一油一稻、一麦一稻、一麦一豆等多种形式的轮作制度。1965年，全地区复种指数恢复到143.7%，比1961年增加11.9%。此期主要是稳定了小麦、水稻和大豆的播种面积。由于绿肥面积不大，不能满足养地的需要，且薯类作物面积扩大，对土壤肥力消耗过多，造成用地和用地矛盾过大，使农业产量提高不快。“文化大革命”开始后，片面强调“以粮为纲”，以水稻、山芋等高产作物为主，排斥全面发展，复种指数一直在140%左右徘徊。
70年代是本地区耕作制度大改革时期。70年代初期，在全地区提出“一麦加三早、袖菜、苕子、红花草“的口号，调整了农作物布局。当时主要是缩小小麦、中稻播种面积，扩大早稻、春山芋、春玉米、油菜、双季晚稻、绿肥的播种面积。推行以油——稻——稻、肥——稻——稻为主要内容的一年三熟制。1975年，全地区早稻播种面积达73.14万亩，比1965年增加56.94万亩；春玉米播种面积为38.22万亩，比1965年增加16.42万亩；春山芋播种面积为29.55万亩，比1965年增加21.66万亩，油菜播种面积为32.66万亩，比1965年增加30.17万亩，绿肥播种面积为106.77万亩，比1965年增长20倍。是年，全地区复种指数上升到153.5%。1976年绿肥播种面积扩大到131万亩。1977年全地区双季晚稻播种面积发展到50.65万亩，其中稻作区四县市双季晚稻面积为43.42万亩，占全地区双季晚稻面积的85.71%。全地区复种指数上升到160.8%。生产实践表明，一年三熟制并不适合本地区的自然条件，其效果不理想。具体原因是:早稻因季节的限制，春季低温育种困难，早稻秧苗栽后遇到四月中旬冷空气威胁，秧苗不发，产量低；早稻田前期温度偏低，绿肥得不到充分腐烂，产生一些有害气体，使早稻秧容易出现停苗现象；双季晚稻生长后期遇到低温，不能安全齐穗而减产；双季晚稻生长后期常遇到夹秋旱，水利设施差的地方往往造成绝收；在当时机械化程度不高的条件下，造成农活集中，人畜力不足，劳动强度大，农民承受不了。双季晚稻产量往往不如一季稻产量高。且费工费时费成本，因此群力说，“三三得九不如二五一十”。同时还造成晚茬麦增多，影响次年午季收成。加上轮作形式多，耕作布局乱，农事难以安排。70年代后期，本地区实行以家庭经营为主要形式的联产承包责任制，农民不再采用一年三熟制，而采用以一麦一稻、一油一稻为主要内容的一年两熟制。尤其是在全地区推广杂交水稻新品种后，粮食产量普遍提高。一麦一稻轮作制深受农民欢迎。全地区一麦一稻的播种面积每年都以几十万亩的速度增加。与此同时，在全地区推广油菜下冲，实行一油一稻轮作制。油菜的花叶落在田里增加了土壤的有机养料，且生长期短，可以早腾茬，促进了粮食增产，一油一稻轮作制成为一种较为理想的耕作制度。油菜和杂交水稻轮作的播种面积每年都以十几万亩的速度增加。而绿肥和双季晚稻的播种面积逐年大幅度减少。1985年，全地区小麦和杂交水稻轮作的播种面积达到187.23万亩，比1984年增加55.6万亩，比1979年增加165.83万亩；油菜和杂交水稻轮作的播种面积达到万亩；绿肥只有稻作区的天长、来安、滁州、全椒四县市尚有零星种植，总计仅有4.6万亩。双季晚稻绝迹，仅有部分早稻和少量的单季晚稻。1985年后，杂交油菜新品种在全地区普遍推广使用，杂交油菜和杂交水稻轮作制度深受农民欢迎，其播种面积逐年扩大。因此，小麦——杂交水稻、杂交油菜——杂交水稻轮作形式成为全地区耕作制度的主体。有的地方亦有蒜——稻、油菜——棉花、小麦——马铃薯、油菜——花生等新的一年两熟制。境内南部稻作区一些地方还有油瓜稻、油玉米稻等形式的一年三熟制。随着改沤治冲和间混套种面积的增加，全地区土地资源和光能利用率不断提高。1986年至1992年，全地区耕地面积由632.5万亩减少到623.5万亩，但农作物总播种面积却由1986年的1115.7万亩增加到1164.95万亩，复种指数由1986年的176.5%增加到186.5%，提高10.1%。