建国前，本区人工造林面积很少，因而没有大量育苗的要求。民国30年(1941年)位于本区境内的安徽省立第五林区造林场开始采种育苗，但面积很小，种类不多，多培育乡土材苗。群众四旁植树多采挖山地实生苗或分根移植，杨柳等则采用扦插法移植。
建国后，全区各级人民政府大力提倡植树造林。50年代初，每到秋季全区各级政府都要广泛发动群众采集树种，用于育苗。全区集中育苗的主要有专区农场森林组、定远县泉坞山林场、滁县皇甫山林场、嘉山县石门山林场和大柳农场林业股。50年代中期，各县都办起了国营苗圃。但由于初建，育苗面积不大，培育的树种也只限于乡土树种。
60年代初，全区逐步建立了一批国营林场，采种育苗工作开始克服见种就采、有种就育的盲目性，改以根据本地山场土质条件，确定造林树种。专署林业局从各县抽调林业技术人员组成采种专业队，到皖南林区采集树种，然后运回分配到各县育苗，采集的树种主要有马尾松、栎、杉等。由于当时没有掌握育苗技术，杉木育苗基本没有成功，马尾松育苗也不成功，育出的大多是无顶芽的三类苗，严重地影响了造林成活率。直到60年代中期至70年代初，才有少数林场能育出一、二类苗木。
70年代中后期，全区大量栽种杉木、油茶、油桐，所需树种均从湖南省和本省六安地区调入，由地区林业局分配给各县种植。由于本区部分山场不适宜油茶生长，加之管理不善，造林方法不科学等因素，大部分县栽种油茶均告失败，现仅存数处，生长状况基本正常。
80年代初，全区林业系统育苗转向以雪松、龙柏等常青苗木为主，所培育的苗木供不应求，销往全国各地，其中来安县苗圃场还到陕西西安租地开办分场。1983年后随着林业“三定”工作的开展，全区出现了群众性育苗热潮。据统计，全区有育苗专业户500多户。80年代末至90年代初，在育苗技术上开始推广芽苗移栽和容器育苗，改变60～70年代在大田育苗的传统方法，提高了发芽率和成苗质量，一级苗数量显著提高。全区在引进容器育苗技术之后，改过去传统的一季造林为四季造林，加快了消灭宜林荒山的步伐。1990年全区容器育苗仅140万株，到1992年就达到2700万株。
全区国营苗圃场始建于50年代中期，至60年代中期先后建成定远县泉坞山苗圃场、天长县苗圃场、来安县苗圃场、全椒县马厂苗圃场、滁县担子苗圃场、凤阳县江山苗圃场和嘉山县苗圃场等，实现了县县有苗圃。60年代各县苗圃场只能培育乡土树苗，70年代以培育用材林树苗为主。80年代初全部转向以培育雪松、龙柏等常绿观赏林树苗为主。1984年前后常绿观赏树苗市场走俏，价值猛升，1985年全区苗圃苗木销售收入123.16万元，创历史最高纪录。90年代初苗木出售困难，苗圃经济又趋紧张，各县大多把苗圃地承包到户，勉强维持。到1992年底，全区苗圃经营总面积约3000余亩，育苗约1500余亩。