一、河流
本区辖内河流纵横，计有淮河、滁河、白塔河等河流37条，总面积231787亩。河内鱼类资源丰富，解放前水产品主要来自河流、湖泊。解放后大兴水利，各河建闸截流，阻隔了和长江、淮河间的鱼类通道，加之工业污水、废气污染，使河流水产品量骤降。
二、湖泊
据1982年对湖区调查，全区湖泊总面积达47.8万亩，有高邮湖、沂湖、洋湖、女山湖、七里湖、花园湖、高塘湖等。这些湖泊属于江淮平原河迹型湖泊，其特点是:①大气降水、河川径流丰富，水源充足；②承担蓄洪、泄洪和灌溉任务，湖水交换量大，能保持良好水质；③海拔低，湖盆浅平，水深2—4米，属浅水湖泊，沿湖土地肥沃，湖中水草茂盛；④气候温和，一般年份不结冰；⑤湖底淤泥深，系腐植质层，利于沉水植物、挺水植物的根系发育，也利于底栖水生动物的繁衍生长。由于以上特点，湖泊的渔业生产力较高，是本区重要的鱼虾产区，专业渔民多数集中在湖区以捕捞湖中水产品为生。
三、水库
本区水库大多是1958年后陆续兴建，皆为蓄洪灌溉兼用，故多数分布在丘陵山区，和平原的湖泊、河流构成本区星罗棋布的水面分布。水库多为中小型，水面多在几百亩至几千亩之间；冬季一般不结冰，库区植被好，入库泥沙少；库水透明度高，少工业污染，适宜养殖。现有大中型水库45座，小型水库1209座，总面积54.4万亩，可养水面36万亩，是重要的养殖水面。
四、农村山塘(水塘、池塘)
本区山塘均为蓄水灌溉而建，主要分布于丘陵地带，其特点:散、浅、小，规格不齐，大小不一，生产条件差，农渔矛盾尖锐。在土地承包后，塘随田走，一塘多户用水，一遇干旱，抢水救苗，往往出现一年多次水干鱼尽，因而山塘养鱼一直产量不稳，单产不高，只作为群众自食养殖。全区山塘约有12万口，总面积59万亩。
五、连片精养鱼塘
1979年冬，首先由国家扶持在凤阳、嘉山两县建设国家商品鱼基地,计10片3300多亩。1984年冬至1985年春，开始兴起利用三低田(低洼、低产、低效益)大规模建设精养鱼塘热潮。经十多年的建设，到1992年底，全区已有百亩以上连片精养鱼塘65片，17200亩。其特点：集中连片、上规模。可以采用先进养鱼技术、设备，因而产量高、效益好。
六、宜鱼稻田
稻田养鱼基本要求是，旱涝保收，能排能灌。本区随着水利事业的发展，宜鱼稻田达248.63万亩，这是本区潜力最大的待开发的养鱼水域。
据1982年统计，本区池塘、湖泊、水库、河沟总水面为184.7万亩，其中可养水面82.3万亩。池塘总水面为59.2万亩，其中可养水面36.6万亩；湖泊10个，总水面为47.8万亩，可养湖7个，面积为703万亩；水库1253座，总水面54.4万亩，可养水库1147座，面积为36.1万亩；河沟总水面21.3万亩，可养水面2.1万亩。