未设立水政水资源管理机构以前，遇有水事纠纷或水事违法案件，一般由业务职能部门出面进行处理，或协同地方行政部门和公安司法部门进行处理。由于水利设施多在乡村，水利管理单位的力量又薄弱，渔政管理又与库群关系联系在一起，因此发生的水事违法案件，往往不容易得到及时处理。水事纠纷涉及两县(市)的，地区领导出面协调处理，多数能解决。但也有部分纠纷虽经协商后有协议，仍不能完全执行。水政水资源管理处成立后，进行归口管理，情况好转。
水政水资源管理处成立后，主要是培训水政管理人员、进行水法宣传，发放河道采砂许可证，征收河道采砂管理费。截止1992年，已举办三次培训班，已收管理费10余万元两年间共发生水事纠纷88件，已处理的78件；发生水事违法案件242起，已处理的12起。处理中进行刑事处罚的4人，行政拘留的16人，罚款0.63万元，责令赔偿的2.62万元，没收非法所得2.91万元。违法案件大部分是在河堤渠道上违章建筑或打井、毁坏与偷盗水利设施、侵犯管理使用权，以及哄抢偷捕水库渔产品、无证捕捞，在河道上无许可证采砂等。水库纠纷案件中，也有个别是国家管理的水库未经协议就擅自抬高蓄水位等。