本区化学工业始兴于1958年前后。此间，相继建立起一些小化工企业，主要有滁县化工厂(生产硫酸和植物促进剂萘乙酸钠)、天长县钾肥厂、来安县化工厂(生产癸二酸)、全椒县化工厂(加工重晶石)、定远县化工厂(生产硫酸和硫磺)凤阳县化工厂(生产硫酸)、嘉山县化工厂(电解烧碱)、滁县钙镁磷肥厂等。
1959年，专区分别在滁县、定远县、凤阳县三县筹建年产800吨的小合成氨厂，后贯彻中央“调整、巩固、充实、提高”八字方针，停办。
1965年，重新在定远县炉桥镇筹建年产3000吨合成氨厂，此后，各县陆续重建氮、磷肥厂。到1976年，滁县、全椒、天长、嘉山、来安、凤阳5县相继建成年产3000吨规模的小合成氨厂。1976年以后，各县又兴建一批其它化工企业，如滁县电石厂、天长县化工厂、滁州市制氧厂、来安县振兴化工厂、凤阳县磷铵厂、地区化工研究所等。到1990年，全区拥有乡及乡以上化学工业企业80家，当年完成产值19114万元。全行业已基本形成化学原料制造、化学肥料制造、化学农药制造、有机化学产品制造、合成材料制造、炸药及火工产品制造、日用化学产品制造7个主要门类。
1992年，行署工业局系统管辖的化工企业共20家，其中氮肥厂7家，磷肥厂5家，化工厂3家，其它为磷铵厂、乙炔气厂、制氧厂、密封件厂、化机厂等。全部固定资产原值13621．4万元，净值9229．2万元，职工6561人，当年实现产值19531万元。主要产品生产能力，合成氨12．7万吨，普通过磷酸钙13．5吨(实物量)，尿素8万吨，复混肥5万吨，硫酸4万吨，离子交换树脂3．5万吨，液体二氧化硫3000吨，硫磺1000吨，溶解乙炔36万立方米，氧气5万立方米，偶联剂100吨，碳铵添加剂1000吨，聚酯树脂500吨，亚磷酸二甲脂500吨等。产品创省优15个，部优4个，获省级以上科技成果奖5个。
1992年全区乡及乡以上化学工业企业87家，产值27466万元，占工业总产值的2．86％，其中独立核算的74家，有职工8537人，固定资产原值16666万元，净值11258万元，实现产值25507万元，全员劳动生产率4001元／年·人。其中亏损的9家，亏损494万元。
本地区医药工业起步于70年代初，创办了滁州制药厂，80年代得到发展。1992年，全区乡及乡以上医药工业企业14家，产值8164万元，占工业总产值的0．85％。其中独立核算的10家，有职工1678人，固定资产原值2245万元，完成产值7940万元，产品销售收入5538万元，利税总额521万元，全员劳动生产率9737元／年·人。