一、自然保护
本区的自然保护工作是从80年代开始的。1982年经安徽省人民政府批准，建立了皇甫山自然保护区，面积5.4万亩，位于滁州市境内，主要保护北亚热带落叶林及鸟类资源等。近几年该保护区又建立了珍稀野生动物养殖场，使得野生动物种群数量得到了增加。1986年，滁州市琅琊山森林公园被批准为国家级森林公园后，至目前，已投资450万元用于景点建设、人文古迹保护和自然生态植被的保护，现已成为全国二十四大风景旅游区之一。
二、农业生态建设
1987年，在全区开展农业生态建设试点工作，现有生态试点5个：凤阳县蒋庄村、天长牧马湖、嘉山黄寨草场、滁州市担子、全椒县王桥。
凤阳县梅市乡蒋庄村，在1978年以后，全面推行农业大包干生产责任制，极大地调动了广大农民群众的生产积极性，粮食产量猛增，但是，化肥农药的用量逐年增多，农田地力下降，生态环境受到了污染。为了寻求一条充分而又合理地利用资源、保护资源、提高生态效益、经济效益和社会效益的建设生态农业的路子，1987年9月，凤阳县委，县政府从环保、农业、林业、水产、能源、科委等单位抽调十一名专业技术干部，成立规划小组，对蒋庄村进行了建设生态农业开展规划工作。规划以生态学理论为指导，紧密结合蒋庄村实际，从充分利用本地的自然资源出发，提出以调整产业结构为主导，重点开发水体资源和山场资源，促进农、林、牧、渔全面发展，兼顾经济、生态环境和社会效益。规划于1988年5月28日由北京市环科所等单位13位专家组成的评审组审议通过。经过几年的探索，蒋庄村的农业生态环境逐步进入良性循环，农民的收入逐年提高，效益十分显著。
嘉山黄寨草场为了改良草场生态，已更新改良草场5000亩，提高了牧草的收获量，促进了畜牧业的发展。
滁州担子、全椒县王桥根据生态理论和生态林建设规划，大力开展低产改造和农业水利基本建设，以林业为生态屏障，以沼气为纽带，使农、林、果、牧、渔有机结合起来，充分利用资源、能源，改善农业生态环境。
牧马湖位于天长县新华乡东部，面积7.5平方公里，过去是旱季长黄草，雨季变沼泽的湖滩之地。在新华乡党委、政府的领导下，加强牧马湖的综合开发，先投资132.7万元，修路开渠造林改田，使得砂石路面贯穿全圩，机耕路面四通八达，沟渠纵横交错，田林园成方连片，农林综合发展，涝能排，旱能灌，形成良性循环体系。现在牧马湖拥有农田2600亩，精养鱼池550亩，成片林540亩，林网8万米，桑田300亩；每年产粮15000万公斤，油菜籽15.15万公斤，成鱼25万公斤；木材生长量800立方米，初步形成了空中长树、地上产粮、水面养禽、水中养鱼的生态农业区。