一、行政管理机构
建国初，滁县地区的交通行政管理工作由滁县专员公署农建科(后改设建设科)负责。1954年4月，滁县专员公署设交通科。1956年2月，滁县、宿县两个专署合并成立蚌埠专员公署后，仍由建设科(合并前宿县专署没有交通科，由建设科分管交通，至蚌埠专署时沿用宿县专署体制)。1959年1月，建设科与驻在蚌埠的安徽省交通厅淮北公路运输管理局、蚌埠航运办事处合并，成立蚌埠专员公署交通运输局，实行行政、事业、企业合一体制。1961年3月，蚌埠专员公署撤销，重设滁县、宿县两专署，滁县专员公署设交通运输局。是年7月改称滁县专区交通运输管理局。1962年8月，国营汽车运输公司移交省交通厅，公路管理、航运管理分设后，称滁县专员公署交通局。1969年1月，滁县专署交通局与滁县公路管理段、滁县航运办事处、滁县汽车运输公司、滁县搬运管理处合并，实行政、事、企合一体制，组成滁县地区交通支队革命委员会。1971年9月改称滁县地区革命委员会交通局，与地区汽车运输公司、公路管理段、航运办事处、车辆监理所分开。1980年6月改称滁县地区行政公署交通局。
滁县地区行署交通局在业务上对滁州市、天长、全椒、来安、嘉山、定远、凤阳县交通局进行指导，其机构演变、隶属关系变化，均随着滁县地区行署交通局机构的变化而变化。
二、公路管理机构
建国前，滁县地区没有管理公路的专门机构。建国后，1950年2月，在定远成立公路管理站，属皖北公路局管辖，负责定远、凤阳县境内的公路管理工作。1951年4月成立皖北公路局滁县工务所，是年8月改为工务段，负责公路建设、养护和管理工作。1952年7月，成立安徽省滁县工务段，后改称安徽省交通厅公路局滁县养护段，1953年5月，改称滁县公路管理段。1956年2月，滁县和宿县两个专区合并，成立安徽省交通厅公路局蚌埠管理段。1961年3月，恢复滁县专员公署，滁县专员公署交通局内设公路管理段，是年7月，改称安徽省滁县专区交通运输管理局公路管理段。1962年8月，省交通厅公路局和航道局合并，成立安徽省交通厅公路航道管理局滁县专区公路管理段。1969年1月，滁县公路管理段与滁县专员公署交通局、滁县航运办事处、滁县汽车运输公司、滁县搬运办事处合并，成立滁县地区交通支队革命委员会，内设公路管理小组。1971年9月，交通支队撤销，公路管理小组析出，成立滁县地区公路总站革命委员会，1979年取消“革命委员会”称谓，1991年改称滁县地区公路管理局至今。
滁县地区公路局内设科室有办公室、路政科、工养科等。下辖滁州、全椒、来安、天长、定远、嘉山、凤阳7个公路管理站，以及机修厂、工程队、汽车队、材料站。1992年底，全系统人员2476名。
三、航运管理机构
(一)滁县地区航运管理局
民国32年(1943年)，安徽省国民政府第五行政专员督察公署迁驻全椒县古河镇，成立船舶管理处，管理滁河上游的船舶。民国37年(1948年)，中共天(长)高(邮)县委设立船管局。管理高邮湖和天长县境内的一部分船舶。
建国后，各港口的船舶由所在地政府管理，成立水上乡政府和村，船民建立船民协会。1953年1月1日，安徽省人民政府交通厅内河航运管理局滁县办事处成立，管辖滁县、炳辉(今天长)、来安三县的内河航运工作。(此时，全椒县属巢湖办事处管辖，嘉山、凤阳县属五河县办事处管辖)是年3月，滁县航运办事处和滁县联运分公司、滁县搬运办事处合并，成立国营安徽省滁县运输公司，内设航运管理科，对外称航运管理所，为企业、事业合一体制。1956年6月，撤销安徽省内河航运管理局，成立安徽省交通厅淮河航运管理局，在滁县设滁炳办事处，管辖滁县、全椒、来安、炳辉(天长)4县内河航运；嘉山、凤阳航运工作仍属五河办事处。1958年7月，撤销滁炳航运办事处，各县航运管理工作统属蚌埠航运办事处。1959年3月，蚌埠专员公署交通科与设在该市的省交通厅淮北公路运输管理局、蚌埠航运办事处合并，成立蚌埠专员公署交通运输局，内设航运管理处。1961年3月，蚌埠专员公署撤销，恢复滁县、宿县两专区，成立滁县专员公署交通运输局，内设航运管理处，是年7月，改称滁县专区交通运输管理局，内设航运办事处。1969年1月，滁县航运办事处与专署交通局、汽车运输公司、公路管理段、民间运输管理处合并，成立滁县地区交通支队革命委员会，内设航运小组。1971年9月，滁县地区交通支队革命委员会撤销，原航运小组改为滁县地区航运管理局革命委员会。1975年，成立滁县地区航运管理局，以地区领导为主，1978年改为省航运管理局领导为主。1980年，滁县地区航运管理局由正科级升格为副县级单位，仍以省航运管理局领导为主，机构延续至今未变。
(二)县、市航运管理站
全区现辖7县、市都设有航运管理站。天长县航运管理站成立于1949年2月，至1972年，更名为安徽省天长县航运管理站，机构名称沿用至今。全椒县航运管理站成立于1952年，1974综合治理滁河结束，三汊河船闸建成，在三汊河成立航运分站，机构名称沿用至今。临淮关航运管理站(即凤阳县航运管理站)成立于1953年，至1961年恢复滁县专署，划属滁县航运办事处止，机构名称沿用至今。明光航运管理站(即嘉山县航运管理站)成立于1956年，1961年2月属滁县交通运输管理局航运管理处，1972年以省航运管理局领导为主，机构名称沿用至今未变。来安县航运管理站成立于1959年，站址设汊河镇，1959年始称来安县航运管理站，名称沿用至今。滁州市航运管理站，前身是1953年成立的乌衣航运管理组，管理滁河航运工作。1959年，在乌衣航管组的基础上，成立滁县航运管理站。1983年12月，滁县撤县改滁州市(县级)，航运站随之改称现名至今未变。下设有乌衣、吴港分站。
四、交通管理站、检查站、监理处
(一)管理站、检查站
60年代，部分县的区镇建立交通管理站，作为县交通科的派出机构。70一80年代，各县先后成立交通管理站和交通检查站，负责管理当地的运输市场，维护交通秩序，参与当地乡村公路发展，管理渡运安全，征收运输管理费和小型机动车养路费。80年代，根据国家交通部颁发的《公路运输管理部门工作条例》的规定，公路运输管理分为中央、省、地、县、区五级体制，至1992年底，定远、凤阳、嘉山、全椒4县先后建立公路运输管理所，半塔、总铺、池河建立交通检查站。同时，在各县、区主要公路沿线，增设48个交通管理站。
(二)交通监理处
滁县地区交通监理机构成立于1971年，当时为滁县地区车辆监理所革命领导小组，人员从公路管理段的路政股划出，业务接受安徽省车辆监理处指导。70年代中期，各县先后成立车辆监理站。1985年，改称滁县地区交通监理处，升格为副县级机构；各县改称交通监理所，升格为副科级机构。1987年6月，根据国务院决定，全区交通监理机构成建制地移交给公安部门。
五、铁路管理机构
民国元年(1912年)，津浦铁路南段的宿州(宿县)至滁县地区境内小溪河段，由蚌埠车务第七分段管辖，石门山至浦镇段由浦口车务段第八分段管辖，民国15年后，由南向北分别改为津浦铁路车务段管辖。客运业务由津浦铁路管理局车务处营业课管理；货运业务由车务处运输课管理。民国27年2月，日军侵占津浦铁路，蚌埠至浦口段由日本华中铁道株式会社业务部管理，门乌段各站的客货业务由南京运输课管理。民国35年4月，改由南京国民政府交通部浦口区铁路管理局浦口管理处车务组管理，其中客运业务由车务处旅客课管理，货运由车务处第二课管理。1949年1月滁州解放，军委铁道部成立，津浦铁路蚌埠至浦口段由蚌埠市军管会铁路管理部管理。
建国初，门乌段各站隶属济南铁路管理局蚌埠铁路分局管辖。1953年1月，各铁路分局改为运输分局，门台子至管店站由蚌埠铁路运输分局管辖；三界至乌衣站归上海铁路管理局南京铁路运输分局管辖。1958年10月，蚌埠、南京分别设立铁路局，三界至乌衣站间划回蚌埠铁路分局，并设滁县、明光中心站。1961年，滁县、明光中心站合并成立滁县车务段。1963年4月，蚌埠铁路局改为蚌埠铁路分局，滁县车务段随之撤销，1972年底，分别设立滁县中心站和明光中心站，1978年9月，两中心站同时撤销，10月成立滁县车务段。
水蚌线刘府至炉桥段间车站隶属水家湖车务段管理。