一、农业税征管
1949年，全区农业税的征收采取“查田定产”办法计征。当年查出全区计有农业人口166.58万人，农村劳动力782884个，耕地面积710.8万亩，征收公粮8907.5万公斤，农业税征收工作一般分午、秋两季进行，午季为预征，征收品种为小麦。秋季水、圩田地区征收稻谷，旱地和山区征收黄豆、玉米、高粱等，经济作物区和缺粮地区可适当折征代金。公粮由纳税人送至当地仓库，运送粮食单程在25公里以内，为义务运送；超过25公里，按当地一般运价，由仓库发给运费，纳税人交纳的粮食，必须籽粒饱满，晒干扬净，不得掺水掺杂。1952年秋征时，全区改变运送公粮的方法，采取集体运送由乡组织的方式，加快了公粮入库进度。1953年根据群众意见，对少数常年产量畸高畸低田地的农业税作了调整。1954年，粮食实行统购统销后，全区公粮和统购粮同时由纳税单位运送粮库，只是在结算时按“先征后购”的原则，一次性扣除应纳的税粮。1956年以后，农业税实行“实物交纳，金额结算”的征收方法。根据纳税人应交的税额和品种，以当地国家收购中等牌价(或确定的征收价格)折算为应交金额，由粮食收购部门对其交售的粮食按质论价收购，结算时从价款中统一扣足应纳税额，使农业税收更为合理。1966年根据安徽省人民委员会的指示，对棉花、烟叶农业税的征收，改为依照正常年景的生产水平，分别按其原品种评定计税常年产量，统一按照核定的粮食作物现行税率计征，交纳实物。在征收时按应征税额七折计征，
中共十一届三中全会以后，全区农村普遍实行各种形式的家庭联产承包责任制，农业税收由队交队结改为户交队结、户交户结，同时恢复契税，新开征农林特产税，计征入库由财政部门直接办理，由乡政府负责落实到纳税人。1987年又开征耕地占用税，以土地部门审批的占用土地文件为主要依据，依率计征。
二、工商税收征管
1949年，全区工商税收征管处于探索阶段。当年货物税征收结合工商业登记，分别不同情况进行定期征收或短期包征制，其中规模较大的工商企业或靠近征收机关的工厂、企业均直接征收。营、牙税的征收由政府和征收机关共同领导，民主产生征收委员会掌握起征点和免界线。根据各县的具体情况，选择大、中、小集镇中能够代表一般营业状况的典型，进行调查测算，确定各地应有的负担率和任务后，县政府召开主要市镇商民代表座谈会，由工商税务局主持，县长作动员报告，宣布各地税收任务。征收时，均折合实物，限期交纳。屠宰税的征收管理办法是首先对屠户进行登记发照，然后固定营业地址，直接征收；分散在边远地区不能直接征收的，根据征收人员调查的生猪饲养量、分季节、估测屠宰量，由屠户每10至15天纳税一次。
1950年根据《全国税政实施要则》，全区对工商税收采取“使用统一发票、普建帐册、集中纳税”的方法，对工商户纳税进行分街、划段管理。1951年对私营规模较大的，有较健全帐册的工商业户，采取查帐与民主评议相结合的征收方式。对国营企业和供销合作社则根据其帐册，进行查帐征收。1952年根据华东税务管理局颁发的《行商管理通行通则》和《工商业税货运管理手续通则》，全区对行商实行货物运销单，对固定工商业户使用拨货证明单和销货证明单，对农、牧、渔、猎使用自产自销证明单。
1954年，为适应国家对私营工商业的社会主义改造，解决好行业和地区的矛盾，取消了中，小城镇划区分段管理税收的方法，改按行业编组进行纳税管理，在农村撤销税务小组，按行政区划设立税收区员、由基层政权组织管理税收。税收区员的行政领导属所在地区人民政府，业务领导直属各县税务局。同时，全区范围内普遍建立了纳税鉴定和纳税检查制度，加强对工商税收的管理。
60年代初根据省税务局的规定，全区对分散税源征管力量不足的采取委托代征的办法。对个体工商户生产的税率较高不好控制管理的产品，采取产品出厂(坊)时征税，或加盖验戳、查定征收。
“文化大革命”期间，工、农业生产遭到破坏，各种税收的正常秩序被打乱，工商税收征管工作基本处于瘫痪状态。
中共十一届三中全会以后，全区加强对税收的管理。健全纳税申报和纳税鉴定制度。新兴的工商企业(户)均需按时到指定的税务部门登记，申请纳税，税务部门认真做好纳税鉴定工作，以便使国营、集体和乡镇企业能够按章纳税。与此同时，加强票证管理。各纳税单位和个人均需使用统一发货票，不得出售、转借或代开，禁止使用非法票证。行署税务局不定时间、不定地点地调票审查，发现有错征和漏征的，及时按“依法办事、依率计征”的原则，多退少补。
三、税务检查
80年代起，全区税务系统加强税务检查工作。1987年7月至1988年1月，全区各县(市)税务局相继成立税务稽查队，查处税务违章案件。1988～1992年，全区稽查队配合有关部门，共受理各类税务违法、违章案件681起，查补漏税款1417万元。嘉山县稽查队查出嘉山县劳动服务公司大楼经理部利用两帐进行偷漏税7万余元；全椒县二郎口一个体户抗税不缴，行凶殴打税务干部，县稽查队查证后，报县检察院批准，依法逮捕。
1992年5月为宣传、贯彻最高人民法院、最高人民检察院有关司法解释，查处偷、抗税案件及参与税收环节的综合治理，强化以法治税，成立了滁县地区检察分院驻滁县地区税务局检查室，接着全区1市6县税务检察室相继成立。
到年底，全区各检察室共受理偷，抗税案件147件，其中偷漏、抗税税款万元以上的大案5件，10万元以上的1件。挽回经济损失80多万元。其中来安县税务检察室立案侦查了一个体户偷税10.4万元的大案；滁州市税务检察室在立案侦查一个体户偷税2万多元的案件时，当事人案发后潜逃，税检室人员追踪至福建、四川等地，终将案犯捉拿归案；嘉山县一个体户蓄意抗税，并闯入税收干部家毁坏物品，县税检人员获悉后立即与有关部门联系，将肇事者刑事拘留，天长县张铺镇一个体户抗税不缴，恣意谩骂并撕打税收干部，且煽动一些个体户围攻征税人员，造成千人围观的不良影响。税检人员闻讯后立即赶赴现场向不明真象的围观群众宣传刑事法律与税收政策，很快地控制了局，并依法逮捕了当事人。