全区国营商业成立初期，为集中财力、物力，打击投机倒把，稳定市场物价，实行资金大回笼、物资大调拨的高度集中的管理体制。商业企业内部则实行以中国共产党组织为核心的集体领导和经理负责制相结合的领导体制。
1958年至1960年，全区国营商业企业实行以中国共产党的支部或党委书记为核心的“一元化”领导制度。1961年后，国营商业实行常委领导下的经理负责制。
“文化大革命”开始后，全区商业系统管理混乱，行政体制也不稳定。1971年全区开始推行贫下中农管理农村商业，“贫管”代表进驻基层商业单位，参加企业领导班子，“管头、管尾、管方向”。
1978年后，全区商业开始实行“常委集体领导，职工民主管理，经理行政指挥”的领导体制，国营商业企业逐步推行职工代表大会制。与此同时改革管理体制，扩大企业自主权并实行利改税。1982年开始在滁县进行商业企业经营承包责任制试点，之后在全区国营商业系统逐步推广。1984年在地直商业系统率先实行专业公司对商业局、商业局对财政局的“联坏承包”。截止1988年底，全区76个中型商业企业有71个已实行多种形式的承包，占总数的93.4％，其中向地方财政承包的64个，向主管局承包的7个。这一时期对小型商业企业实行放开经营，自负盈亏的经营体制，并允许租赁给个人承包经营。全区420个小型商业企业到1992年几乎全部放开经营；其中转为集体性质的有50个，租赁给个人经营的68个，集体承包经营的296个。由于放开经营，初步实现了所有权与经营权的分离，增强了企业活力与竞争意识，企业经济效益明显提高。