在长期与疾病作斗争中，本区人民积累了丰富的中医药知识。明清时期，已有不少名中医和医著。20世纪中叶，本地中药材滁菊、明党参、桔梗、柴胡等，已开始销往沿江各省和上海、香港等地。清光绪三十三年(1907年)，西医传入本区，由基督教徒或教会创办医院，传教施医。
1939年，新四军进入皖东，建立为人民服务的新型医疗卫生机构，还创办卫生学校，培训医务人员，实行救死扶伤。
建国前，本区经济落后，卫生事业发展缓慢。民国31至36年(1942～1947年)，各县先后设置县卫生院，每院医护人员仅10人左右，病床5—10张，药品20—30种，小型器械10—15件，房屋5—10间。另外，各地还有少数规模很小设施简陋的私立医院、私人诊所和中西药铺。由于国民党反动政府搜刮民脂民膏，人民生活极端贫困，缺医少药在广大农村普遍存在，加之平民百姓缺乏卫生知识，各种传染病流行猖獗，人均期望寿命仅有39岁。
建国后，党和人民政府十分重视人民身体健康，大力发展医疗卫生事业，逐步形成了一个遍布城乡的医疗卫生网络。1992年底，全区有卫生机构574个，病床6865张，卫生技人员8189人，县级医院16所，区、乡、镇卫生院262所，工业及其它部门医务室257个。医疗设备不断更新，技术力量日益雄厚，医疗水平逐步提高。地区医院能开展椎管内手术、骨肿瘤大块切除加植骨术、椎管狭窄减压术、肾部分切除术、腹膜后淋巴清扫术、膀胱全切除肠代膀胱术、食管中段癌切除颈部吻合术、肝叶切除术、门静脉高压脾肠腔静脉分流术。各县市医院能开展心血管、脑血管、血液病诊治，上腹部手术，剖腹产，子宫切除术，一般肿瘤切除。
全区消灭了古典型霍乱、天花、鼠疫等烈性传染病和回归热，黑热病、白喉、斑疹伤寒连续多年没有发现病人，头癣、埃尔托型霍乱、猩红热、钩端螺旋体病、流行性脑脊髓膜炎等传染病发病率明显下降。人均期望寿命提高到69岁。