本区野生中药材品种繁多。萎蕤(玉竹)、知母(南沙参)、白鲜(白藓皮)、贝母、白薇、当归、牡丹、木香、鬼臼、石韦、虎杖、刘寄奴草、棠球子(山楂)、坐拿草、地锦等15种药材，早在北宋《国经本草》、《嘉祐补注本草》及明代《本草纲目》等文献中就有记载。此后，明、清的《滁州志》和各县志都记载有药用动、植物的药材品种以及其采集、收购、销售等史况。明泰康元年，《全椒县志》记载有王瓜、蟾酥等药材95个品种；清道光《天长县志》记载有桔梗、蛇莓等51个品种，《定远县志》记载有柴胡、明党等15个品种，《来安县志》记载有南沙参、莞青等51个品种。
建国后，党和政府重视野生中药资源的利用和保护。1958年，全区各县均办起了药材培植场，指导农民种植和养殖中药材。培植品种由建国前滁菊花1种，发展到白芍、红花、玄参、薏苡仁、白扁豆、杜仲、辛夷、芡实、柏子仁、白苏子、紫苏、桔梗、丹参、薄荷、三棱、山楂、土别虫、珍珠等20多种。滁州名产滁菊花的种植面积由建国前20多亩，发展到高年份的8000多亩。1965年产量685吨，超过建国前最高年产量40倍。
1984年8月至1985年12月，对中药资源进行一次普查。全区中药材共分10个门类(藻类、真菌类、地衣类、苔鲜植物类、蕨类、裸子植物门、被子植物门、单子叶植物门、动物类、矿物类和其它类)281科1419种，含中药材1864味。按国务院和安徽省规定普查的药材，全区占有237种。其中国务院规定的363个品种中，全区查有206种，占56．7％；安徽省规定的270个品种中，全区查有208种，占77％。所查的237种药材，分家养、家野兼有和野生三大类型。家种家养药材有42种，家野兼有药材14种，野生药材181种。
附：全区主要中药材品种简介
明党参清康熙《滁州志》称明浸，俗称山花宝，为伞形科多年生草本植物。根入药，春末夏初采挖。
明党参有润肺、补气、养血生津、温脾、化痰、止咳等功用，既是中医常用处方用药，又是保健滋补营养品。
琅琊寺西北侧的稀疏林下灌木丛和竹林边、石缝间都有明党参生长，由于扎根于自然腐植土层之中，所以质地优良，市上列为上品，行销上海和江、浙、闽、粤、湘、赣等省，还出口远销东南亚。
桔梗俗称大药，为桔梗科多年生草本植物。根入药，秋季采集为佳。
桔梗有宣肺、祛痰、排脓之功效，为止咳祛痰要药。
琅琊山上出产的桔梗，体质坚实，呈菊花心状，色白、味苦，属于优质品种，行销全国各地，还出口畅销东南亚。由于大量采挖，桔梗资源已大为减少，现处于供不应求状况。
滁菊原名甘菊，为菊科多年生宿根草本植物。花系入药，人工栽培。
滁菊为滁州特产，有200多年栽培历史。原产定远县池河和滁州大柳等地，称池菊、甘菊，后移栽滁州琅琊，称滁菊。
滁菊花具有疏风、清热、明目、解毒之功效，为防治感冒伤风、高血压和心血管疾病之要药，又可作防暑降温的保健饮料。滁菊花为菊花中之优良品种，古人称为“金蕊玉瓣，翠蒂天香”。清光绪《滁州志》记述：“甘菊产大柳者佳，谓胜于杭而不可多得”。著名中药学家、中国科学院学部委员叶竹泉先生编著的《现代实用中药》评论滁菊花说：“安徽滁州产者味最清凉，……白菊中以此为最良”。中国科学院编的《中药志》记载：“滁菊瓣软细浓密，味清芬幽郁，故视之为佳品”。南京药学院编的《中药大辞典》，将滁菊花列为毫、滁、怀、杭全国四大名菊之优良品种。
滁菊花的国内外需要量很大，正常年份需要量100吨左右，一般能满足供应。滁州制药厂1980年制成滁菊花品，行销全国20多个省、市、自治区。
紫丹参俗称红根，为唇形科多年生宿根草本植物。根入药，冬春采集。
紫丹参有活血祛淤、安神宁心、排脓止痛之功用。主治心绞痛、月经不调、痛经，闭经、积聚、淤血、骨节痛等。
本区出产的紫丹参品种纯正，系野生。其表面红综色，断面紫红色，易折断，内层显菊花纹，味甘微苦。较人工栽培的丹参质地优良，行销国内外。
百蕊草俗称小草，为檀香科多年生寄生草本植物。全草入药，4—5月份采集。为广谱抗菌药物，有解热消炎作用，对急性乳腺炎、肺炎、肺脓疡、扁桃体炎、上呼吸道感染等均有显著疗效。
琅琊山低山草丛均有分布，1971年开始开发利用。全区年均收购2—3万公斤，最高达10万公斤。过去运销上海，现滁州制药厂已制成“百蕊草糖浆”、“百蕊草冲剂”、“百蕊草片”等中成药，销往全国20多个省、市、自治区。
春柴胡俗称小药子，为伞形科多年生草本植物。全草连根入药，春末夏初采集，以色绿质嫩者为佳。有和解表里、疏肝、升阳的功能，主治寒热往来、胸满肋痛、头痛目眩等。
野生柴胡分布面广，属大宗药材之一。每年医药部门收购量达数万公斤，行销上海和江、浙、闽、粤等地。
酸枣《诗经》中称棘，俗称野枣子，为鼠李科植物，落叶灌木。主要药用部位为种子，称酸枣仁，九、十月间采集成熟果实加工取得。酸枣刺(棘刺)、叶(棘叶)及花和根皮等，《中药大辞典》记载均有药用价值。
酸枣仁有镇静、催眠镇痛、抗惊厥、降血压等作用。根皮可治便血，烧、烫伤，高血压等；叶、刺、花可以消肿、溃脓，民间流传治臁疮腿。
本区凡向阳山坡的干燥脊土处都有酸枣分布，形成灌木丛。蜈蚣俗称百脚，为大蜈蚣科节足动物。全虫入药，春末夏初捕获。蜈蚣，辛、温、有毒，有祛风、定惊、攻毒、散结的功能。主治中风、惊厥、破伤风、百日咳等。
本区蜈蚣为红头、褐背、金爪，属于正品蜈蚣。琅琊山石隙和腐质草丛，来安的长山等处都有蜈蚣栖息。每年有数十万条销往全国各地和出口国外。
蝉蜕俗称知了壳，为蝉科动物昆虫黑蚱羽化时的蜕壳。蝉的全部虫体均有药用价值。
蝉蜕有散风热、宣肺、定痉的功用，主治外伤感染、咳嗽音哑、麻疹透发不畅、风疹癫痫等。
此外，大宗药材如南沙参、半夏、紫堇、地丁、菝葜、白头翁等，均在国内外很有名望。稀有品种尚有野生灵芝、太子参、延胡索等。