三国时期，滁地已受到佛教的影响。据清康熙《滁州志》载：滁人潘运白皋(清顺治六年进士)，于西山蚕寨寺(今花山乡丰山村杨庄队)旁断石桥上见瓦秋砖，上有“赤乌二年”字。
到了唐代，佛教已在滁州逐步兴盛起来。城内的兴寿院(后周显德年间易名龙兴寺)、城中的开化寺(宋代易名为乾明寺)、常山岭的闲林寺等寺院均建立于这一时期。唐大历六年(771年)，滁州刺史李幼卿命僧法琛在琅琊山上建筑寺院。兴建过程中得到名僧智广、护忍、慧通、道扌票、道揖的帮助，寺院规模宏大，成为江北名寺。唐代宗李豫为其赐额“宝应寺”。后周显德三年(956年)赵匡胤率兵攻克清流关和滁州城，其间宝应寺被毁，后滁州刺史王著重建。
宋代，滁州的佛教进入历史上最兴盛的时期。北宋乾德二年(964年)，宋太祖命滁州刺史胡琉扩建宝应寺，并建御书阁，内藏“四朝御书”。太平兴国三年(978年)宋太宗赵炅为其赐额“开化禅寺”，僧慧觉、广照为该寺住持，前来参学寓席的僧尼多时日达500人。这个时期，滁州兴建的寺院渐多，比较著名的有黄山寺、白云庵、普贤庵、天同院、上陵寺、黄悦寺、龙蟠山寿圣寺和城西光孝寺等，先后得到皇帝御赐匾额。熙宁元年(1068年)僧崇定获佛舍利600枚，沿琅琊古道旁以石垒建舍利塔49座。元丰四年(1081年)僧净果住持开化禅寺，日诵《华严经》，远近信向。元二年(1087年)滁州刺史陈因将龙蟠山寿圣寺建为十方居，请法诚禅师主之。这个时期，四方居学士云集，最多时达百余众。绍圣二年(1095年)滁州刺史曾肇写有《龙蟠山寿圣寺记》。政和七年(1117年)宋徽宗佞信道教，排斥佛教，令天下置神霄玉清万寿宫，滁城西南光孝寺改为神霄玉清万寿宫，为道教所用。宣和三年(1121年)复为佛寺。南宋建炎三年(1129年)城内的龙兴寺、光孝寺和琅琊山的舍利塔，毁于战乱。绍兴年间(1131～1161年)光孝寺修复，赐名为“光孝禅寺”。隆兴二年(1164年)龙蟠山寿圣寺被金兵所毁，仅存藏经楼。淳熙十一年(1184年)僧正祥重建龙蟠山寿圣寺。嘉泰年间(1201～1204年)龙兴寺增建东廊、钟楼及寺门。嘉定年间(1208～1224年)城南15公里处建法华寺。末年滁州又陷入战乱，龙兴寺、寿圣寺再次遭毁。
元代，滁州佛教稍有复苏。先后在城西北大柳树集(今曲亭乡大柳村)建观音庵，皇甫山建弥陀庵、大圣庵，沙河集西北建盈福寺等。这些寺庵均地处山区，远离城镇，规模较小。元末战乱中，琅琊山开化禅寺、光孝禅寺、黄悦寺等被毁，佛教复趋萧条。
明代初期，滁州寺庵逐渐恢复和兴建。明洪武六年(1373年)僧绍宁、无为重建开化禅寺。洪武八年宋濂从皇太子游琅琊山时，见开化禅寺“入院皆瓦砾之区，唯新构屋三楹，间中施佛像”。洪武十八年僧无为募修龙兴寺。洪武二十四年明太祖令礼部清理佛教，限定僧人三年一度结牒，凡各府、州、县寺宇只保留一所宽大的，让僧人聚居。滁州的黄悦寺于洪武二十五年归并丛林；许龙泉庵留僧2人守寺。明代中期，恢复、兴建的寺庵逐渐增多，佛教在民间广泛传播。天顺、成化年间，龙蟠山寿圣寺稍事修葺。成化二年(1466年)僧德悟重修黄悦寺。成化八年建兴珠广福寺，嘉靖年间建有矾山寺、药师庵。万历元年(1573年)南太仆寺卿陆光祖捐俸倡修龙兴寺，使之成为滁阳寺刹之冠。万历三年陆光祖又捐俸助建一宿庵于乌衣镇，并写《一宿庵记》。万历十九年南太仆寺卿唐元钦、少卿王汝训、寺丞张思忠助僧觉明建幽栖寺，为一时庵院之冠。至明末，新建的寺庵有独山寺、无量庵、闻入庵、永济庵、胡家庵、野渡庵等20多座。此时，僧人农禅并举，“乱石都成佛，穷僧半作农”(明区大相作《吕太仆招游幽栖庵》)，从事生产劳动的现象很普遍。由于僧尼数量增多，缺乏管理，非法枉法之事亦有发生。琅琊山开化禅寺僧利其息入，肆意枉法，至使焚供几废。南太仆寺少卿钱士完于万历年间，将田168亩给寺常住为永业，赡于僧众，并择人留守寺院。
清代，滁州的佛教寺院先后兴建有100多处，遍布城乡，且均有田产。清嘉庆年间(1796～1820年)住持僧皓清见琅琊山开化禅寺日久颓废，于是托钵奔走浙江、广东诸省，募化巨金，重建寺院，改寺名为开化律寺。传南山律宗，开坛放戒，僧众云集，多时达800余众。咸丰三年至咸丰八年间(1853～1858年)，太平军多次攻克滁州，其间开化律寺、九莲峰庵等被毁。此后，滁州佛教凋蔽益甚，龙兴寺、光孝禅寺、野渡庵、弥勒寺、独山寺、药师庵、龙泉寺、广武卫祠山庙等均废圮不兴。
民国初期，军阀混战，民心惶惶，大多数寺庙门庭冷落，日渐颓废。此间，唯开化律寺再次中兴，住持僧达修，托钵化缘，募得巨金，先后复建大雄宝殿、明月观、藏经楼、韦驮殿等殿堂百余间。民国26年(1937年)，日军侵滁，西寨广福寺、盈福寺、野渡庵、赵村大圣庵、太平庵、西方寺等均被毁；琅琊山的开化律寺部分建筑被烧毁。至滁县解放前夕，尚存较大的寺、院、庙、庵53座。其中开化律寺有瓦房60余间，田产2700多亩，还有树林；僧人12名，工人数名。
滁境解放后，佛教活动逐渐减少。1951年土地改革中，寺庙田产大多数分给农民。僧、尼中缺乏生活来源的24人，也分得了126亩土地。据1956年统计，全县尚有寺庙48座，房屋398间。其中城内寺庙被占用的有5座，计37间；乡村大部分寺庙已无僧人住守。1956年，全县尚有僧尼住守的寺庙有：琅琊山开化律寺、龙华寺、复兴庵、南台寺、一宿庵、丰乐亭、二郎山祈福寺等7座。同年，开化律寺被列为省级文物保护单位。其间，开化律寺内仅有僧人4名，除佛教节日外，平时已不焚香。1957年，“反右派”斗争开始后，僧尼人数更为减少，一些寺庙也被拆毁。至1959年，群众自动毁掉香台532个，各种铜、铁、瓷、木制成的菩萨51种(尊)。1960年，全县有僧人的寺院仅有开化律寺、龙华寺、二郎山祈福寺3座，基本上不进行佛事活动。
1966年“文化大革命”开始，“红卫兵”、“造反派”进入开化律寺，将所有的佛像、佛经、字画、额匾、大小法器(除一铜罄外)以及部分石碑，全部破坏。住持僧超然被揪斗游街，强迫劳动，后下放到滁东公社。下院龙华寺及二郎山祈福寺内佛像也被毁，僧人被下放到腰铺和花山公社，僧常圆急疯致死。1968年9月在开化律寺大雄宝殿内建成“阶级教育展览馆”，对外展出大型泥塑《收租院》。1972年10月，为保护文物，滁县地区革命委员会政工组文化小组调回超然，协助有关单位复修开化律寺。
1978年中共十一届三中全会以后，开化律寺得到全面保护和修整，省、县人民政府先后3次拨款葺修寺院。1981年省人民政府再次将开化律寺列为省级文物保护单位。同年10月以后，开化律寺的大雄宝殿、韦驮殿内重塑24尊佛像、1组海岛观音像。1983年4月，开化律寺被国务院列为汉族地区佛教全国重点寺院之一。1985年，住持僧果圆去普陀山、宁波、苏州、扬州等地购置一批大、中型法器，计有2.5千公斤重的铸铁钟，3.5米高的“万年宝鼎”，直径1米的法鼓和大香炉，以及幡帐、经书、僧衣等。于农历八月十五日举行佛像开光仪式，放焰口3天，参观人数达千人次。自此，开化律寺的佛教活动逐渐兴盛。每逢农历正月初九庙会，游人、香客充塞于道，寺内香火弥漫不绝。
滁州佛教先后流传过禅宗、律宗、净土宗等宗派。唐宋两代，禅宗在滁州最为兴盛。唐大历六年在琅琊山兴建的宝应寺，即为禅宗道场。北宋初改额开化禅寺，住持僧慧觉、广照为南传禅宗临济宗第十一世传人，其广嗣多分布于江南，影响甚广。南宋时，滁州黄悦寺、延塘广福禅寺、光孝禅寺等一些规模较大的寺院，均先后改为禅宗道场。明代，禅宗逐渐衰弱，净土宗则广泛传于民间，影响较大。清嘉庆年间，重建琅琊山寺院。易名为开化律寺，僧皓清为南山正宗古林第八世，传南山律宗。自此，律宗在滁州盛极一时，影响至今。
滁州的佛教事务管理，自明代始。明洪武十六年设僧正司于琅琊山开化禅寺内，龙兴寺僧德学为僧正，掌管境内佛教事务。洪武十八年德学修龙兴寺，僧正司随之迁往。到清顺治年间，虽仿明代的管理体制，僧正司已是名存实亡，无人任职。清光绪三十年，滁州知州熊祖诒邀将军集保(今肥东县广兴乡将军集一带)准提庵僧达修主持琅琊山开化律寺，兼理岳庙、泗洲庙、准提庵、二郎山祈福寺、矾山寺以及蚌埠的大佛寺、关岳庙、昭忠祠。民国30年，僧根如应邀来滁主持开化律寺。新中国建立后，于1956年成立琅琊山开化律寺佛教管理委员会。境内尚有僧人的寺庙：龙华寺、复兴庵、南台寺、一宿庵、丰乐亭、二郎山祈福寺等7座，均由开化律寺兼理。1961年住持根如圆寂，由超然接任开化律寺住持。1966年8月以后，开化律寺由县商业局饮食服务公司接管。1972年10月，由地区革命委员会政工组文化小组管理。1974年夏，开化律寺由琅琊山文物管理所管理，隶属地区文化局。1980年6月，由地区琅琊山管理处管理。1985年，该寺交由僧人管理，并恢复佛教管理委员会，由僧果圆负责。1986年9月，由滁州市人民政府民族宗教事务科行政领导，其佛事活动由僧人自行管理。1986年11月，僧果圆接任开化律寺住持。
滁县解放初期共有僧尼66人，1955年有僧尼32人。人民政府对于缺乏劳动力的3名老年僧人，实行供给制，后每月给大米150公斤。1961年为解决宗教界人士的生活来源，佛教管理委员会与基督教联合开办琅琊山招待所(地址在公管巷基督教堂东院)，并开办纸盒厂，还从事养蜂生产。开化律寺经济独立核算，至1986年底，共筹款10多万元，建成素餐馆，全国佛教协会会长赵朴初为该馆题额“积馨斋”。1987年开化律寺有僧15人，主要经济来源有：门票、素餐厅营业、摄影、副食品供应及出售香、烛、经书、工艺品等。
僧人的地位，自新中国建立后有很大提高，有名望的僧人参与国家政事，住持僧根如、超然、果圆多次当选为县人民代表大会代表、县政协委员、省政协委员、安徽省佛教协会副会长、常务理事、全国佛教协会理事会理事。1956年，僧超然被人民政府保送到北京法源寺中国佛教学院学习2年，结业后回琅琊山开化律寺，于1961年任住持。1983年后，地区宗教管理部门推荐了僧顶光去南京中国佛教学院栖霞山分院学习，毕业后，回寺担任都监，协助住持料理事务。