安徽省大小湖泊有580多个，总面积35万公顷。其中，0.67万公顷(10万亩)以上的大型湖泊14个，666.7公顷(万亩)至0.67万公顷(10万亩)的中型湖泊37个。湖泊主要分布于长江、淮河沿岸，其中长江水系湖泊面积25.3万公顷，占安徽全省湖泊总面积的70%左右；淮河水系湖泊面积9.7万公顷，占安徽全省湖泊总面积的30%左右。
安徽省湖泊种类多样。按照湖盆成因作分类标准，有由河流演变而成的河迹洼地型湖泊；有地壳构造运动导致的构造型湖泊；有泻湖发育而成的泻湖型湖泊，还有少量的由矿区地表塌陷而成的塌陷型湖泊等等。多数湖泊能发挥良好的防洪、灌溉、渔业等功能，但也有不少湖泊存在严重的水质污染，水土流失导致湖面淤塞，以及围湖造田等问题，制约着湖泊多项功能的发挥。
安徽长江水系主要湖泊在龙感湖、黄湖、泊湖、陈瑶湖、菜子湖、白荡湖、破罡湖、石塘湖、武昌湖、升金湖、枫沙湖、巢湖、南漪湖和石臼湖等，其中巢湖面积390平方公里，流域面积1.42万平方公里，是安徽最大湖泊，是中国第五大淡水湖。淮河水系的主要湖泊有城东湖、城西湖、瓦埠湖、焦岗湖、高塘湖、天河湖、花园湖、女山湖、七里湖等。其中瓦埠湖面积80平方公里，流域面积4100平方公里，是安徽淮河水系中最大湖泊。