一、河流
淮河穿越本县北境，境内主要河流还有濠河、小溪河、板桥河、天河、窑河等，均源自南部山区，依地势自南向北流入淮河。
1、淮河
淮河在境内属中游下段，上接蚌埠市自陆台子入境，呈北西至南东向，至临淮关改西南至北东向，下经花园湖口枣巷渔业乡附近出境，泄入洪泽湖，境内流程52.5公里，河床平缓，平均纵比降0.18‰。河床原来较窄而深，从西夏天庆元年(1194年)至清咸丰五年(1855年)黄河夺淮入海近700年间，黄水携带大量泥沙入淮，致使河床逐渐变宽增高。沿河筑有防洪大堤，顶高21米左右，宽3—5米，目前防洪标准可达20年一遇，保护耕地17.87万亩，人口7.37万。堤埂虽经多次加高培厚，但堤背面渗水，堤身单薄等险段仍有13处之多。其间设有霍小段（1）、（2）行洪上口门和曹临段行洪下口门（1）、（2）及霍小段行洪下口门5个行洪口门，与花园湖、方邱湖等承担滞洪任务。由于5个行洪口门高程均在21米以上，需降低0.5米左右才能有效地达到行洪之目的。洪水期水位高出两岸地面2—3米。河面宽1400—1600米，水深20—28米；枯水期水面宽400—450米，水深3.5米。当洪泽湖人工控制水位11.5米时，可常年通航500吨驳船上至蚌埠市，下入洪泽湖。
淮河为两源型河流，临淮关年平均过境水量约262亿立方米，但由于淮河流域为我国季风进退和冷暖空气南下北上的必经地带，冷暖气团交绥与大气环流相配合而产生持续降雨或久旱不雨，使得淮河的年径流量在不同的年份内相差很大。临淮关多年（正常年份）平均流量871立方米／秒，而在典型的洪水年份内的年平均流量高达2280立方米／秒（1921年），最高水位曾出现过21.38米（1954年7月31日）；典型的枯水年份内的年平均流量144立方米／秒（1978年），最低水位只有13.54米（1978年元月15日）。洪水年与枯水年的重现期都为100年，但两者年平均流量相差竟高达16.5倍。经计算出年径流量变差系数er值0.61，居全国各河流之首位。从民国5年至民国26年、民国36年至民国37年、1950年至1984年实测的58年资料中，最丰水年7年，占12.1％；丰水年12年，占21.9％；平水年17年，占29.3％；枯水年13年，占22.4％；最枯水年9年，占17.3％。可见淮河在近60年来，以平水年和枯水年份居多，达2／3以上；丰水年及最丰水年份不及1／3。
淮河径流的年内分配，集中程度较高。正常年份汛期（6—9月）占年总水量2／3左右。月最大值与月最小值之比在10倍左右。最大月出现在7月，其水量占年总水量1／4左右；最小月出现在1月，其水量只占年总水量1／50。洪水年份内，其集中程度更高，汛期可占年总量的85％以上，其数值相当于正常年总量的2—3倍，月最大值可达当年总水量的1／3—1／2，其数值相当于正常年份的总水量，为其典型枯水年的总水量的5—10倍。由此可见，流经凤阳县境内的淮河，年径流的年际、年内的变化幅度都是我国最大的河段。现将临淮关淮河径流各典型年份的年内分配列表如下：淮河临淮关段径流年内分配情况表
表2—5单位：立方米／秒

淮河凤阳段的洪水，与年径流量有很大的相似之处，在各不同的年份内，其数值均占当年径流总量的60％以上。现将淮河各时段洪水组成列表如下：
淮河洪水各时段组成情况表
表2—6单位：亿立方米

淮河3天洪水总量为其枯水年份总水量的2.35倍；30天洪水总量为正常年径流量的1.12倍。由于降水的年际变化大，使得本县境内淮河的洪峰流量年际变化也大。最大洪峰流量高达26500立方米／秒（1921年8月20日）；最小洪峰流量996立方米／秒（1978年7月14日），两者变幅26.6倍，经计算其变差关系值ev是1.09，这在我国河流中实属罕见。
淮河在宋代以前属少沙河流，后经过多次黄河夺淮后，遂成为我国多沙河流之一。尤其近20多年来，流域面上不合理的土地经营，侵蚀量加大，使淮河的含沙量增高。泥沙集中在汛期，占泥沙年总量80％以上，正常年份内含沙量404公斤／秒，输沙量1270万吨；年最大输沙量高达2680吨（1964年）；年最小输沙量为10.2万吨（1966年）。大量泥沙沉积在河道中，逐年淤高河床10—15厘米。
在天然情况下的淮河凤阳段水质，属低矿化度的优质水，宜于工农业生产和人畜饮用。但自70年代以来，受到淮河上游工业城市排放有毒废水的影响，水污染日趋严重，1975年以来挥发性酚含量达0.01—0.045毫克／升，超出国家标准4.5倍；氨氮超标高达100倍，河水不能饮用，鱼类大批死亡，临淮关自来水长期不符合用水标准。
2、濠河
有东西两源，皆发源于凤阳山北麓，自南向北，横贯本县中部，至临淮关入淮河，为境内最大的河流，全长50公里，流域面积621平方公里。
东源出自濠矿山泉水，因山中有石穴出钟乳石，又名钟乳山，今为白云山，濠河由此而得名。濠矿山泉水众多，以玉蟹泉、南泉、北泉、西泉、森泉、八卦泉、朱石泉等水量较大，终年不断，这些泉水组成濠河的源头，与青山各来水相汇于王二桥（今为王家桥），向北经北湾、殷涧乡、亮岗乡在岔口东南部与西源汇合，长14公里。
西源出自离山东麓玉女潭，汇合牛背、马跑、木龙、洪洞沟、大涧、普搓、柳泉、灵泉、凉泉等溪水，北出射子口，向东经邬岗、叹儿湾、周圩、大庙、亮岗等地与东源汇合，长18公里。
东源与西源汇合后向北约10多公里经大通桥，再北流4公里，在独山口西纳来自府城周围各沟桥水，该水又名独山新河，由清乾隆三年（1738年）知府杨毓健修竣，夏秋季节濠河受淮河水顶托，可通3至5吨小木船至府城，冬春季节则不通航。河水连续北流4公里，进入临淮关又北行1公里，穿铁路大桥、濠梁桥，在广运桥旧址注入淮河。
濠河河道弯曲，流水不畅。自河源至亮岗为上游，水面宽1—10米，河槽深切5—8米，比降0.14‰；自亮岗至陈家湾为中游，地形为高低起伏的岗地，河面宽10—20米，比降减少为0.02‰；自陈家湾至临淮关为下游，地形为宽阔的冲积平原，河面宽30—50米，比降0.12‰，两岸筑有河堤，长8.5公里，宽1.5—2.0米，高程21.5米，防洪标准为5年一遇，保护农田3.6万亩，人口2万，1975年曾将原河道截弯取直、拓宽河床，开挖新河约8公里，比较有效地提高了濠河的防洪能力。1956年西源在射子口建官沟水库，可灌5.45万亩；1958年东源在山陈家建凤阳山水库，可灌7万亩。濠河入淮水量每年平均9808万立方米。
3、板桥河
发源于黄泥铺附近丘陵地带，自南向北，穿本县中部偏东，经老板桥入花园湖，沿途纳10条小溪流，全长55公里，流域面积228平方公里。河面宽5—15米，比降0.02‰。干旱季节断流，全年不通航。年平均径流量3648万立方米。
4、小溪河
发源于县东南部与定远县交界石牛山附近，自南向北，经大溪河乡入花园湖。沿途纳8条小溪，全长50多公里，流域面积329平方公里。自河源至燃灯乡为上游，河面宽5—8米，河槽深切4—7米，60年代建燃灯寺水库；燃灯乡至小溪河乡为中游，河面增至10—15米；小溪河乡至河口为下游，该段又称大溪河，河面宽20—30米，比降0.18‰。年平均径流量5593万立方米。
5、天河
发源于南部最高处狼窝山附近，自南向西北，至宫集乡附近入怀远县注入淮河，全长60多公里，本县境内河长20多公里，流域面积218平方公里。年平均径流量3270万立方米。
6、窑河
发源于县武店附近丘陵岗地，自东北向西南注入高塘湖，于怀远县新城口入淮。本县境内长20多公里。流域面积153平方公里。大小支流众多，约12条。年平均入高塘湖水量2295万立方米。
7、鲍家沟
发源于县西北部、蚌埠市东郊长淮卫附近，自西向东于姚湾附近入淮，长20公里，宽20米，本县流域面积80平方公里，年平均入淮水量1120万立方米。为防止淮水汛期倒灌，河口建有闸门。两岸设堤防，长10公里，高程21.40米，防洪标准为10年一遇。
8、池河
发源于江淮分水岭、定远县境内。县东部有三条池河支流，长18公里，于梅市附近注入池河，本县流域面积120平方公里，年平均径流量2040万立方米。
二、湖泊
境内湖泊水域面积共9万亩，占全县水域总面积37.4％。
1、花园湖
位于县东北部，距府城约23公里。跨凤阳、五河、嘉山三县。湖面主属凤阳县，为境内最大的淡水湖泊。南纳小溪河、板桥河来水，北经花园湖闸（1954年建）泄入淮河。积水面积872平方公里。湖盆为郯庐断裂带凹陷洼地，形似“Ｔ”字，周长104公里，东西与南北方向均有10公里之长，湖底高程为11.50米，正常水位12.60米，湖面约30平方公里，平均水深1.10米，蓄水量1850万立方米。汛期水位高达19.00米，湖面扩至80平方公里，平均水深3.5米，蓄水量达3亿立方米，为淮河中下游重要滞洪区之一，1950年、1954年、1956年先后三次为淮河蓄洪。湖底平坦，淤泥较厚，水草丛生，水呈绿色，透明度0.5米，PH值8.3，矿化度213毫克／升，为重碳酸钙型水。水产资源丰富，盛产毛蟹、鱼、虾、河蚌等，为全国四大淡水湖泊渔业开发研究基地之一。
2、月明湖
位于临淮关东南500米。南纳2条小溪来水，北经一渠道入淮。湖面长方形，面积2平方公里，最大水深2米，蓄水量200万立方米。为防汛期淮河水倒灌，60年代建一节制闸。盛产河蚌、芦苇。秋冬水枯。
3、方邱湖
位于门台子北1公里，原水面5平方公里，水深不及0.4米。1957年已辟为方邱湖农场。