民国期间，安徽仅有农业改进所，兼顾水产技术工作。建国后，安徽省现有水产科研机构3个，其中省所1个，专业所2个。
一、农业改进所
其前身为农业推广所，建于民国18年（1929）。为当时安徽省政府建设厅下设事业机构，1945年易名为“改进所”，兼顾水产技术，以“自调查而试验，自示范而推广”，“联络农民，实地合作，督导养鱼”为其工作方法和宗旨。由于国民党政府历来不重视安徽水产事业，实验研究工作多随个人所好进行，脱离生产实际，水产科研和推广没有实际效果。
二、安徽省水产研究所
其前身是安徽省水产试验站，建于1955年合肥市西门外，梁余鑫任副站长。1959年迁往巢湖忠庙，归属安徽省农业厅领导。当时该站以鱼苗、鱼种张捕培育和鱼类饵料的研究推广为主要任务，同时还进行了食用藻类和海狸鼠的驯养繁殖。1961年，试验站迁回合肥西郊七里塘，扩建为省水产研究所，归属安徽省农业科学研究院领导，梁余鑫任副所长。这期间该所与中国科学院南京地理研究所协作，进行巢湖渔业资源调查及梅山水库渔业利用的研究，这两个项目的研究报告，曾列入1963年国家科技成果公报。同时进行水库家鱼栓养催产，为解决当时山谷水库自繁苗种开辟新途径。“文化大革命”期间被彻销，科研人员下放农村“接受再教育”。仪器图书资料，遭到洗劫。1973年复建，归属省农科院领导。在合肥市西郊五里拐，占地120余亩，试验鱼塘50亩，温室1幢，办公室实验楼2000平方米。下设资源、养殖和品种3个研究室。该所的任务是：池塘养鱼优质高产、鱼类优良品种选育、中小型湖泊、水库及大水面的开发利用、渔业机械化和水产品加工及综合利用的研究。1978年以来，该所先后有13个项目获奖。其中获省农科院技术改进奖3等奖1项，4等奖5项，5等奖1项，获安徽省人民政府4等奖2项，省农牧渔业厅技术推广3等奖1项。
1983年，该所领导新老交替，沈菊人接替所长职务，梁余鑫任顾问。
三、滁州市水产研究所
该所是国内第一个人工半咸水河蟹工业化育苗的专业所。其前身是1978年建的滁县水产实验站，1980年易名为滁县水产研究所，1983年改为滁州市水产科学研究所，赵乃刚兼任所长。土地200亩，水面500亩，拥有河蟹育苗厂房1400平方米和相应的水化分析、组织切片、饵料生物培育及净化系统附属设施和设备。
四、巢湖开发公司科研所
建于1979年，属巢湖开发公司下属科研单位，该所以“巢湖水产资源增殖”，巢湖初级生产力和底栖动物，巢湖环保、拦鱼设备和效果等主要研究课题，吴宪成兼任所长。
此外，1957年原安徽科学研究所内设立有渔业生物研究室采石工作站，进行大型绠网拦江张捞鱼苗试验，以及喷水渔船的研制工作，由王千里负责。1959年撤销。
五、安徽省水产技术推广总站
筹建于1986年5月，人员编制15人，其主要职能是从事水产实用新技术及引进推广，管理全省水产科教工作。在此之前，本省已有16个县建立了技术推广站。