本县地势自西南向东北倾斜，东部为青弋江河谷平原，东北部为水网圩区平原，西南和西北部为低山丘陵。境内主要河流有青弋江、漳河及其30余条支流，主要湖泊是奎湖。在青弋江、漳河下游，河湖交织，相互串通，港汊密布，水体流向多变，汛期极易形成洪涝灾害，为一纵横交替的水网地带。
一、河流
青弋江源自皖南黄山的北麓，自南向北流向，是安徽省境内长江最大一条支流，流域面积4340平方公里，河长291公里。青弋江蜿蜒本县东部，自奚滩乡入境，为本县与宣州市之界河，经芜湖县西河镇直至本县太丰乡出境，分支西出资福河与漳河相通，干流向北6公里至鳄鱼口又分支西出上潮河仍与漳河相通，干流则向北经湾氵止、芜湖入长江。县境内青弋江属中游河段，长34公里，河宽130～250米，水面比降0.16‰～0.19‰。弋江镇以上多为卵石河床，枯水季节沙滩外露，水深小于1米，不通航，雨季可通航1吨以下木船。弋江镇以下为沙质河床，河槽平直，水深常年在1米以上。每年6～9月可通3～20吨木船。青弋江属雨源型河流，水位、流量随降水量变化而变化。西河镇多年平均水位10.36米，1957年7月上旬暴雨骤降，7月5日出现历史上最高水位18.80米；1968年继1966、1967年连续三年干旱，9月12日出现历史上最低水位9.21米。西河镇多年平均流量154立方米每秒，但年际变化大，最大年平均流量344立方米每秒(1954年)；最小年平均流量74.3立方米每秒。多年月最大流量1010立方米每秒(1954年6月)；多年月最小流量2.02立方米每秒(1954年11月)。历年最大径流总量108.4亿立方米(1954年)；历年最小径流总量23.5亿立方米。最大洪峰流量8300立方米每秒(1983年7月4日)；最小洪峰流量290立方米每秒(1968年5月8日)。干旱季节，在西河镇青弋江曾处于停滞状态(1964年8月中旬，1967年7月中旬至8月中旬，1968年9月中旬，1978年8～9月)。青弋江在50年代以前，流域内植被覆盖率较高，含沙量较低。从1958年开始，片面追求“以粮为纲”，乱砍乱伐，毁林开荒，水土流失日益加剧。60年代含沙量0.07公斤每立方米，年输沙量22万吨；70年代含沙量0.099公斤每立方米，年输沙量30万吨；80年代含沙量增至0.157公斤每立方米，年输沙量高达75万吨，河床已淤高1.3～1.5米，汛期洪水位高出两岸地面1.6～1.8米。
漳河发源于本县南部山区，自南向北穿越县境中部，至氵鲁港镇汇入长江，流域面积1450平方公里，全长115公里，境内80公里。源头有两支：北支源自本县西南部绿岭乡荷花塘；南支源自本县南部烟墩乡水龙洞，南北两支相汇于三里店，西汇峨岭河，至县城纳后港、西港、中港诸水。县城以上各支流属山间溪流，河床较陡，比降2.3～4.5‰，河面狭窄，水位变化大，汛期暴雨极易形成山洪暴发，干旱季节则断流。县城以下，漳河流经水网平原，自肇家埠至三埠管，河道长20公里，为本县与繁昌之界河，河宽80～135米，比降0.15‰，水流平缓。在肇家埠与漳河东分支资富河交汇，北经奎湖入上潮河，至三埠管仍归漳河。狮子山漳河多年平均水位10.26米，最高水位17.21米(1983年7月5日)，最低水位7.12米(1967年9月1日)；多年平均流量8.28立方米每秒，年平均最大流量14.9立方米每秒(1969年)，年平均最小流量6.8立方米每秒(1968年)，月平均最大流量91.5立方米每秒(1969年7月)，月平均最小流量0.11立方米每秒(1966年8月)；年平均径流总量2.6亿立方米；历年最大洪峰流量1440立方米每秒（1983年7月5日）；历年最小洪峰流量108立方米每秒。漳河从元代(1271年)至民国是皖南地区重要的航线，县城北7.5公里的仓溪是漳河第一个自然码头，皖南山区的粮食、土特产均由此转运。解放后，据肇家埠实测河床断面，1982年比1957年已高出1.13米，一则有碍通航，枯水季节仅1～2吨木船通县城，洪水季节可通5～20吨船只；二则泄洪能力降低，一遇暴雨，易成水患。
资福河联通青弋江和漳河的主要河道。自芜湖县西河镇向西，青弋江分支河道曲折，至三叉河与孤峰河相交入漳河，北经金家阁河归漳河，全长29里，河面宽60～100米，比降0.1‰，水流平缓。中渡常年平均水位9.04米，最高水位12.62米(1983年7月4日)，最低水位7.90米(1968年2月3日)，可通2～5吨木船。
孤峰河自泾县中村乡沙龙山北麓，向北至三岔河汇漳河东分支，资福河，境内全长37.3公里。该河大部分流经青弋江河谷平原，河面宽30～40米，水深0.5～1.8米。
上潮河东向西在三埠管与漳河相接，河道曲折，境内全长14.37公里，为本县与芜湖县之北界河。水面宽15～65米，比降0.1‰，水流平缓。三埠管多年平均水位8.02米，最高水位11.0米(1983年7月5日)，最低水位6.25米(1968年2月4日)。河道淤积严重，每至汛期，水面高出两岸地面2.5～3米，又受长江水之顶托，沿岸水灾频繁。
后港河河支流之一，全长63公里源自本县西部戴镇、工山、麻桥等乡，计有6条支流，呈树枝状，经县城入漳河。河床陡，比降18‰，河面宽8～30米，汛期易发生山洪暴发。
绿岭河青通河支流之一——七星河的源头，发源于本县西南部绿岭乡燕子洞，县境内河长近20公里。支流众多，均呈西南向，河长7公里以上有8条。属山间溪流，河床陡，比降15‰，水流急，河面窄1～8米。一遇暴雨，山洪暴发，河水猛涨；干旱季节则断流。
二、湖泊
奎湖又名奎潭湖，是本县最大的湖泊。位于本县东北部，水面7167亩。湖盆为一沉溺洼地，经长期积水形成湖群。湖面大小不一，多呈南北向。较大者有奎湖、浦西湖、石板湖、池湖、清浦塘、白塘湖、莲子湖、东塘、上下黄塘、西冲湖、下塘、蒋塘、鸭湖塘等，水深一般在2米上下。蓄水量7200万立方米。资福河、上潮河是横贯湖群主要河流。河、沟、湖、港连为一体，是本县主要水产基地，但由于历年盲目围湖造田，已损失水面3771亩，这不仅直接影响水产业的发展，更为严重的是搞乱了原来水系，减少了滞洪面积，使湖群圩田的内涝和渍害日趋严重。
三、地下水
本县地下水受地质地貌条件制约，分布不均衡。
青弋江、漳河河谷平原为本县地下水最丰富的地段，面积约480平方公里。含水层为灰白色砂砾石层和青灰色粉细砂层，厚度10～30米，上覆5～10米原粘性土，微承压性，平均水位2.26米，单井出水量100～600吨／日，多为ＨＣＯ—ＣＭＮ型，ＰＨ7.3～7.5，矿化度0.15～0.3克／升。水质好，水量丰富、埋深浅，易于开发，利用潜力大是这一地区地下水主要特点。
碳酸盐（石灰岩为主）岩溶水主要分布在本县西北部和西南部的低山丘陵裂隙溶洞中，具弱承压性。丫山镇渭湖村发育有2公里长地下暗河一条，其上游有一溶蚀洼地南陵湖，平时无水，1976年5～6月间，天晴无雨，地下水曾连续涌出地面，水量约2000立方米，积水面积达10余亩，水深3～4米。据传清咸丰6年（1856年）、清光绪30年（1904年）亦曾出现过类似时隐时现的地下水异常现象。当时曾认为是“地震前兆”，后经芜湖市地震办公室调查，认为是地下暗河中局部狭窄部位自引流通或堵塞所引起的，当地下暗河堵塞，地下水上升并沿溶洞溢出地面，排除“地震前兆”之说。在烟墩、三里店一带，岩溶水沿着断裂带方向所发育的溶隙裂隙、溶洞和地下暗河流动时，受到透水性差的红层所隔阻，常以特大泉水出露于地表，计有10余处。其中最为著名是涌珠泉，该泉位于三里店南偏西6公里处，此处群峦叠翠、苍松秀竹，常年流水潺潺，景色宜人，因泉水清澈，涌出如珠，故得其名。出露高程75米，为断层上升泉，无色、无味、无嗅、透明，水温19℃，ＰＨ7.38～7.53，矿化度0.35克／升，含有20余种有益于人体的微量元素，其中铁、锰、锌、铜、锶、钡、钴、镍、碘、氟等10余种矿物质含量均符合生活用水标准，有毒细菌、放射性成分均未超标。水量丰富，枯水季节泉水量仍有990吨／日。该泉水为一天然优质饮用水，有很高的开发利用价值。
基岩裂隙水主要分布于本县西北部的低山丘陵，贮存于柔性地层的构造裂隙中，其富水性一般较贫，在冲沟切割强烈的地段，多以泉水出露于地表。麻桥附近就有多处这样的泉群。水质为ＨＣＯ—Ｃ型，ＰＨ6.8～7.8，水量0.1～0.2升／秒，但动态变化大，干旱季节则断流。
红层盆地中的地下水主要分布在本县的中部，由于红层风化带弱，厚度小，地下水极为贫乏。但在红层盆地边缘断层破碎带附近，多出露较密集的长年不干涸而流量较大的上升泉。戴家汇附近就有4处这样的泉水，由于受断层控制，受到隐伏其下之水量丰富的高水头岩溶水补给，泉水量达5升每秒，水质好，矿化度0.25克每升，属HeO型。三里店附近60平方公里的范围内，红层中泉水众多，呈北东方向展布，水量常年在1～4升／秒之间，动态稳定。其南涌珠泉，一年四季泉水清澈如镜，在1978年大旱年份内，水量也无明显变化，故民间称此泉为“涌珠泉”。