全区合作企业管理工作主要分为：
财务管理区辖各县社、公司、基层社以及独立核算的厂(队)等供销部门均设有财务科(股、室)，配有专职负责人及会计、出纳若干人，共设置“总分类帐”、“现金日记帐”、“商品明细帐”、“银行日记帐”、“资金往来帐”、“固定资产帐”、“低值易耗品帐”、“费用明细帐”、以及收入、支出等10种帐册。地区供销社为做好财务管理，向全区供销系统制发了“财务月报”(主要反映财务活动电讯月报)、“财务季报”(主要反映各项资金周转，业务经营情况)、“财务年报”(主要反映各项指标执行情况和全年利税情况)。财务管理制度分为“资金管理制度”(管好流动资金，加速资金周转，保证企业正常业务经营)、“商品流通费用管理制度”(严格管理费用开支标准，控制各项费用计划，励行节约)、“利润管理制度”(执行国家利税政策和本企业利润计划，加强经济核算，增加资金积累，不准乱摊费用、乱挤成本，兼顾国家、集体、个人三者利益，做好利润分配)。1987年，全区供销系统共有财务管理人员206人，其中副总会计师1人，会计师4人，助理会计师97人，会计员104人。
计划管理供销系统计划管理的主要任务，通过各项业务计划编制，确定企业发展目标，并运用经济手段把农民生产纳入计划轨道。管理种类分为10年长期计划、5年中期计划和年度、季度短期计划4种类型。管理内容有商品流转计划(系各项计划管理中心，分别由商品购进、销售、调拨、储存四大指标构成)；运输计划(主要对商品运量、里程以及运输工具等实行计划指标管理)；基建计划(为扩展企业经营，管理新建、扩建以及改建商业设施计划指标和投资金额)。在管理制度上，执行“统一计划，分级管理”的方针，一、二类物资(棉花、粮油、生猪、名贵药材等)执行国家计划，实行地方管理。三类以下物资均由县以上主管部门下达计划指标，分解到区辖各基层供销社开展业务活动。1987年，全区供销系统拥有专职计划统计管理人员16人，其中计划统计师1人，助理统计师8人，统计员7人。
价格管理供销部门根据各个时期的物资与市场变化情况先后对价格管理工作共建七项制度：一是管理责任制(明确物价管理人员，按政策规定，制定价格和调整价格)。二是价格登记制度(依据市场变化情况，建立健全价格管理档案)。三是调价和削价制度(执行价格政策，严守调价秘密，不得自行定价、调价、压价，削价商品须经集体审核，待上报批准后执行)。四是明码标价制度(凡零售与陈列商品，实行一货一价卡，要求准确、醒目)。五是价格申报制度(经营化肥、农药议销价格，必须向物价主管部门履行报、批手续)。六是执行审价制度(定期组织各基层供销社物价员进行价格互审)。七是价格检查制度(每年由地区供销社牵头、自上而下组织自查、抽查以及重点突击查等办法，维护价格政策，保护消费者利益，对农副产品收购实行挂牌对样，价格与群众见面，接受群众监督)。
中共十一届三中全会后，供销体制实行全面改革。1983年元月，全区在宁国县胡乐等基层供销社先行。1984年6月，行署在泾县召开由各县人民政府分管领导及全区供销系统的主任、经理等百人参加的体改工作会议，紧紧围绕变“官办”为“民办”的中心环节，恢复和加强供销工作“三性”(即组织上的群众性、管理上的民主性、经营上的灵活性)，把供销社真正办成群众、集体所有制的合作性质的经济组织，逐步形成农村综合服务中心。当年，经过改革试点，全面推行五项措施：放手吸收农民入股，扩大农民经济成份比重，使供销社在经营效益上同农民的利益紧紧挂钩，实行“社员股金保息分红”；劳动制度上对区辖各基层供销社的干部任免，由过去的任命制改为选举制(或招聘制)，做到能上能下，将职工的统包统配制改为劳动合同制，做到能进能去；经营范围和服务领域根据当地农民需要实行自购自销；分配制度上实行按劳取酬，使职工收入与企业效益休戚相关。商品价格上。对工业日用品在保持现行零售价总体水平不变的前提下，实行价格浮动，对工厂或外地直接购进的商品，其零售价可适当低于当地市场牌价，对完成国家统购任务后的农副产品和放开产品，实行议购议销，在一定幅度内，随行就市。1985年，全区供销系统普遍召开社员代表大会，民主产生理事监督会，把那些年富力强，素质较好，群众信得过的职工选到领导岗位，并吸收部分农民代表参加理事会，发挥了供销民办的作用。泾县包合供销社社员代表大会对农民提案“买化肥难”问题，及时研究就近设点，为当地农民节省了1000多个劳动日；宣城县溪口、双桥供销社分别与当地乡镇企业联营创办了一所竹木产品加工厂和饲料加工厂；郎溪县梅渚供销社与当地农民联办一所缝纫厂；广德县流洞供销社与乡村联营建起一座“燕子岭”商场等，深受农民欢迎。1986年，新组建的各级供销理事会，全面进行清资、清股工作，共清股371181股；清资668821.29元。并以优惠供应商品和集资联营等方式发动农民扩股152975股，扩资409502元。1987年，全区改革后的供销系统普遍出现了联购分销、代购代销、预约购销、送货下乡等多种服务项目。是年，全区供销网点发展到1721个，其中基层网点1602个，职工队伍扩大到8772人，其中基层职工6689人；入股社员上升到325690户，占当年全区农户总数79.7％；拥有固定资产净值3874万元，积累流动资金3718万元，创利389万元，缴纳税金578万元。