乱砍滥伐、森林火灾、森林病虫害对森林资源破坏极大。保护和经营好原有林木，是恢复和发展森林资源，提高林业生产力的重要途径。
1949年以前，安徽各地民众采取订合约或立禁碑方式保护山林。明朱洪武为不伤害凤阳和南京皇陵来脉，曾令禁在大别山和皖南山区开矿伐木。民国时期，安徽省政府迭次发布保护公私有森林的布告，但毁林事件仍不断发生，并发生了数次大的破坏。中华人民共和国成立后，中共安徽省委、安徽省人民政府十分重视森林资源的保护管理工作，特别是进入80年代以后，全省各级相继建立健全了护林委员会，设置林区派出所，配备林业公安人员，颁发了保护森林的指示、布告、条例和法规，实行森林采伐限额管理制度，同时发动群众开展“群防群护”，订立以护林防火为主要内容的乡规民约，及时处理山林权属纠纷，从严打击滥伐盗伐森林的犯罪分子，并在林区建设了初具规模的护林防火设施，提高了控制森林火灾的能力，逐步走上以法保护森林资源的轨道。
建国初期，安徽泾县等部分地区发生松毛虫危害，采取人工捕捉幼虫、摘虫茧、除卵块，绑草把等方式灭虫。1959年成立病虫防治机构后，查清了安徽森林病虫害种类、分布范围和危害程度，为有计划防治病虫害提供依据。防治技术由人工捕打，逐步发展到大规模使用农药、药械和飞机喷药防治，70年代广泛应用白僵菌以及赤眼蜂等生物防治；80年代，人工招引鸟类、饲养繁殖从喜鹊防治松毛虫获得成功，并开展了综合防治松毛虫试点工作。在控制各种主要病虫害发生，保障林木健康生长，巩固绿化成果方面起到了一定作用。
1958年，安徽林业部门开始负责野生动物资源保护管理工作，多次颁发保护野生动物的布告和指示，加强狩猎管理，及时制止非法收购扬子鳄等珍稀动物的活动。1970～1981年，普查了安徽珍稀动物和主要毛皮、药用动物的种类、数量和分布范围。1982～1985年，建立了9个自然保护区，开始研究野生动植物资源自然演变规律、监测人为活动对自然界的影响，保存繁殖濒于绝灭的生物种源，探讨合理利用野生动植物资源的途径、方法，为保护，发展、利用野生物资源积累了大量有价值的数据资料。