全国在1956年建立第一个自然保护区。它的任务是保护自然环境和自然资源，拯救和发展濒临灭绝的生物物种，使之成为珍贵动植物和各种生物资源的天然保存库。后因多种因素，影响了自然保护区的发展。1979年10月25日，安徽省林学会根据林学专家们的意见写信给省科委、农委等领导机关，反映安徽野生动物和珍稀树种遭到严重破坏，生态环境恶化的情况，阐过在目前尚保存有珍稀野生动物栖息繁殖地区和典型地带性森林地区建立自然保护区的重要性和紧迫性。1980年1月25日，中共安徽省林业厅党组向省委提出“关于建立自然保护区的报告”，要求建立11个自然保护区。安徽省人民政府在研究省林学会的意见和省林业厅的报告后，于1982年6月1日批准建立牯牛降、清凉峰、马宗岭、皇甫山、皇藏峪和扬子鳄等6个自然保护区。省林业厅根据安徽自然保护区事业发展的需要，同年，将野生动物资源调查办公室，改为省林业厅自然保护区管理站，负责全省自然保护区的建设和管理工作。到1985年，全省共建立自然保护区9处，其中皇藏峪、皇甫山、马宗岭、清凉峰（分歙县、绩溪两个保护区）、牯牛降等6个自然保护区为森林生态类型；宣城地区和南陵县两个扬子鳄自然保护区为古老爬行动物类型；东至升金湖自然保护区为水禽类型，共辖面积51.33万亩。各自然保护区概况和建设情况如下：
一、皇藏峪自然保护区
皇藏峪自然保护区建立于1982年6月，其范围原属国营萧县皇藏峪林场，设立保护站后，保护站和林场实行统一管理，既保护又经营，隶属萧县林业局领导。皇藏峪自然保护区位于安徽北部萧县东南边境，津浦铁路西侧。南起龙虎峪，北抵萧桃公路，东接官庄、赵楼乡，西邻白土、庄里乡，南北长12公里，东西宽6.5公里，呈狭长形状。地理位置为东径117°03′～117°06′，北纬34°～34°06′，总面积30715亩，其中核心保护区7707亩，占总面积的25.4％；森林蓄积量14574立方米，核心保护区12290立方米，森林覆盖率为59％。
该自然保护区系山东古老丘陵向西南的延伸部分，最高山丘为平顶山，海拔392米。以下古代石灰岩为主要成土母岩，亦有页岩，泥质页岩及砂岩分布，主要土壤为黑色石灰土和棕壤上。年平均气温14℃，降水量700～800毫米，无霜期200～220天，森林植被以暖温带落叶栎类为主，有本本植物130余种，主要有栓皮栎、槲栎、槲树、青檀、大叶朴、榉树等，也有一定数量的亚热带成分，如黄连木、黄檀、山槐、卫茅、狭叶山胡椒等。皇藏峪自然保护区是安徽暖温带落叶阔叶林区保存较完整的暖温带森林群落，面积虽然不大，但是现存的森林却反映出暖温带南部森林类型和植物区系的特点。据调查，自然保护区内还有鸟类24科58种，其中有珍贵的毛皮兽水獭、黄鼬等，石鸡是当地特产。
皇藏峪原称黄桑峪，因山上黄桑多而得名，据《清统一志》记载：楚汉相争，汉高祖刘邦曾在此避难，后人易名为皇藏峪，境内瑞云寺建于西晋，至今已有1500多年历史。此外还有天门寺、五洞山、拔剑泉、马趴泉等名胜，是淮北地区著名的旅游胜地。
该保护区主要任务是保护暖温带落叶阔叶森林生态，保护风景区名胜古迹和稀有的古树（如银杏、柏树、黄杨、腊梅等）。
二、皇甫山自然保护区
皇甫山自然保护区于1982年建立，隶属滁县沙河集林业总场领导。皇甫山自然保护区位于安徽东部滁县境内，地处东经117°58′～118°03′，北纬32°7′～32°25′。保护区范围：东邻滁县曲亭、长冲乡，南抵常山林场，西接常山林场和定远县藕塘乡，北与大柳林场毗邻。南北长10.5公里，东西宽8公里。总面积为53797亩，核心保护区26265亩，占总面积的48.8％，森林蓄积量155071立方米，森林覆盖率达72％。
皇甫山自然保护区位于皖东丘陵中部，全区以皇甫山为核心，由部分低丘岗地组成。境内北将军为皖东丘陵最高峰，海拔399.3米。该保护区属东北向华东气候过渡区，季风交替明显，年平均温度15℃，降雨量约1000毫米，无霜期210—230天。地带性植被为含有少量常绿灌木的北亚热带落时阔叶林，原始植被已不存在，现有植被为天然次生林和人工马尾松、黑松、麻栎纯林及松栎组成的混交林。保护区内有万亩以上黄檀林，林相整齐，生机盈然，实属罕见。保护区内有木本植物140余种，以落叶栎类、榆科植物、黄檀、化香、山槐等为大宗。
皇甫山地形复杂，具有区域性小气候特征，立地条件优越，适宜多种动物栖息繁衍，是南来北往鸟类栖息。停留补饵的场所。据省科技人员调查，已知鸟类有126种，其中夏侯鸟44种，冬侯鸟21种，留鸟36种。这里森林面积大，具备较好的森林环境，水生资源丰富，是鹭类良好的生活环境，每年春末夏初，有数万只鹭类从南方陆续迁来群居，取食营巢，繁育后代。其中以池鹭、大白鹭、中白鹭、夜鹭、白鹭、牛背鹭等为最多。大量鹭鸟聚于林冠，形成一片白色，蔚为壮观，故有皖东“白鹭洲”之美称。
保护区主要保护对象是：北亚热带落叶阔叶林、鸟类、鸟类赖以生存的森林生态环境和珍贵的黄檀、青檀、榉树、大叶朴以及国家保护动物樟、小灵猫等。
1983年，全国鸟类环志办公室与安徽省自然保护管理站，商定在皇甫山自然保护区设置鸟类环志站。1984年6月中旬，省自然保护站和皇甫山自然保护区管理站协作开展首次鸟类环志试验工作，共为192只鹭鸟系上环志环放飞，其中夜鹭90只、白鹭46只，池鹭44只，牛背鹭12只。通过这次鸟类环志试验，统一了环志方法，提高了环志人员业务水平，为进一步开展鸟类环志研究工作打下良好基础。
三、马宗岭自然保护区
马宗岭自然保护网建于1982年6月，隶属金寨县林业局领导。马宗岭自然保护区位于金寨县西南部，处于皖西大别山腹部，是梅山水库水系主要发源地之一。地理位置为东经115°31′～115°40′，北纬31°16′～31°20′，东连广坪、张畈乡，南接后畈乡，西邻包畈乡，北与大湾、化石、果子园乡毗连。现有山场总面积52352亩，其中核心保护区20746亩，森林总蓄积量142419立方米，核心区为97445立方米，森林覆盖率93％。
自然保护区境内群山环抱，沟谷纵横，森林苍郁。主要山峰有石门岭、马宗岭、金界岭、锯牙齿等。最高峰月亮坳，海拔1671米，气侯湿润，雨量充沛，年平均温度15℃，年降雨水量1600毫米以上，无霜期220～230天。地带性植被为北亚热带以落叶阔叶林为主的含有少量常绿树种的混交林，森林类型较多，自然生态系统保存完好，被誉为金寨县“造雨地”。物种资源丰富，属于国家级及省定的保护植物有香果树、连香树、领春木、大别山五针松、三尖杉、粗榧、银杏、野生山核桃、鹅掌楸、巨紫荆、朵椒、兰紫薇、兰果树、黄山木兰、天目木姜子、厚朴、青钱柳、天麻、八角莲等；鸟类58种，兽类18种，属国家保护的珍稀动物有白冠长尾雉、原麝、金钱豹、大鲵、小灵猫以及勺鸡、黑鸨、画眉、棕嗓眉、果子狸、水獭等。核心保护区内，林木参天，苔藓遍地，更新良好，是皖西地区植物资源的宝库。
四、牯牛降自然保护区
牯牛降自然保护区建于1982年，属徽州地区林业局领导，分别在祁门县赤岭和石台县大演乡设立保护站，由两县林业局管理。牯牛降自然保护区横卧祁门、石台交界处，是阊江和秋浦河的分水岭。地处东经117°23′～117°33′，北纬30°～30°05′，是黄山山脉向西延伸的主体。全区东邻祁门赤岭乡，西南连箬坑、彭龙乡。北面与石台县大演乡、占大乡接壤，呈一扁平地带。总面积96505亩，其中石台46314亩，祁门50191亩；森林蓄积量349990立方米，其中石台121732立方米，祁门228258立方米。森林覆盖率为78％。牯牛降山高坡陡，地形险峻，人烟稀少，交通不变。最高峰牯牛降，海拔1727.6米。主要成土母岩以侵入花岗岩为主，中下部山坡多为千枚岩；土壤以山地黄壤为主，顶部有少量山地草甸土分布；年平均温度15.6℃，年降水量1700毫米，年降水日数达185天，无霜期246天，地域性气候特点是多云、多雾、多雨。
该自然保护区地带性植被为中亚热带常绿阔叶林，自然生态系统保存完好，具有面积大、森林类型多的特点，垂直分布明显：海拔高700米以下为常绿阔时林；700～1000米为常绿、落叶阔叶混交林，林相完整；1000～1300米为落叶阔叶林带，山脊多为黄山松疏林；1300米以上山顶部为山地灌丛、山地草甸和黄山松纯林。黄山松树干粗大，树冠平铺，侧枝伸展，千姿百态。
该区植物资源丰富，据考察资料统计，共有本本植物88科520余种，占全省木本植物种数的55.8％，其中香果树、连香树、领春木、三尖杉、鹅掌楸、粗榧、巨紫荆、天目木兰、兰果树、天目木姜子、珊瑚树、天女花等，都是国家或省定保护植物。三尖杉含有三尖杉松脂碱等多种生物碱，可制成抑制癌症药物。保护区内山高林密，是鸟、兽野生动物栖息繁衍的理想场所，现已发现的野生动物有251种，其中鸟类129种，兽类17种，两栖类17种，爬行类33种，鱼类25种。属国家保护对象的有梅花鹿、白颈长尾雉、鸳鸯、黑麂、短尾猴、猕猴、苏门羚、小灵猫、龟纹豹、金猫、毛冠鹿等。还有红咀相思鸟，是有名的观赏鸟类，过去外贸部门每年收购数万只，最高年达20万只，致使该鸟数量急剧下降。自然保护区建立后，禁止收购和捕捉红咀相思鸟，逐渐恢复其资源。此外，还有水獭、麂子、黄鼬等珍贵毛皮兽。蛇类也很多，已经查知有28种，其中腹蛇、五步蛇、眼睛蛇、竹时青蛇等；藏量丰富。蛇毒是极为重要的药用原料，祁门县己建立一个蛇类饲养繁殖场。保护区内群峰兀立，风景秀丽，有奇峰怪石，烟云飞瀑，多姿古松等，有“未开拓的黄山”之誉。
五、清凉峰自然保护区
清凉峰位于安徽歙县、绩溪与浙江交界处。其东部属浙江省临安县，南部和北部（包括西部）分别属安徽款县和绩溪县管辖。依据行政管理范围，1982年建立了“歙县清凉峰自然保护区”，1985年建立“绩溪清凉峰自然保护区”，前者面积15000亩，后者为45000亩。
该区地处东经118°40′～118°55′，北纬30°00′～30°10′。境内群峰儿立，坡度陡峭，多悬岩峭壁，最高峰清凉峰，海拔1787.4米，为皖南第二高峰。主要岩石以侵入花岗岩为主，中下部有千枚岩分布，土壤多为山地黄棕壤，上部有块状分布的山地草甸土，气候温润，多雨，热量丰富，年平均气温15℃左右，年降水量1700～2000毫米，是皖南多雨中心之一。地带性植被为中亚热带常绿阔叶林，垂直分布明显：800米以下为常绿阔叶林，原有森林屡遭破坏，采取保护措施后，植被己恢复；800～1100米为常绿落叶阔叶混交林带，常绿阔叶树种有青冈栎、小叶青冈、青栲、紫楠、豺皮獐、木荷、大叶山茶、交让木、天目杜鹃等，落时树种有香果树、银雀树、巨紫荆、青钱柳、天目本姜子、鹅掌楸等。1100～1400米为落叶阔叶林带，主要树种有安徽槭、日本椴、茅栗、四照花、香果树、黄山木兰、马登木等，1400米以上为黄山松林和灌丛林带，有南方六道木、水马桑、天目琼花、小叶黄杨、锦带花、箭竹等山地灌丛。
清凉峰自然保护区生态系统保护比较完整，野生动植物资源丰富、集中，有较强的代表性。主要保护对象是中亚热带常绿阔叶林森林生态及珍稀动植物。据初步考察，南坡有木本植物480多种，北部有433种。其中香果树、华东黄杉、金钱松、鹅掌楸、连香树、黄山梅、小勾儿茶、天竺桂、领春木、银鹊树、南方铁杉等30多种属国家保护植物；省定保护植物有三尖杉、青钱柳等20多种。属国家及省定保护动物有黑麂、云豹、猕猴、短尾猴、白颈长尾雉、苏门羚、穿山甲、毛冠鹿等10多种。有鸟类79种，占全省324种鸟的24.4％，其中以红嘴相思鸟、画眉为多。清凉峰保护区东坡和东北坡地势较平缓，山顶部位是开阔的起伏坡地，南坡和西南坡多陡峻，其间石峰列立，沟谷纵横，危岩高悬，峭壁丛立，山上古木参天，绿荫如盖，还分布着成片绚丽多姿的珍珠黄杨矮林，有猕猴石、仙人锯石、飞来石、鸡冠石、仙女认经文等风景点30余处，是旅游、观赏的理想场所。六、扬子鳄自然保护区
扬子鳄自然保护区建于1982年。1985年经省人民政府批准分别设置“宣城地区扬子鳄自然保护区”，辖泾县、宣城、郎溪、广德四县和“南陵县扬子鳄自然保护区”。保护区的主要任务是向群众宣传保护扬子鳄的重要意义，制止乱捕滥杀、偷买盗卖扬子鳄等不法行为，保护扬子鳄的生活环境免遭破坏，促使资源的恢复和发展。保护区的地理位置：东经118°00′—119°40′，北纬30°00′—31°20′。
扬子鳄是我国特有的珍贵动物，因其生活在扬子江畔而得名，它原分布于长江中下游的江西、安徽、江苏、浙江等省。据科学工作者调查，近几十年来赣苏两省扬子鳄己基本灭绝，浙江省也近于绝迹，唯安徽宣城地区以及南陵县，尚有少量分布，但无论数量或分布均大为减缩。究其原因，主要是乱捕滥杀造成的。扬子鳄性喜食鱼、虾、蚌、螺、龟等，遇到农民饲养的鸭鹅等家禽也取而食之，加之由于营造洞穴破坏田埂、塘坝，被视为大患，见之必除，见蛋毁蛋，见鳄杀鳄，以致数量日渐减少。据调查资料记载，1970年，安徽宣城地区共有扬子鳄约2000条，到了1982年只有860条，1985年只查到400余条。分布范围日趋狭窄，过去水阳江、青弋江水系两岸均有成群扬子鳄栖息繁殖，以后逐渐移向各支流，最后又从支流迁到交通闭塞、人烟稀少的偏僻地带，1970年107个乡有扬子鳄分布，到了80年代初有74个乡分布，1985年仅有39个乡呈零星间隔状分布。随着人口剧增，围湖造田，开垦荒地，兴修水利，使用农药，污染水源等人为活动增多，都直接破坏扬子鳄赖以生存的栖息地和繁殖环境，使之不能正常生存和繁殖后代。另外，大量收购和出售，也是造成扬子鳄减少原因之一。邻省时有在安徽扬子鳄保护区内向农民高价收购鳄鱼，1978年就收购200多条；有的农民把挖捕的扬子鳄运到上海、苏州、杭州、天津等地公园、动物园出售。据不完全统计，农民历年出售的扬子鳄有200～500条。国务院对扬子鳄的保护十分重视，已将其与大熊猫等并列为国家一类保护动物。1979年，安徽省林业厅在国家林业部支持下，在宣城夏家渡建立扬子鳄饲养场，开展人工繁殖研究。1982年，建立扬子鳄自然保护区。1984年宣城地区林业局为进一步搞好扬子鳄的保护工作，与泾县百园乡岩潭村签订保护扬子鳄协议，该村划出山场360亩，水面35亩，树立永久性的碑志，列出保护管理责任条例，指派专人管理。这样设点保护的办法，效果显著，1985年该点保护鳄鱼蛋4窝，孵出幼鳄51条。该保护区拟再增设10个保护点，它们是：鳄源较集中的泾县童町乡中桥村东风水库、赤滩乡双坑村；宣城县杨林林场前进队、新田乡油坊村、宣城林科所清水塘；郎溪县南丰乡章村、高井庙林场、涛城乡黄野港大塘；广德县苏村、化古林场李家冲等。
1983年，国家林业部与省林业厅合资在宣城夏家渡林场的原省办扬子鳄养殖场的基础上兴建了“扬子鳄繁殖研究中心”，大力开展扬子鳄的繁殖，饲养和研究工作，到1985年，人工繁殖1000多条幼鳄，初步摸索出成鳄产卵、孵化、幼鳄饲养、鳄的生活习性、越冬规律，以及鳄病防治方法等，为保护、繁殖、发展扬子鳄提供科学依据。
七、升金湖水禽自然保护区
升金湖水面大，水禽资源丰富，具有一些珍稀水禽。1983年8月，省林业厅与省城乡建设环境保护厅及安徽大学生物系组成考察组，对升金湖进行一次实地调查研究。省人民政府分管农林工作的领导审阅调查报告后，作出必须进一步摸清升金湖自然资源及其环境情况的批示。为此，省林业厅与省农牧渔业厅、省城乡建设环境保护厅抽人组成“建立升金湖水禽自然保护区考察组”，于1984年12月25日至1985年1月10日，对该湖区社会情况、生态环境、水禽资源、水产资源及当前渔猎情况等，进行了考察研究，编报了《升金湖水禽自然保护区建设计划任务书》。1985年春省人民政府批准建立升金湖水禽自然保护区，属东至县林业局领导和管理。
升金湖位于东至、贵池两县交界处。东西两侧隔大渡口小平原与长江相望，东、南两壁为连绵起伏的丘陵地带，与黄山余脉相连。湖区地处东经116°55′～117°15′，北纬30°15′～130°30′，湖区总面积22.05万心，距安庆市15公里。全湖由上、中、下三湖连结而成。上湖面积8万多亩，中湖即升金湖，面积7.8万多亩，下湖面积3.5万余亩。湖水主要来自张溪河和坦埠河，湖体紧靠长江，江水与湖水息息相关，长江水位对湖水影响很大。1965年修建了黄盆闸，对湖内水位进行人工调节；由于每年秋冬湖水较低，上湖、下湖暴露成滩或沼泽地，水生植物裸露，滩地成了草场，吸引了大量水禽来此觅食、越冬。鸟类留下大量粪便，增加土壤有机质，有利于次年水草生长，夏季水深，又成为鱼。虾等水生生物的丰富饵料。
升金湖水禽自然保护区气候温和，雨量充沛，平均年降雨量1518.8毫米，年平均气温15.5℃，无霜期240天，有利于植物生长，生产潜力很大。每年雨季，大量有机质进入湖内，增加湖水的肥力。由于沿湖丘陵森林植被偏少，洪水季节有大量泥沙随水入湖，使湖底逐年抬高，湖内滩地扩大，只有提高湖区周围森林覆盖率，才可延长该湖寿命，给升金湖造成更好的生态环境：
升金湖原名深泥湖、黄盆湖、新深湖，属通江湖泊，历来水产资源丰富，群众有“日产升金”之说，更名为升金湖。1965年前，鱼的年最高产量为300余万公斤，后逐年下降，1983年产量仅达235万多公斤。
升金湖水禽资源比较丰富，据考察，湖中见到的水禽有43种，其中候鸟19种，余为留鸟。候鸟中的白天鹅、灰鹤、白枕鹤、白鹳、黑鹳、小天鹅、大鸨、鸿雁、针尾鸭、罗纹鸭、花脸鸭、赤麻鸭、绿翅鸭等13种已列为国家保护动物。琵嘴鹭、黄嘴白鹭、苍鹭等涉禽到处可见，留鸟以小鹈、白鸽、剑、金眶、白腰草鹬等居多。