马鞍山市的河流主要有慈湖河、采石河、雨山河、江宁河上游河段、六汾河、锁溪河等，均属长江水系。
长江自南向北偏西流经马鞍山市西部。长江马鞍山河段上起东、西梁山，下至慈湖和尚港、石跋河口，主航道长约36公里，其中采石矶至慈湖河口长约16.5公里。江面最宽处达8.3公里（其中包括江心洲、泰兴洲），位于当涂县乙字河与和县姥下河口之间；江面最窄处只有880米，位于东、西梁山间。由于江心洲和小黄洲的分隔，使长江形成东西两水道。在江心洲西侧为江心洲水道，东侧为太平府水道；小黄洲东侧为人头矶水道，西侧为一小汊道。江心洲水道和人头矶水道为这段长江的主航道。江心洲水道宽阔顺直，洪水期航宽1000米以上，枯水期航宽600米，人头矶水道航宽约在800～1800米之间。（附表1—1）
附表1－1长江马鞍山河段汊道基本特征

长江马鞍山河段，上承芜裕河段，下至新济洲河段，由于受东、西梁山和慈姥山、石跋河两组节点控制，两端缩窄，中间展宽，呈藕节状，河床的深槽自江心洲尾至恒兴洲人工矶头以下3000米的部位，长约6.5公里，深槽的最大深度达负50米左右(黄海高程)。长江是马鞍山市最重要的水源，对全市的工农业生产和人民生活影响极大。
慈湖河，是马鞍山市境内最长的河流，全长约26.13公里，流域面积126.64平方公里，发源于东南部丘陵区的老脉岘，婉蜒曲折向西北流经向山、霍里、冯桥、慈湖等处，在与江苏分界处的和尚港注入长江。慈湖河下游能通航1～2吨的货船，也是防汛排涝的重要地段。
采石河，又称外桥河，为马鞍山市与当涂县的界河。发源于当涂县龙山乡北部丘陵区，自东向西流经杜塘、佳山乡的南部，在采石锁溪河注入长江，全长约18.13公里，流域面积74平方公里。
雨山河，上游与雨山湖相连，为雨山湖的泄水通道，全长约5.5公里，东南西北流向，流经金家庄区南部，在电厂以北注入长江，流域面积约27.5平方公里。河岸两侧分布着许多工厂，工业废水多经该河排入长江。
六汾河，位于市区西部的西山与人头矶之间，为一条自东向西的小河沟，长约3公里，在恒兴洲马钢31号泵房之北注入长江，为马钢焦化厂、一钢厂等企业的排污通道。
锁溪河，古称采石新河，是一条围绕翠螺山南、东、北三面由人工开凿的河流，长约2.4公里。该河在翠螺山南北均与长江相通。历史上，由于采石矶突出江中，江面水流湍急，不利舟揖停泊。北宋熙宁三年（1070）（另一说在北宋庆历年间，即1042～1048年间），人工开凿采石新河，分长江之水从翠螺山东侧流过，便于行船停泊。南宋虞允文在此抗击金兵时，依靠采石新河隐蔽战舰之地利，出其不意发起攻击而获全胜。这次战役成为历史上以少胜多的一个著名战例。
东部丘陵区还有两条自南向北流向的江宁河支流。西支流发源于濮塘镇的柏木山，在马鞍山市境内长约6.5公里，流域面积近20平方公里。东支流发源于东方红水库的两侧丘陵，曲折北流经濮塘镇，在境内长约8公里，流域面积30平方公里左右。江宁河在江宁镇北注入长江。