建市后，马鞍山市行政事业财务管理制度逐渐健全。1958年9月，市人委颁布《关于各部门预算支出下放，分头管理的意见（草案）》后，各行政单位的开支，全部划归部门管理；各事业单位支出预算，全部划归各主管部门掌握安排；专项经费（如公费医疗经费、职工福利费等）由各主管部门统一掌握。同时，把各区、乡所属单位的行政经费，下放到区、乡进行管理。1959年，对各区的年度预算采取包干制，所有支出按市核定的预算，全部由各区自行掌握，包干使用，节约的经费由各区自行处理。1960年，区属各单位的预算指标全部下放到区，列入区级预算，改变过去直接向各部、委、局分配指标的办法。市对预算单位采取“总额控制”、“当年包干”。预算有余，经批准后可多办事业。预算确定后，除基建资金和办公费外，在保证事业完成的前提下，“项”、“目”之间，各单位可自行掌握，调剂使用。1962年，在行政事业经费支出压缩50％的情况下，市财政采取相对集中的管理办法。行政经费的年度预算分配，由市财政局根据省分配的指标，提出全年安排意见，下达给有关部门掌握使用，不得突破，财政局不再保留后备金额。1963年，按照国家规定，行政事业单位实行自收自支的各种资金（如学杂费、园林收入、机关特种资金等）列入预算外，单独进行管理。1964年，事业费的使用开始建立单位预算，各事业单位经费，由主管部门建立一级预算，在省分配数内，下达所属单位预算，并监督使用。办公费采取“定额包干”办法，每人每月标准是：市级3.5元，区级3元，乡级2.5元。各级机关的差旅费、办公费、电讯费、电话月租费等，按每月实际开支数分别向市委、市人委审查报销。人民银行、手工业、商业、粮食、物资、房产、交通等部门按每人每月6元包干使用。房屋修缮费按国家核定的编制名额，每人每年20元，统一拨给市房产局掌握使用。职工福利费，除市委机关、公安局、税务局、郊区等单位按每月职工工资总额提取2.5％，由上述单位会同市人事局掌握使用外，其余各局均由市财政局按每月职工工资总额提取2.5％，拨给市人事局统一掌握使用。1973年，市财政局对全额单位的经费管理，在整顿编制的基础上，实行严格控制工资基数，对公用经费试行包干的办法。每年的包干数额，根据编制人数和公用经费定额标准进行核定。年终结余，结转下年继续使用。1979年，规定各级行政事业费不准用于计划外基建，行政事业单位增加的业务收入原则上留给单位用于发展事业，少量的用于奖励个人。
1980年，为加强对行政事业财务的管理，马鞍山市全面试行预算包干办法，对全额管理的单位，由原来国家核定预算，年终结余收回财政，改为“预算包干，结余留用”。事业单位由财政部门与主管部门配合，根据事业计划、人员编制、各项费用定额，结合当年增收节支的要求，核定预算包干指标。同时规定，实行预算包干的单位，其结余经费和收入的大部分资金，主管部门可以集中提取一部分，一般不超过纯收入的30％。从1983年起，对行政事业单位增收节支奖励办法作了改进，奖金的发放与实行岗位责任制相结合，按季检查评比，经审批后发放；坚持“多收（节）多奖，少收（节）少奖”的原则，奖金发放总额不超过本单位增收节支额的60％，全年人均奖金不超过60元。1984年，行政事业单位增收节支包干结余奖金的发放，改由主管部门审查批准后发放。1985年后，开始给党政群机关和事业单位职工发放书报费，并会同市审计局对行政事业单位的财务收支试行定期送达审计制度。
附：公费医疗经费管理
1957年全市享受公费医疗的只有676人，每人每月费用0.75元（后增加为1.5元），列入当年预算，由市财政局拨给市卫生局作为专款专用。1962年，对专、市级享受公费医疗待遇的人员，每人每月由1.5元增加到1.8元，全年21.6元；大专学校教职员工，享受市级标准；大专学校学生由每人每月1.5元改为1.25元。以后定额标准逐步提高。1978年，公费医疗预算定额由每人每月的21.6元提高到30元。并从次年起，在国家预算科目中单列公费医疗经费一款，指标专项分配下达。1985年，公费医疗的定额由每人每月30元提高到42元。由单位包干使用。1978年以前，马鞍山市享受公费医疗的人员一直是“凭卡就诊，实报实销”，1979年开始，对公费医疗经费管理制度进行整顿和完善，采取“定额管理”方法。除县级及其以上的干部仍按实报实销办法外，其余享受公费医疗人员的住院、门诊、转外治疗等费用，由公费医疗管理办公室按定额拨给各单位掌握，包干使用。重症、长期精神病等特殊疑难病症的医疗经费按实支报。实行医疗费用包干使用办法后，采取管、奖结合的措施，结余者可从包干结余经费中拿出50％奖励个人，50％留作下年度继续使用；超支者则扣减公费医疗经费包干数。尽管作了一系列的规定，但公费医疗费仍年年超过定额，且居高不下，超支幅度越来越大。
附表19—81979～1985年马鞍山市公费医疗经费执行情况表