畜牧、水产是农垦大农业的重要组成部分，但由于长期执行“以粮为纲”的生产方针，忽视多种经营，致使畜牧水产业一直处于滞缓发展状态。中共十一届三中全会以后，贯彻“决不放松粮食生产，积极发展多种经营”的方针，在粮食大幅度增产的同时，加快了畜牧、水产的发展步伐。1978年，畜牧业占农业产值的8．7％、水产养殖占0．75％，到1990年畜牧业上升为12％、水产为1．68％。虽然所占比重仍不算大，但发展趋势在加强，正处于开发阶段。尤其是职工家庭农场的庭院养殖业，不断兴旺发达。安徽农垦的养殖业资源较丰富，潜力很大，而且还有一支100多名具有大专以上文化水平的畜牧兽医和水产技术骨干队伍。