安徽农垦创建以来，在经营管理上迭经多次变革。领导体制方面，从早期华东地区和省地的双重领导，分口领导，到1952年国营农场管理局成立，实现统一领导体制；管理体制方式，经历了以行政手段为主，统一领导、分级管理，接着农场下放、政企合一，继而经历了生产建设兵团时期的准军事化管理。1978年恢复农垦局，又实行统一领导、分级管理。80年代初期，改为农垦农工商联合企业总公司后，逐步向企业化管理体制过渡。
农垦在经营方针和所有制结构方面，也经历了曲折发展的过程。从国营农场创建初期的单一经营，接着是一业为主、多种经营，到改革开放时期的多层次综合经营；所有制结构，也由单一的全民所有制向多元化的所有制结构过渡。
为改变高度集中的经营方式和平均主义分配制度，从农垦早期就开始探索和试验，经历了从“定、包、奖”到“联产到劳”、“联产到户”、“大包干”（包产到户）直至兴办“职工家庭农场”等多种经济责任制。
当代安徽农垦已基本形成以全民所有制现代化农业为主体，农林牧副渔全面发展、农工商运建服综合经营的企业集团。由于“国营农场小社会”的特点，农场除农业企业生产经营管理外，还自办各项社会性建设事业，兼管社会政权工作，包括自办教育、卫生、交通、通讯和公、检、法三大机关，以及土地管理、小城镇建设、环境保护和部分民政工作。负担着数量较大的各项社会性建设事业和企业政策性开支，为农垦企业的经营管理增加了较大的客观困难。