1949～1950年，皖北行政公署农林处先后接管普济圩，新建正阳关、方邱湖等3个大型国营农场。
1951年4月，华东军政委员会发出《关于加强农场工作的指示》，要求“大力发展、积极培养与扶持国营农场，逐步发挥国营农场在农业生产中的示范作用”。到年底，全省各类示范农场66个。
1952年2月，皖南、皖北行署农林处在合肥合署办公；5月，华东军政委员会发出《关于国营农场工作的指示》，要求“各国营农场工作应在现有基础上予以加强”，“华东农林部与各省（区）农林部门应成立国营农场专管机构，加强业务领导，建立经常的检查报告制度，定期总结工作经验”。根据这一指示，皖南、皖北行署农林处在整编后期，于5月下旬成立“国营农场管理处”，有干部7人；7月，改称“国营农场管理局”，隶属行署农林处建制，有干部13人；8月25日，安徽省人民政府正式成立，皖南、皖北行署农林处合并成立安徽省人民政府农林厅。国营农场管理局属农林厅领导，局长石立志，农管局人员达到26人。国营农场管理局内设秘书室、生产指导科、经营管理科、基本建设科。在基建科下设有一支编制54人的勘测队；年底，国营农场管理局直管的农场有：正阳关、方邱湖、寿西湖三个农场和省农业试验场。对80个地、市县农场和203个区农场进行业务指导。
1953年8月，农场管理局增设机务作业科，全局定编37人。
1954年，农林厅改为农业厅，农场管理局仍为厅职能局；7月，省编制委员会同意增设机站科，新增编制15人。具体管理全省拖拉机站、马拉农具站及新式农具和农具试验站工作。此时，农场管理局内的机构有：基本建设科、经营管理科、机务作业科、生产指导科、秘书室、机站科和勘测队；8月，省政府任命高长年为农场管理局局长。
1955年，省农场管理局对各农场内部机构设置和管理体制作出规定：1～3万亩的农场，设立办公室、会计室、作业室和基本建设办公室；场部以下设机耕队和若干农工队，实行场、队两级管理。3万亩以上的农场，除场部机构相同外，下设作业区（或管理区），作业区以下设机耕队和若干农工队，实行场、区、队三级管理。这一年的4～5月，又任命高俊超、陈峰为副局长。
1957年，农业厅进行整编。将“农业机械管理局”和“农场管理局”合并成立农场管理处；11月，改称“国营机械农场、农业机器拖拉机站管理处”，简称“农场机站管理处”。下设农具组、机务组、生产指导组、经营管理组、土壤勘测规划队。
1958年8月，中共安徽省委决定：“将省属国营农场全部交给所在地、市县委领导”。并于8月下旬召开专门会议布置农场下放有关问题；10月25日，省委又发出《关于省属国营农场下放有关问题的通知》，要求尚未办理交接手续的农场，应于11月前办理完毕。省属国营农场由省直接领导改为地方领导是领导管理体制的重大变化。由于种种原因，原省属国营农场在下放期间，有的并进人民公社，规模扩大；有的变成人民公社的一部分。出现了资金匮乏，物资供应渠道中断，组织混乱等诸种情况。
1959年5月，中央农垦部华东工作组到下放农场调查后，指出了当时存在的平调、产品收购和体制等问题；10月，中共安徽省委农村工作部对下放农场调查，并向省委提出了《关于国营农场下放后情况的报告》，指出了三条好处和存在的5个问题。6～11月间，中共安徽省委针对农场下放后存在的问题，发了两个文件；6月23日，《安徽省委关于加强国营农场工作领导的通知》中，除了重申农场下放地、县委加强领导，并负责解决资金和物资供应外，决定将宣郎广农场收归省直接领导；11月12日，中共安徽省委又发出（59）1042号文件《关于国营农场、劳改农场作为商品基地和领导关系的决定》。将正阳关、方邱湖、寿西湖、宣郎广、华阳河、淮南、阜蒙、龙亢、皖河、董峰湖、焦岗湖等11个国营农场及白湖、砀山等10个劳改农场，作为商品生产基地，归省直接领导。由此，原下放的省属国营农场（1961年10月以前）均先后收归省农业厅领导。
1961年3月，农业厅根据省委“紧缩机构，精简人员”的指示，决定将农场机站管理处改为“国营农场管理处”，编制为14人。下设经营管理组、生产指导组。11月，省编委同意农业厅设立农垦局，撤销国营农场管理处。其业务及人员划归农垦局，并增加6名编制，下设生产科、经营管理科、勘测设计队，编制25名。省委任命陈峰、吴金祥为农垦局副局长；12月，省委农村工作部批准农业厅所拟《国营农场组织机构和人员编制的意见》，对规模不同的农场作了不同的规定。
1962年1月，省委农工部部长张世荣对沿江、沿淮农场进行调查后，向省委写出《关于国营农场几个问题的报告》，就农场管理体制、经营方针、经营管理等提出指导性意见，省委转发了这个报告，要求各地认真贯彻执行；11月，中共中央转发《国营农场领导体制的规定》，指出对国营农场实行统一领导，分级管理。
1963年4月29日，安徽省人民委员会第24次会议决定，单独设立农垦厅；5月，国务院批复同意成立安徽省农垦厅；7月，经中央批准，省委任命田世五为省农垦厅厅长。在此前，任命高长年、赵家保、钟伟为副厅长。省编委规定农垦厅的内部机构，将农业厅内的农垦局、农机管理处、工业机械厅的修配处、水电厅的排灌局等单位的全部人员和编制划归农垦厅。农垦厅设置国营农场管理局、农机处、设计室、办公室、人事处、计财处、物资供销处、监察室等9个处室，定编为110人。农垦厅成立后，对所属16个国营农场的生产、财务、人事和产品处理等4权，实行统一领导，集中管理。农场内部则实行“统一领导，统一经营，分级管理，分级核算”。大型农场分设总场、分场（或作业区）、生产队三级管理，三级核算（或三级管理两级核算）；小型农场分为场部、生产队两级管理两级核算。对农场的机构设置和人员配备，规定为：5万亩以上的农场，管理人员不得超过职工总数的2％（当时实际已达到4％）；1万亩以上的农场，管理人员不超过职工人数的4％。精简下来的人员，充实生产第一线。从此，安徽农垦作为一个系统，按照农垦企业自身特有的规律进入一个新的发展时期。
1966年，“文化大革命”开始，省农垦厅机关遭冲击，管理职能受到严重影响。
1968年10月24日，省革命委员会同意成立“安徽省农垦厅革命领导小组”。组长董长法（军代表），行使厅机关职能。
1969年1月21日，中共中央批准同意组建“中国人民解放军南京军区安徽生产建设兵团”；3月12日，省革命委员会发出《关于筹建安徽生产建设兵团的通知》指出：安徽生产建设兵团以省属28个国营农场和3个林场为基础，按照军事编制组成。兵团所属团和独立营，以现有农林茶场为基础，根据充实、调整、提高的原则组建。兵团各级干部由军队和地方干部共同组成；9月17日，“南京军区安徽生产建设兵团”在合肥（原工学院院址）正式成立。中央军委任命李任之、程业棠分别为第一政治委员和第一副司令员等兵团主要负责人员。兵团部机关设立三部16处。一是司令部，下设作训处、军务处、生产处、基本建设处、管理处；二是政治部，下设秘书处、组织处、干部处、宣传处、保卫处；三是后勤部，下设财务处、供销处、工交处、军需军械处、机械处、卫生处。编制为干部139人，战士、职工65人。兵团下辖4个师、18个团、9个独立营（后又增加到11个独立营）、23个团属营、325个连队。
1970年5月，根据省革命委员会决定，兵团又接管省公、检、法（即公安、检察院、法院的简称）系统所属的11个劳改单位，其中工厂7个，农场2个，果园场和奶牛场各1个。农业单位分属各师管辖；工业单位大多数为兵团部直接管辖。后来各师团也先后建立一些工业单位。师和团机关设3部9科（股），团以下为营、连、排、班。兵团组建时，先后调进2800多名现役军官担任连以上主管领导和团营以上机关各业务部门主要负责人。农场原来的地方干部，一般担任相应的副职，其余大多数农场干部被下放到农村插队落户。
1975年6月5日，国务院和中央军委批准撤销安徽生产建设兵团；6月17日，中共安徽省委30号文件批转了兵团党委《关于做好撤销兵团移交工作的报告》，指出：“兵团撤销后，省革命委员会决定成立省农垦局领导国营农场。工业单位划归省市有关工业局领导”（正式改变隶属关系是9月1日）；7月29日，经省革命委员会生产指挥组批准，成立省农垦局筹建领导小组，成员有王瑞云、赵兴世、周长清、魏健、吴成会，王瑞云、赵兴世任正副组长；8月18日，中共安徽省委批转省革委会编制办公室的报告，决定成立安徽省农垦局。任命俞安庆为省农垦局党的核心领导小组组长；8月21日，省委任命赵兴世为第一副局长（12月改任局长），周长清、吴成会、魏健为副局长。省革委会编制办批准农垦局内部机构设办公室、政治部、劳动工资处、物资处、计划财务处、生产处等6个处室；11月，省革命委员会编制办批准农垦局设二级机构勘测设计室（县级）、生产处设农业科研站（科级）、物资处设物资采购供应站（科级）、政治部设知识青年办公室（人员内调）。新增事业编制47人，企业编制16人，附属单位医务室、招待所等19人。
省农垦局党的核心领导小组于1975年10月，对省属国营农场的机构设置提出原则意见：原团级场设办公室、政治处、保卫科、生产科、计财科、供销科、卫生科等7个部门，场部人员编制36～50人；原营级场设办公室、政工股、生产股、财务供销股等4个单位，场部人员编制20～24人。
1978年2月，中共安徽省委任命赵奇峰为省农垦局局长，赵兴世、周长清、张玉萍为副局长；5月18日省委组织部《关于国营农场领导关系的通知》指出：“我省农垦系统的30个国营农场，实行省农垦局和当地党委双重领导，以农垦局为主的管理体制”。“省农垦局在省委和省革委会的领导下，统一主管农场的计划、生产、财务、投资、物资、劳动工资、产品和职工调动等事项。农场所在地的市县委负责做好党的工作和思想政治工作。对于农场的公安、司法、民兵、文教卫生、商业、血吸虫防治等项工作，均应由地方的有关部门统一部署，统一领导”。
1980年1月30日，省政府在《关于安徽省人民政府机构设置和人员组成的通知》中，决定成立“安徽省农垦厅”。内设机构有：纪律检查组、政治部、生产处、计划财务处、物资处、劳动工资处、办公室、勘测设计室、科研所；5月8日，省政府任命赵奇峰为省农垦厅厅长，赵兴世、周长清、张玉萍为副厅长。其后，卢师迪、任言方、单劲之（未到职）、黄树勋、项凤林先后任副厅长；5月10日正式启用印章。
1981年9月8日，省政府批准成立“安徽省农垦农工商联合企业总公司”与农垦厅一个机构两块牌子，并同意下设供销公司；11月7日，省农垦农工商联合企业总公司在合肥正式成立。同年11月，省编委同意将厅生产处分为农业处和工业处，并同意另设保卫处；12月，批准成立农垦厅干部训练班。
1982年9月，中共安徽省委直属机关委员会批准成立“中共安徽省农垦厅机关委员会”。是年底，省直机关开始进行机构改革。
1983年4月，农垦厅内部机构有18个，其中职能处室10个，分别是办公室、政治部、纪律检查组、机关党委、保卫处、计划财务处、劳动工资处、农业处、工业处、物资处，8个二级机构。（见图6—1—1）

图6—1—11983年省农垦厅机构设置一览图
1983年4～5月，中共安徽省委26号和36号文件《关于省直机关机构改革方案》确定，将省农垦厅改为“安徽省农垦农工商联合企业总公司”，不作为政府部门，直属省政府领导；5月11日，省委组织部任命赵奇峰为总公司经理、党组书记，秦德文、黄树勋为副经理、党组副书记，卢师迪为副经理、总农艺师；6月，省编委批复省农垦总公司内部机构设置，除原有处室不变外，增加老干部处，定企业编制110人。另设二级机构勘测设计室，定编16人，供销公司45人，建筑公司60人，干部训练班10人。
1984年3月，经农垦总公司党组研究决定，总公司内部处室设置和人员编制如下：办公室设行政科、档案科、秘书科、信访科共27人，政策研究室4人，政治部设干部科、宣教科共17人，老干部处3人，计划财务处设计划统计科、财务科等10人，劳动工资处7人，农业处设农业科、农机科、畜牧科、水产科、科技科共19人，工业处9人，保卫处3人，纪律检查组5人，机关党委2人；4月，经总公司党组研究决定，将省属农场（公司）内部机构设置和科级干部任免权下放，委托各农场（公司）党委审批，报总公司政治部备案。
1985年，全省国营农场根据1984年1月国家农牧渔业部农垦局提出的《关于在国营农场兴办职工家庭农场的意见》，先后兴办了职工家庭农场，实行大农场套小农场的双层经营管理体制，这是国营农场内部管理体制的重大变革。
1986年3月，省委组织部任命张正炳为农垦总公司经理、党组书记。之后，项凤林、周维成、刘心恕、王向东等先后担任过总公司党组成员和副经理职务。
1987年10月，经省农业经济委员会党组批准，农垦总公司设立“审计处”，定编制3人。
1988年7月，根据省纪律检查委员会文件，撤销农垦总公司纪律检查组。
1989年9月，根据省委办公厅1988年21号文件，经总公司党组研究决定，成立“省农垦总公司监察室”。
1990年2月，经省农经委批准，总公司勘测设计室更名为“安徽省农业工程设计研究院”，仍为县级单位。除原编制16名外增加企业编制14名；9月，中共安徽省纪律检查委员会向农垦总公司派驻纪律检查组；11月，安徽省农业经济委员会批准总公司增设教育卫生处、农业机械处，其人员由总公司内部调剂。同时，总公司成立开发办公室，分管“黄淮海”区域国营农场农业开发和其他经济开发工作。