防治病虫害九华山植被与黄山近似，灌丛和针竹混交林占地面积大，自下而上可分为四个垂直带，即马尾松灌丛林带、针竹混交林带、黄山松林带和高山灌丛带。常见森林病害有：松针病、黄化病、立枯病、松褐斑病、梨桧锈病、杉木炭疸病、白粉病、霜霉病、角斑病、丛枝病等。主要虫害有：马尾松毛虫、白蚁、链珠球蚧、天牛、大袋蛾、松梢螟、卷叶螟、透翅蛾、铜绿金龟子、松大蚜等。 1979年，发现凤凰树树干7个洞孔，最大的洞深60厘米、直径30厘米。同时发现松大蚜为害严重，引起大量落针及部分树条枯死，随即采取了重点保护措施：当年补洞孔3个，建毛竹护栏60米，并用药物喷洒，基本消灭了虫害；嗣后每年春末或夏初，用多菌灵 800倍液和氯化乐果600倍液喷洒，预防和消灭松针病和天牛等病虫；同时，确定专人看护，改竹护栏为石护栏。1985年基部加肥土100多立方米，覆盖天鹅绒草皮140平方米。对其它名树古木也采取了相应保护措施。对花卉发生的白粉病、霜霉病等及时防治，效果良好。

禁止乱砍滥伐清末至民国初期，九华山大部分山场名义上归寺院，实际上被山下几大宗族所控制，先由柯、吴、刘、罗四大姓，后增姜、钱等6大姓轮流执掌。民国20年(1931)，九华山法华寺和尚心坚起诉于安徽省政府，胜诉，从6大姓手中收回“九华山印”和山场主权。其时，林木保护尚好。建国后，山场收归国有或集体所有。1958至1960年，群众性的大办钢铁，九华山林木60％以上被砍伐；1966年开始的文化大革命，九华山植被又一次遭受严重破坏。1979年对外开放后，采取了严厉的保护措施，安徽省政府、宣城地区、芜湖市和管理处多次发布通告和禁令，禁止乱砍滥伐。 1982年，九华大队白马生产队盗伐杉木16立方米，1983年后山朱备公社东桥大队盗伐林木300余株，1988年春闵园村中闵生产队滥伐杉木12．68立方米，为首者均受到严肃处理。

1981年九华山建立护林队，现有护林队员37人。同时，逐步改变山区传统的燃料结构，改烧柴为烧煤。1982年煤炭销量500吨，后逐年增加；1987年全山煤炭销量3000吨，机关全部及60％以上居民烧煤，促进了林木保护。

抗寒防冻1978年以后，每年冬春对凤凰松、迎客松均采用竹木顶衬的办法，以防冰雪。1988年2月24日至3月1日，九华山地区连续7天猛降冻雨，为百年一遇。凤凰松架竹衬107根，为抗冻烧木炭和柴草16000斤。迎客松架竹衬27根。

植树造林从1980年起，每年春季安排约一周时间，开展植树造林突击活动。至1988年，共植树25万株，绿化荒山2300亩，管理处投资15万元。1984年在九华街建苗圃11亩，1985年辟花卉基地4亩。东崖宾馆植树栽花成效显著，1985年被评为全市绿化先进单位。机关单位、职工宿舍、居民庭院和寺庙前后，人们自觉地植树栽花，美化旅游环境。