安徽农垦农机化工作经过40年的发展，建立了系统的、较为完善的农机管理机构，形成了省农垦总公司、国营农场、机务队（站）三级完整的农机管理服务体系。
一、农垦农机化管理机构
民国38年（1949年）4月，皖南、皖北人民行政公署设立了农林处，负责行使对全省（包括正开始兴建的国营农场）农机具的使用与管理职能。这是安徽省最早的农机管理机构。当时，农垦没有单独的管理机构。
1952年，安徽省人民政府成立，同时设立省农林厅，厅内设农场管理局，局内设有机械作业科。后改名机务生产科。分管全省（包括国营农场）老式机具的革新，新式农具的引进、研制和试验，农业机械的使用管理，这是农垦最早的农机管理机构。1954年，农林厅改组，农场管理局归农业厅领导，负责全省（包括农垦）农机的使用和管理工作。1956年，农业厅将农场管理局中的拖拉机站管理科划出，单独成立农机管理局。此时，农场管理局只负责国营农场的农机管理。1957年底，机构改革，又将农场局和农机局合并，成立国营农场拖拉机站管理处，处内设有生产科，负责国营农场的农机管理。1959年12月，成立省农业机械厅，负责全省（包括农垦）的农业机械管理。
1961年11月，农业机械厅撤销，机务管理职能又划归农业厅。1962年，农业厅设农垦局，局生产科具体履行农垦农机管理职能。1963年6月，省农垦厅成立，厅设农机处，主管地方国营拖拉机站的农机管理业务，国营农场的农机管理工作则由农垦厅国营农场管理局主管。1969年9月，生产建设兵团成立。兵团后勤部机运处负责兵团农机的使用与管理工作。
1975年9月，生产建设兵团撤销，恢复农垦局。
1980年，农垦厅恢复，在生产处内设机务科。1983年，农垦厅改为省农垦农工商联合企业总公司，总公司农业处下设机务科。1989年10月，在农机科内成立农垦农机监理所。1990年底，农垦厅党组决定成立农机处。
省农垦农机化管理机构是负责农垦系统农机化管理的业务指导和监督检查，在厅（或总公司）分管领导的领导下，履行农垦农机管理的职责。其主要职能：一是贯彻执行党和国家有关农机化的各项方针、政策和法规，加强农机化的宏观管理，制定农垦的农机技术装备政策和农机化管理的各项规章、制度和标准；二是负责农垦农机化管理工作的组织领导、监督检查和协调服务；三是组织农垦农机化管理的经验交流，开展农机管理标准化评比活动和农机管理人员的技术培训；四是负责编报农垦农机化发展规划和统计报表。
农垦创建初期直至1978年，管理部门一般采取较为直接的管理方式，对基层的各项农机业务管理较为具体和细致。改革开放以来，农机管理部门从直接管理转变为间接管理，从行政管理为主转变为经济、技术、行政和法规管理相结合。
二、国营农场农机管理机构
国营农场历来重视农机的管理和使用。由场长亲自抓、或授权一名副场长（亦称机务场长）、或机务总工程师（总农艺师）负责全场机务工作。随着农机化事业的发展，根据60年代农垦部有关机务管理人员的定额标准要求，各场先后配备2～3名机务工程师（技术员），在分管机务的副场长领导下，具体开展农机管理的各项工作。此后，各农场又相继设立农机管理机构——农机科或生产科，负责农机管理职能。生产建设兵团时期，各师、团（场）、独立营均设立机运科、股。1978年后，国营农场一度放松了农机管理，不少农场撤、并了农机管理机构，调离了农机管理人员（其中不少农机优秀技术骨干被抽调到场办工业单位），使农机管理削弱。1986年初，农垦总公司向各场提出了在新形势下加强农机管理工作的意见，要求机械化程度较高的大中型农场，应建立健全农机管理机构，充实管理人员，统一归口管理全场农机的使用、维修、培训、新技术推广、油料配件供应、安全监理等业务，使农垦系统的农机管理工作得到恢复和加强。到1990年，有5个农场单独设立农机科。其余各农场由农业科（生产科）科长或一名机务副科长，并配备2～3名工程师（技术员）负责全场机务管理工作。
国营农场农机化管理的基本任务是：贯彻国家有关农机化的方针、政策，运用经济、技术、行政、法规等措施，对农业机械的选型、配套、使用、维修、改造和更新等进行综合管理；不断改善农机设备的技术状态，保证适时、优质、高效、低耗、安全地完成农业生产任务，并不断提高农机化的经济效益。农机化管理的主要经济技术指标和标准，如机车完好率、效率、能耗、安全等都列入了场长任期目标。
三、基层农机管理和经营
从50年代到60年代末，国营农场的基层农机管理和经营单位是机耕队，生产建设兵团时期则为机务连（或排）。沿淮地区大部分国营农场于70年代初期，华阳河总场多数分场于80年代末期，将机耕队分解，大型机械分散到各生产队，成为机农合一的生产队。普济圩农场建场至1990年，多数分场仍保留机耕队。皖南各场于1984年后，原机务队陆续解体，大中型机械分散。随着茶叶机械化的发展，部分茶叶生产队又相应成立了机务组。
机农合一的生产队，设一名副队长负责机务管理，亦称机务队长。并与机务技术员、统计员、油物料保管员等组成基层农机管理和经营的领导班子。行政上受生产队的领导，具体实施本队的机械化生产、技术保养、机具存放、人员培训、新技术推广运用、安全检查、经营管理等任务。在改革开放时期，农机化的发展，形成了以全民所有制为主体，多种经济成分、多种经营方式并存的新格局，农机化基层经营单位也发展成多种类型的服务组织。到1990年底，全系统拥有机耕队14个，机务人员631人；机械化生产队68个，机务人员1829人；机组承包227个，机务人员632人；农机集体经营单位35个，机务人员119人；农机专业户624户，驾驶员695人；机械化家庭农场282户，驾驶员386人；农机修理专业户37户，修理人员71人。随着改革的深入，不少农场又打破“机农合一”的体制，成立了生产队单独核算的农机服务站。