安徽省乡镇企业管理机构是随着乡镇企业发展不断建立健全和完善起来的。乡镇企业萌芽时期，类属农村工副业，大部分隶属于农业社，由各级人民政府农业部门的合作经济管理单位分管，也有少数属于手工业生产合作社，由各级手工业生产合作联社分管。从1958年起，随着农村人民公社体制的建立，社队企业蔚然兴起。社队企业主要由人民公社、生产大队直接管理，省、市、专区、县主要由农业部门分管，也有少数由手工业部门分管。总体上讲，这时期管理体制不完善，管理手段单一，力度较弱。从1976年开始，省、地市、县先后建立了社队企业管理局或社队企业管理办公室，专门负责管理人民公社、生产大队的企业。1984年，随着农村人民公社体制的改革，中共中央、国务院决定将社队企业改称乡镇企业，各级社队企业管理机构均改名为乡镇企业管理局。乡级人民政府一般都设立了乡镇企业办公室或乡（镇）经济管理委员会，简称乡企办或乡经委，村级企业大部分直接由村委会管理。为适应经济发展的需要，各级乡镇企业管理局还先后建立了一些企、事业单位，为乡镇企业发展搞好服务。
安徽省各级乡镇企业局是安徽省各级人民政府管理乡镇企业的行政主管部门，其主要职责是根据国家的法律、法规和政策，对企业进行指导、管理、监督、协调和服务。具体是：监督、检查企业执行国家法律、法规，贯彻执行党和国家发展乡镇企业的方针政策；为同级人民政府当参谋，制定促进乡镇企业发展的意见、政策、法规；制定乡镇企业发展规划和工作计划；会同有关部门指导企业的计划、统计、财务、审计、价格、物资、质量、设备、技术、劳动、安全生产、环境保护等管理工作；组织和指导企业的技术进步、职工教育和培训；向企业提供经济、技术咨询和信息服务；协调企业与有关方面的关系，帮助企业开展经济技术合作；总结推广企业发展经济的经验；组织指导企业思想政治工作，促进社会主义精神文明建设；保护企业的合法权益等等。
安徽省各级乡镇企业管理局在有关行业部门的大力支持下，采取了各种行之有效的措施，重点加强了对乡镇企业的计划、财务、投资、质量、安全管理及环境保护、供销服务，取得了一定的成效。到80年代中后期，各项管理措施进一步完善，从而保证了全省乡镇企业健康、有序地发展。
安徽省乡镇企业在不同的历史时期，侧重实行不同的管理形式，而各地在具体执行过程中，根据自身的条件又有所不同。这样，全省乡镇企业的管理能因时因地制宜，形式灵活多样。在经营体制上，全省乡镇企业紧紧围绕市场这个中心不断地进行调整。其生产、供应和销售曾部分地纳入了国家计划的范围，但所占份额一直较小，特别是随着社会主义市场经济的逐步确立，纳入国家计划的部分更为减少，基本依靠市场调节，自主经营。其劳动用工制度、产品价格等也逐渐地挣脱计划经济体制下的束缚，使企业拥有更多的自主权。总体看，全省乡镇企业的管理体制，经过不断地实践、调整，逐渐地适应了市场的变化，进一步增强了乡镇企业的活力。