马元章（1853——1920年），原名云鹏，字光烈，号祯祥，经名利牙顿丁，道号素迪根拉·穆罕默德·努尔。咸丰三年九月初六日（公元1853年10月8日）生于云南。
他是马明心的四世孙，他的祖父马顺清（穆罕默德·阿卜杜拉）是马明心的长子，于乾隆四十六年被充军云南墨江县他郎寨，后被马明心的徒弟云南古城人马三爷（马学成，人称古城马三爷）营救出来，落户云南河西县东沟村。马顺清生有五子，第三子马圣麟（又称为马朝圣、马复生、马世麟、马成林）有三子，长子马元章，次子马元坤（少亡），三子马元超。其中长子马元章聪慧好学，十八岁时能背诵《古兰经》如流，阿文造诣很深，并博通中国文史，使当时的一些阿訇、长者惊叹不已，称为奇才。
马圣麟年轻时曾到西北宁夏锁家岔（今属同心县）清真寺念经，同宁夏哲派中心区取得了联系，归滇后又两次来宁夏金积堡觐见马化龙，被马化龙委任为云南、贵州两省的“热依斯”。他任“热依斯”以后，东沟成了哲派在云南、贵州等南方地区的中心，马圣麟被称为“云南老三太爷”。马圣麟兄弟数人，在昆明经营进出口生意，财力雄厚。
逃出云南
同治年云南回民杜文秀起义后，马圣麟成为河西起义军的首领之一。后来云南东路起义军首领马德新、马现（投降后改名马如龙，官升提台）两人投降，成为清朝镇压云南回民起义的得力工具。
杜文秀起义失败以后，马如龙（马现）率领清军围攻东沟达三年半。就在东沟被包围之时，马元章的父亲马圣麟挖掘了一个从村内通往村外的暗道，嘱咐儿子马元章率领起义军重要人员及家属从暗道潜逃，约定在成都集中，并设法营救马化龙的后代。同治十年二月二十三日，清军用开花大炮把东沟炸成一片火海，马圣麟和全村一千多人全部被炸死或被血洗，制造了著名的云南东沟惨案。
马如龙得知马元章等回民起义军的首要人物逃脱，急报云南总督岑毓英奏请清政府向全国悬赏捉拿。时年十八岁的马元章为了躲避清政府的通缉，将原名云鹏改为元章，他们兄弟三人及一同逃出虎口的杨騆武、金品才、马连龙、纳尚喜、穆云鸿、马骏武等十八人，化装成汉人，腰带上别着旱烟袋，走出云南，逃往四川。在四川他们遇到一个叫“老何爷”的江湖武艺人，在他的帮助下，走出了四川，最后来到张家川。最先住进一个叫李家沟的小村的李麻子家，后在北山潜伏，他在北山挖了几个窑洞，搭了几间泥屋，后来买下了一小块山坡地，耕种为生。不久便与人称“李大帅”的李得仓取得了联系，后迁居李得仓家安身。
李得仓是同治年西北回民大起义中“南八营”的首领之一，人称“李大帅”，投降后被清朝授予红顶花翎四品衔，封为武翼都尉，降众十六万，按名清点只有九万余人，其中回民三万余人，迁居张家川等地，由他管辖，他有越级上告之权。
马元章的二弟及四叔、五叔，二叔之子皆潜往建昌兔山，后娶妻成家。后来马元章五叔之子来到甘肃张家川，住红崖堡，生有五子。马元章的二弟也来到甘肃，无子，以马元超的三子马辉武继其嗣。马元章的三弟幼时落水身亡，后以马元超的四子马霆武继其嗣。马元超于光绪十四五年离成都来到甘肃，初居天水杨姓家，后迁居张家川北乡，购得小片土地，以农耕为生。
营救马化龙后裔
马元章逃到张家川并与李得仓取得联系以后，从此他在李得仓的主持下开始了艰难的传教和搭救马化龙后代的活动。
马元章为了营救马化龙的后裔，率领着杨騆武、老何爷一对传奇人物和金品才、马连龙、纳尚喜、穆云鸿、马骏武以及北京的金月川、昌平吴家、杭州陶茂春等人去陕西、河北及东北各地，一面游历避难，一面查访马化龙家属下落。当获悉马化龙的孙子马进城和马进西兄弟两人于光绪二年（1876年）五月，押赴北京的消息后，马元章便命杨云鸿、马树勋、马金玉等人潜行囚车之后，伺机劫持囚车，救出马进城，但未能得机，只好随行潜入北京。到北京后即与北京哲派人物金月川取得联系，伺机营救。马元章又亲自率领老何爷、金品才、穆云鸿、李发财、杨义兴等人扮成皮货商，取道山西也潜入北京城。
他们在北京首先找到了马化龙的遗妾——西府夫人白氏，计划营救事宜。接着经金月川在官衙活动，马进城免于死罪，但受阉割刑后发配汴梁，他阉割时十二岁。他到汴梁后，给一家姓温的满人小吏为奴。于是金月川、穆云鸿一路跟随马进城来到汴梁。马元章把从云南带出的一点金子兑换成银两，企图在汴梁捐官，以作暗中屏障。穆云鸿化装成买瓜子的小贩，每天跟踪马进城的消息。这位“温大人”对待马进城比较好，由于这个奴隶不吃主人家的饭，温大人每天给一些麻钱，让他在街上买些东西吃，后来还让马进城同他侄子一块读书。后来马元章想办法亲自会见了马进城，要他逃走。但身心被摧残的马进城甘愿忍受，不愿出逃。西府夫人来汴梁后，也曾面劝马进城出逃，也被拒绝了。于是马元章等人在附近开了一片小店，暗中保护着这位受难者。有时候马进城也到这个小店里来，店主人马上把一串铜钱放在案子上，马进城悄悄进来，把钱拿走，双方都心领神会，但都沉默不语。店主人是汉人打扮，腰上插着一根旱烟袋，见了马进城既不说话，更不道赛俩目。就这样，一共守了十三年。《道统史传》中说：“尊大的毛俩利雅屯丁（马元章）带着一些随从逃出云南，来到甘肃。他依照贤父的嘱托，首先打听尊大毛俩汴梁太爷的下落。他一路饱经风霜，历经千辛万苦。来到西北后，专心侍奉汴梁太爷十八年。在此期间，他一直过着与汴梁太爷一样艰苦的生活。吃的粗茶淡饭，穿的粗布旧衫，致使他贵体瘦弱。”光绪十五年腊月二十九日（公元1890年元月19日），马进城病逝于汴梁“温大人”家，时年二十五岁，他病逝后，温家按汉民风俗将他装入棺材，葬于汴梁满城北墙根。
马进城逝世后，哲派群众尊称他为“汴梁太爷”，并追认为第六辈穆勒什德。“他的坟茔在开封（汴梁）满城的城墙根。直到民国初年、温家人尚在时，那坟的位置还是肯定的。哲合忍耶曾经打算在坟前立一块碑，但不知为什么没有了下文。后来，哲赫忍耶分成沙沟、板桥两派以后，关于这座-坟的传说便含糊不清了。有人说此坟已经搬迁；有人说其实并没有搬迁；有人说汴梁太爷后来葬在张家川北山宣化岗；又有人说最后葬在张家川南川，”名曰南川拱北。
马化龙家族还有两名男孩没有受到宫刑。一名传说被西安监狱里的一位汉民狱卒救出，改姓刘。又说，他被金积堡城门外一位姓王的汉民救出，收为养子。另外一名就是马进城的弟弟马进西（马五十九）。他于光绪五年夏时满了十二岁，也要从西安押去北京受宫刑。马元章得知消息后，便与李得仓制定了营救计划，然后召集老何爷、杨云鸿、李得全、马德玉等人吩咐道：“十三太爷三百余口眷属只剩下这一个根苗，若是这次救不出来，你们各行其便，不要再回来见我！”
老何爷、杨云鹤等人暗中尾随囚车，过了黄河，一直到汾河川，在洪洞县一个叫张毛峡石的地方，杀死了解差，砸坏囚车木笼，救出了马进西。老何爷和杨云鸿两个大汉背着一个小孩，“越太行山，昼伏夜行，艰险万状，始达汴梁。……由城外奔亳州上船，顺流扬州，又赴杭州。……又有杭州人名陶茂春，他从河南亳州渡口亲自迎接了孤儿马进西一行，一路向导，一直把这钦点的罪犯引到自己杭州的家里藏身。”后来，又去了山东济南，最后又经西安潜回张家川。
马进西被劫持以后，清政府责令李得仓交出马进西，并追查杀死解差的人。适逢1900年“庚子事件”，慈禧太后和光绪皇帝逃到西安，马元章乘机授意马化龙之妾白氏请甘肃提督马安良向慈禧太后说情，希望赦免马进西。马元章和李得仓商议后，由李得仓出面，冒死上 书，由马元章亲自执笔，其中有一句“赦一人可安万民，杀一人万民不安”之词，呈请清政府赦免马进西。慈禧太后看了请赦书，就同意了李得仓的呈词，下了赦免谕，结束了该案，从而使马化龙仅存的苗裔得以衍生。
马进西获赦以后，得到李得仓的大力支持和保护，在张家川南川修建了道堂，由马进西主持教务，既为马化龙继嗣，又作为发展教务的基地。
马进西主持教务后，与马元章发生了矛盾。马元章是道祖马明心的后代，马进西是十三太爷马化龙的后代。“马元章谓自己有马化龙传教的衣物，马进西也谓自己有马化龙传教的衣物。马元章说，他在开封寻访到被充军至此的马进城（即上述未掌教的哲赫忍耶第六辈教主‘汴梁太爷’），马进城向他传了教权。而马进西不承认此说。两人继承教权的条件旗鼓相当，争执不下。后来马进西把马进城的尸体搬来，埋在张家川南川，给他修了拱北。事隔多年，马元章又派人搬来马进城的尸体葬于张家川北川，也给他修了拱北。宣称马进西搬来的是假的，自己搬来的才是真的。双方针锋相对，互不相让。结果，马进西在李得仓的支持下，在南川设立了道堂，当了教主，独立进行传教活动。遂使复兴不久的哲赫林耶，又0为以官川系统马元章为首的‘北山门宦’，以灵州系统马进西为首的‘南川门宦’。”人们把马进西一派称为“灵州系统”，把马元章一派称为“官川系统”。
马元章又到昌平找到了马化龙之妾白氏（即西府太太），把她接到开封，后迁居张家川，最后定居宁夏吴忠。西府太太原是宁夏广武的汉族女人，被马化龙纳为妾，并为她修建了新屋，因与旧屋东府相对应，称为“西府”，她也被称为“西府太太”。后来马化龙一家三百多口人死于非命，只有西府太太免遭杀害。在金积堡被攻克之前，马化龙“对西府太太说：你把所有传教的凭证都带上，金积破了，你就说，当初是我依仗势力霸占了你。后来西府太太要回娘家，被释放了。她带着八个箱子，其中有四个箱子都是传教的‘衣扎孜’——这是因为，十三太爷早就知道会有这一天，才娶她为妻的。……后来她逃出了金积或西安。她藏着传说中的传教凭证，逃到了一个扎鸡毛掸子的要饭女人的窑洞，成了西安城墙上的贫民。两个月后，她与张家川李得仓取得了联系。张家川派人来了，驮着油，与她假扮油商，潜入了张家川董家坡。后来又潜伏在北京昌平，直到同治事熄。五年后又回到张家川。……她成功地带出了哲合忍耶传教凭证——有人说，是一件道祖马明心从也门穿回的绿色羊毛衫；有人说，一共有四箱子衣物；有人说，这些凭证交给了日后板桥马进西；有人说，是交给了云南马元章。”
光绪八年（公元1882年），被清政府向全国各地示众的马化龙和谭成龙（谭二阿訇）、儿子马耀邦和弟弟马成龙的四颗头颅，退回到兰州，并为太子寺（广河县）谢家六阿訇弄到了手，然后冒着生命危险送到了张家川。当时李得仓的心情十分复杂，他既想接受，又怕带来后果，不敢在张家川掩埋马化龙等人的头颅。在这种情况下，马元章兄弟和洼上师傅等人冒着生命危险，在张家川北山——马元章避居之地,秘密掩埋了人头。当时的坟只是一孔深洞，下面再分四个小洞，分别下葬了四个头颅。坟上并无坟堆，但只有记号。一直到光绪十五年(公元1889年),在马元章主持下,在埋葬马化龙等人头颅的张家川北山修建了八卦圆顶亭拱北,称为宣化岗拱北。马元章还撰写了“为众舍身”的碑文。马元章留弟弟马元超守护宣化岗拱北，并让他在那里传教，把宣化岗作为传教和发展哲赫忍耶的基地。到民国四年(公元1915年)以后,宣化岗拱北又进行了多次扩建,占地达二十多亩，成为哲派的一个中心。
这期间，马元章又顺着当年官军押解哲赫忍耶的踪迹,在宁夏海原沙沟（今西吉县沙沟乡）和张家川恭门镇察访到马化龙的两个侄女的下落。光绪八年，马元章奉西府太太白氏之命，并在西府太太的主持下，同沙沟找到的马化龙三弟马成龙之女（当时只有十四岁，后称十四太太）于六月十六日（公元1882年7月30日）结了婚。马元超娶了马化龙的另一个侄女即七弟之女，这样，马元章兄弟二人与马化龙结成了亲缘关系。“这次结婚意义极为重大。首先，哲合忍耶最伟大的两位导师——马明心和马化龙两姓不仅在宗教上和血缘上重建了联系，而且有了一位多斯达尼承认的继承人。其次，哲合忍耶因这次联姻而正式进入了西海固。在以后漫长的一百年，沙沟和西海固如昔日的灵州银色大川一样，要威武的扮演哲合忍耶中核的角色。” 马元章为了避开清政府的监视和与马进西的教权矛盾，在与马化龙三弟马成龙之女结婚后，即迁居沙沟，主持西海固教务。从此，海原沙沟[就成了马元章恢复和发展教务的第二个传教基地。人们称哲赫忍耶为“沙沟门宦”始于此。
以后，马元章昼伏夜行，骑着毛驴，在山沟里一个村一个村的走访、上坟、干“尔麦力”。这样，“一坊坊一户户的回民又重获希望，苦难中又有了自己的宗教领导人。离散中的回民以马元章为中心结合起来重建了哲赫忍耶群体。”
人物评价
马元章了解哲赫林耶派历次反清失败遭-的深刻教训，遇事十分谨慎机敏。他尽量调整与官方的关系，以取得立足之地。庚子年间，董福祥得罪洋人，避居固原时，目睹哲派崛起，十分不快，谓回民有反性，欲谋挑起事端，马元章一面劝教民勿与政府对立，一面直言董福祥不要轻动妄为，同时竭力向政府声明，愿以身担保回民无事，从而扭转了危局，安定了人心。第一次世界大战时，土耳其参加了同盟国。
马元章以教主身份，致电袁世凯云，他虽与土耳其同信伊斯兰教，但他竭诚拥护中国政府的对外立场。这一系列的作为，使哲赫林耶派与官方的关系有了很大改善，逊清隆懿太后赏给他亲书“寿”字中堂。袁世凯赠给他二等“宝光嘉禾”勋章。民国初年，马元章通过郭南浦，得到甘肃督军陆洪涛、省长张广建的赏识与同意，将曾祖父马明心的尸骨从石乡老祖坟迁出，葬于兰州东稍门，修建了拱北，随后在马明心遇难之地和苏四十三、韩赛里麦(马明心的义女)牺牲之地，率众举行宗教活动，诵经悼念，并坐上张广建赠送的绿呢大轿，周游兰州市，一时轰动金城。他感慨地对教民说：“我的先辈在兰州做过阶下囚，而我今为坐上客，沧桑之变，事在人为，不过喜中有忧，小心强过托靠”。
马元章聪慧有智，学识渊博，通晓世情。他通晓伊斯兰教经训典籍，擅长阿拉伯文书法，博览诸子百家和史籍文物，是哲赫林耶历代教主中兼通汉、阿两文并有论著的唯一人物。他在宗教上除遵循马明心的教导外，还接受回族伊斯兰教学者刘介廉的宗教思想，强调结合儒家思想，宣扬伊斯兰教义。他疏导教民改变盲目遵行“舍希德”的道路，不能为“舍希德”(即殉教者)而“舍希德”。他强调，朝拱北不等于朝天房，穷人无钱朝天房，就应隆重举行“古尔邦”节，他反对尊人不尊经的错误。他结交汉民乡绅和各教派教主，积极倡导民族团结和教派团结。经过20年的惨淡经营，恢复、发展与巩固了哲赫林耶的教统，使之走上了继马明心和马化龙之后的第三次全盛时期。
他修建拱北9处，道堂7处，积累了大量财富。但他一再强调，道堂财产是“瓦克夫”(即宗教公产)，只能用于宗教事业，任何人不能作为自己的私财而挥霍浪费。
1920年农历十一月初八日，甘肃发生大地震，马元章在西吉遇难逝世。
著作
《鉴古训》、《道统论》、《省己格言》等书稿。