马麟，1873年出生。字勋臣，甘肃省河州临夏县人。马海晏之次子，马麒之胞弟。幼读私塾。1895年河湟事变，与兄招募回勇，维护地方。民国时出任国民政府甘肃保安司令，国民革命军骑兵暂编第1师师长。国民革命军陆军中将衔。
1900年八国联军犯京师，和马麒随父海晏赴北京，参加庚子之役，抵御洋人侵略。父死其兄麒继统父军，在马麒下任哨官。回甘后承父业，在甘南牧区贩运皮毛、土产经商赚钱。1909年任循化营管带，都司衔。1911年10月辛亥革命爆发，陕西革命党人继起，光复西安。遂奉命随西军统领马安良征战陕西，镇压革命。11月底奉命北上宁夏，镇压那里的会党、民军起义。为前锋进入宁夏府城银川，又攻平罗等地，平定起义，被任命为宁夏洪广营游击。回甘肃后率西军主力驻甘南，升任洮岷地区分统，在西军中自成一系。1912年“宁海军”成立后，带兵驻拉卜楞地区，与藏民屡有接触，后又移驻玉树结古。1913年任甘肃凉州镇守使。1917年5月率部平息宗社党人吕光复辟活动。1919年9月26日被北洋政府授予陆军少将衔。1920年以其对伊斯兰教的虔诚和手中握有的巨大权力，在河州老家组织修建癿藏大寺。
大革命时期，1925年国民军进军西北，甘肃形势大变。
土地革命战争时期，1928年被任为河州宣慰副使（宣慰使为甘州镇守使、东乡人马璘）。1929年初正式成立青海省政府，任省政府委员兼建设厅长。不久省军垦委员会成立，兼任委员长。1930年中原大战爆发，国民军东下，遂进驻兰州任甘肃保安司令，旋任甘肃骑兵暂编第1师师长。1931年维持兰州政局。6月骑兵暂编第1师移驻凉州（今武威）。同年8月任代理青海省政府主席，旋正式任省主席。1932年借玉树发生青藏冲突，成立青海省财政整理委员会。1933年7月又成立各县临时维持费经征所，鉴于以前发行的“金库维持券”不断贬值，1934年再发行“青海省临时维持券”，越发越滥，民怨沸腾，物价飞涨。1933年6月具呈国民政府行政院，请求将拉卜楞地区归还青海（拉卜楞属循化管辖，青海建省时划归甘肃）没有成功。主持青海省政近5年（迄1935年底），政绩平平，财政紊乱，渐有不能抵挡之势。1936年8月迫不得已，电请国民党中央，因病休假6个月，蒋介石复电照准，由马步芳代理省政。10月12日飞往南京，要求去麦加朝圣，蒋介石同意，给旅费1万元，除已照准的6个月假外，再续假5个月。27日在沪乘轮船出国。1937年4月回到国内，途中在西安停留，经马步青老师马德涵安排，和周恩来会见，同桌吃饭。周恩来谈了中共抗日主张、国共合作等问题，请其协助送回失散之西路军人员。遂表示回青海后尽力而为，对于中共团结抗日主张，表示赞同。回到青海后，马步芳不交出省政大权，虽名义上还是省主席，但已不能控制省政。马步芳甚至说他“连自己的家都管不住，还管什么省政府！”
抗日战争时期，1938年2月白崇禧到青海视察，马步芳与白密谈商定：①改组省政府；②对旧人员一概不用；③将其调任国民政府委员；④青海省党政军事务，统由马步芳负责。不久蒋介石来电：免去马麟本、兼各职，任命的国府委员只是空名。回到家乡癿藏，结束在青海的政治生涯，过起回乡颐养天年的生活。回到家乡后大兴土木，修建园林，悠度晚年，并利用其声望权势左右乡政。
1945年1月因病逝于家中，终年72岁。按伊斯兰教礼仪安葬。未发讣告，亦无行状之类文字传世。