崔芳秋原名崔庆桂，1899年（清光绪二十五年）生于本溪县高台子乡（今属本溪市明山区）新孩岭村。崔幼年入私塾读书，青少年时先后在盖平、台安、沈阳等地求学。1919年回到家乡本溪，曾在本溪县立第二小学（今本溪湖柳塘）当教员。后在省里应考县级教育局长时，以优异成绩被录用，派至盘山县任教育局长。任职期间，曾与本溪县知事白尚纯（白系盘山人氏）交往甚密。
1931年“九一八”事变后，崔芳秋从盘山县返回本溪县，1932年在县立太子河沿师中学校谋得教师职务。次年4月，伪本溪县当局在本溪湖头道岗子新建一所设施比较先进的校舍。县教育主管部门将原县第一、第二、第三分校合并在一起，迁进新校舍，改名为本溪县立模范学校。因崔芳秋曾任教育局长，在地方上有一定声望，遂调崔任模范学校校长。崔赴任后，一面主持校务，一面利用业余时间学习日语，以便和日伪当局打交道。
当时，日本侵略者正在郊区对抗日军民进行“讨伐。”为了宣传“王道乐土，”“日满协合，”“共存共荣，”从县署抽调一批伪满官吏，从各学校也抽调一些教职员，将这些公教人员组织起来，随日军“讨伐队”作宣传工作，名为“宣抚班。”崔芳秋也在该班之列。这一举动是日本侵略者对伪教职员、知识分子的一种考察手段。由于崔芳秋在随日军“讨伐”过程中，言行不符合日本人的要求，引起日本人的注意。经过一段工作后，把崔芳秋撤换下来，对此，崔芳秋也有所察觉。回县城后，为了自身和学校的安全，他施展手段攀上了县参事官日本人石川，与之建立了“友谊。”石川曾为学校题词相赠，崔也时常与石川在校园里并肩散步，以示“日满友好。”他为了显示有后台靠山，把石川题赠的书法条幅装裱一新，悬挂在校内走廊的正面墙上加以炫耀。
当时，日本侵略者不仅在军事上实行武力镇压，同时也在其他领域里收买汉奸走狗，大力推行奴化教育。在这所小学里，也安插了“狗使奴才，”有的教职员工被收买，为日本统治者充当耳目。当时该校有一日语教员雪吹，是个比较正派的日本知识分子，他对日本发动侵略战争有不满言行，结果被校内“耳目”告发，将其撤职送回日本，而换来另一名叫西泽的来接职。这西泽是以日本在职军人身份来校任教的。他到校后，把原来高小中的童子军取消，成立“白虎队，”在体操课上，进行军事训练。把同级的高三、高四两班学生，编成甲乙两队，进行“武士道”、“劈刺”训练。在校园中对学生实行“阶级服从”的教导，如“上班生可打下班生”等，因此造成同学之间互相仇打，家长怨声载道。西泽本人更是凶残暴虐无所顾忌。有一次学生家长找到学校向崔芳秋控告西泽毒打学生，崔把该家长安慰劝说回去，然后向西泽告诫。西泽不但不听，反而反唇相讥：“你的随便县里说话，我的不怕!你的脑袋危险的!”
由于崔芳秋再三向县教育局要求，下学期西泽被免职。这一年，石川参事官也调离本溪。据后来任教的日本人细川说，西泽是日本守备队派来的特务，离校后到奉天警备队去了。自从西泽离去，本溪湖日本宪兵队长、守备队长，还有连山关守备队长，都先后骑着高头大马，带着护兵，来到模范学校进行视察。这些迹象表明日本当局对该校已经注意了，对崔本人也很不放心。
1936年农历正月十六日晚上，日本宪兵队突然闯进校园，对教师办公室、宿舍及校长住宅大肆搜查，但什么也没搜到，最后将崔芳秋带走。
据当年同时被捕的师中教师朱光璧回忆文章所载：“我被用汽车押送到伪警察厅前，又见到被押上车一人，是当时本溪县第一小学校长崔庆桂（崔芳秋），同车被押到本溪湖守备队。以后在宪兵队受审讯时，见到崔芳秋鼻青脸肿地一旁站着，崔的额角上还带着几条渗血的伤痕……”日本宪兵逼着崔的下属教员肖梦潭、肖承朴当面打崔，并叫大家观看。20多天后，被捕的思想犯陆续获释，只有崔一人没放，还陪过几次绑，后来不知所终。
据崔芳秋外甥韩长誉兄弟3人和崔的侄儿崔成宪回忆：“当年春，崔芳秋从本溪湖宪兵队转移时，家人亲友得到了消息，但不知转押去向。事前只允许家人亲友到本溪湖火车站去等候送行。当时只见他身形消瘦，面无血色，步履艰难，惨不忍睹。当时只许亲人们看几眼，一句话也不许说。他含泪点头向亲人致意，被押上南下的火车。”事后，才知道崔被押在连山关日本守备队大本营里。
1936年秋，崔芳秋的亲戚送来口信，说崔在连山关日本守备队狼狗圈里被喂了狼狗。她是亲眼目睹者之一。那时日本人杀害中国人都是公开执刑，还让中国老百姓去现场。出事那天她也在人群里，看到日本守备队把崔芳秋推进狼狗圈，崔芳秋高声喊着：“乡亲们，我叫崔芳秋，是本溪大堡头道岗子模范学校校长，请给捎个信，就说……”他的话没等说完，就被放出来的一群狼狗扑倒了，眨眼间，人被撕得血肉模糊。当时，崔芳秋的这位亲戚也没敢哭叫，回家换上衣服就乘火车给崔家报信。结果连崔芳秋尸骨都无法收回。崔芳秋殉难时38岁。