吴郡,字云士,祖籍安徽凤阳。祖父吴高,明末京卫指挥使。李自成义军进京时,其父吴贵及家属7人被杀,吴郡时年8岁,由老仆携带逃来福建,住浦城前墩黄溪洲。
清康熙二十二年(1683年)六月,吴郡仗剑从军,随靖海将军施琅进攻澎湖列岛,因功加左都督衔,实授山西大同镇标游击。不久补为天柱营参军。大将军席某督兵征苗族时,命吴郡为前驱,攻破天星、悬落、愁叹几个城寨,在接近滇南彝民杂居的地方杀牛宴饮士卒,炫耀兵威以慑服苗民,郡升为黄州协副将。康熙四十七年(1708年),晋升为浙江定海镇总兵,驻军舟山,并在倒头澳、长途、双合山、两头洞等处日夜巡防,护送往来的商贾过境。又在舟山添设消防器具以防火灾。
康熙四十九年(1710年),福建闹饥荒,吴郡奉命运-漕粮赈济。郡租商船与其子兴业分途运送,不到半月,把5万石米运到漳州、泉州。随后署理松江提督,升浙江水师提督。康熙五十四年(1715年)去世。