林孕昌(1595～1657年)，又作允昌、胤昌，字为磐，号素庵，泉州新门外浮桥人，明万历二十三年(1595年)生，万历四十三年中举人，天启二年(1622年)中进士。
林孕昌步入仕途后，初授南京户部广东司主事，专管文武各官的俸盐和淮、浙、长芦(在天津)、鲁、闽各地盐引的用印。
伯祖理学家林学曾为南京通政使司通政，林孕昌跟随他两年，手抄当时理学家王守仁、薛瑄的语录及先儒格言，领悟宋代理学大师周敦颐、程颢、程颐、张载、朱熹所创立的濂、洛、关、闽(自北宋至南宋，著名的理学家称濂、洛、关、闽四派，即湖南濂溪周敦颐，洛阳程颢、程颐，关中张载，闽中朱熹。)之学的要旨，为以后从事理学研究和教学打下坚实的基础。
尔后，林孕昌出任南京兵部职方司主事，严格整饬军纪，妥善处理标营卫总克剥军粮弊端，兵将畏惮，上司信服。天启五年(1625年)初，他以点马差便道返家省亲。九月，调南京吏部考功清吏司，又适逢父亲病逝在家守制，三年服满，催文迭至，到崇祯元年(1628年)才去北京补吏部稽勋司主事，不久调验方司掌管司印，主持常务工作。
当时，弄权乱政的宦官魏忠贤和兵部尚书崔呈秀败落，林孕昌立即为遭他们破孩而惨死者的子孙题奏赠赐余荫；又为东林党顾宪成、冯从吾等人奏请加赠荫子，以褒励理学节义之臣。
后林孕昌又调任考功清吏司主事，文选清吏司员外郎。他掌管铨事(铨事：集吏考试，量人授官。)，酌定取选的规条，而且关防严密，严惩舞弊，从此大选、急选都协合众望。
崇祯五年(1632年)，林孕昌再升稽勋清吏司郎中，给假省亲，回家后在笋江畔建在兹堂，在清源山南台舟峰建纶恩、雷荐二亭，重辟西洞天唐代林蕴、林藻的读书处。第二年，他在在兹堂开始讲学，还与布衣黄文炤提倡旦气之学，为理学的发展做出贡献。是年秋天，与黄景昉、谢元珧在清源山南台建礻颉云、访贤二亭；冬天，在泉州城西北奉圣铺(今西门)建宅第，取名“栖绿园”。
崇祯七年(1634年)，林孕昌在栖绿园增建讲坛，与蒋德璟大力倡导旦气学，门徒更加广泛，连兵备道曾樱、知府樊维成、县令戈简都来听讲。第二年，林孕昌迁居栖绿园，按察使张应星和曾樱率领僚属到一峰书院听他讲课，一时府城绅士毕集。
林孕昌在家乡讲学，组织笋堤学社，成绩斐然，解元蔡高标、何承都均出自该社。崇祯十三年(1640年)，他与蒋德璟重建清源山西洞天的偕乐亭。落成之日，他和知府孙朝让登临赋诗。
顺治八年(1651年)正月二十九日，林孕昌诞辰，众弟子为他镌刻石像立在清源山八仙阁。是年，林孕昌重修西洞天，又修葺半岭岩的不易亭，购置福田作为清源山岁时香火。
顺治九年(1652年)，林孕昌又在栖绿园洁身堂开讲，解析《论语》，分经课艺，听讲的人十分踊跃。
顺治十四年(1657年)二月，林孕昌在家病逝，享年63岁，身后“笥中仅遗笔五矢、墨二函、履二只”。
顺治十五年(1658年)，泉州绅士公议设特祠祭祀林孕昌。次年春，迎林孕昌牌位供祀在晋江县学左侧的旦气堂里，即他讲学旧处。
林孕昌的著作丰富，有《茧草经史耨义》、《论语耨义》、《周易口占》、《旦气语录内篇》、《旦气语录外篇》、《旦气箴》、《泉山小志》、《戊巳自镜录》、《续小学》、《易史广占》、《易史象解》、《春秋易义》、《春秋总论》、《三礼约》、《悌经》、《续尚书》、《续三百篇》、《铨曹奏议》、《在兹堂会语》、《笋堤集》、《雁山集》、《百梦草》等书。