苗衷于永乐六年（1408）乡试中举。永乐九年（1411)得中榜眼后，授翰林编修。宣德初年，预修两朝实录转侍读。正统改元(1436)，苗衷侍经筵，预修《宣宗实录》成，升侍读学士。正统七年(1442)，苗衷为会试读卷官。
正统十年（1445)，宦官王振用事。一天，他对当朝老臣、著名宰相杨士奇和杨荣说：“朝廷事久劳公等，公等皆高年，倦矣。”杨士奇回道：“老臣尽瘁报国，死而后已。”杨荣则马上说道：“吾辈衰残，无以效力，当择后生可任者以报圣恩。”王振听了很是欢喜。杨士奇私下埋怨杨荣。杨荣说：“王振早就讨厌我们了，一旦内0片纸令某人入阁，且奈何？不如及此之时，进一二贤者，同心协力，尚可为也。”杨士奇点头称是。第二天，二人便举荐侍读学士苗衷、侍讲曹鼐、马愉、陈循等入阁。
正统十二年（1447)，苗衷任兵部右侍郎。景泰初，任兵部尚书，以年老请致仕。景泰帝降敕褒奖，赐钞三千，赏金织文绮衣一袭，给舟送归。
天顺四年（1460)，苗衷卒于家。英宗特遣官谕祭，命有司治葬，赠荣禄大夫少保，谥文康。
苗衷温厚简重，学术纯正，被士林所雅重。他外和内贞，谙于世故。每与人谈论总能耐心启发，循循善诱。居家十余年，乐道人善，翕然尘外之乐，故能恩荣始终。
著有《雪窝稿》、《史阁纪闻》、《归田录》等。
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