何乔远，字穉孝，福建晋江人。生于明嘉靖三十七年(1558年)。父何炯，是泉州著名学者，著有《清源文献》。何乔远自幼颖异不凡，8岁时，其父以“乍雨乍晴天未定”为上联，命属对，何乔远即以“有麟有凤国将兴”答之。万历十四年(1586年)，中进士，选授刑部云南司主事，擢礼部精膳司员外郎，升仪制司郎中。其时，神宗欲封皇长子为王，何乔远上疏力争。同官陈泰来等因言事被谪，何乔远又抗疏救之。
万历二十年(1592年)，日本军队进攻朝鲜，陷其王京。次年，提督李如松率兵援朝，先胜后败，形势紧急。兵部尚书石星懦弱无能，反为日本请封贡，使日本侵略气焰更炽。朝鲜使臣金晬进京泣诉：李如松等贻误战机，致使朝鲜军民万余人死于战祸。何乔远据实上疏，指摘兵部失策；又疏陈历朝驭倭策略，主张出兵保护朝鲜，制止日本侵略，以伸正义。神宗颇为动心。终因石星坚持退让，何乔远主张未被采纳。后来，事态发展证明对日妥协失策，石星被逮，死于狱中。朝野人士都佩服何乔远的远见和胆识。
万历二十四年(1596年)，何乔远属吏写册封文本，漏了衔名，何乔远因坐“奏牍不恭”罪，被贬为广西布政司经历。次年，其妻温氏病故，乃请假回籍治丧，从此绝意仕途，家居20多年。何乔远回籍后，与郡守程朝京、窦子偁结为知交，但从不为私事请托，对于地方政事兴革屡有好建议。曾敦请官方支持重修一峰书院，又请宿儒郑孩如、唐见梅等来书院讲学；另在镜山下购置农舍数间，创立“休山书院”。万历四十年(1612年)起，致力于地方文献著述，开始纂《闽书》。万历四十八年(1620年)书成，共154卷。
何乔远居乡，声望日隆。万历四十一年(1613年)，其门生林欲楫到京，进谒大学士叶向高。问及何乔远为人，林欲楫道：“何师不讲道学，乃真道学。生平得力惟自誓、寡过，不求人知。”叶向高赞曰：“粹然君子也。”当时，有不少人举荐何乔远，都被弄权的宦官所阻。
万历四十八年(1620年)八月，光宗即位，起用何乔远，晋位光禄卿。天启元年(1621年)七月，何乔远奉命典试江西，阅卷认真，评选公正，还朝后添注为太仆少卿。其时，后金(清)兵已攻取辽阳，巡抚王化贞驻兵广宁，主张出击，与熊廷弼之议不合。首辅叶向高颇倾向王化贞，何乔远上疏，支持熊廷弼，主张严守广宁。有人讥何乔远迂腐。不久，广宁失守，人们服其灼见。
天启二年(1622年)，何乔远进左通政。五月，山东白莲教起义，不久被镇压。何乔远上疏请乘大捷之后，实行招抚赦宥政策，熹宗从之。此时“红丸”案发，事因鸿胪寺官员李可灼进献红色药丸，光宗服后暴毙，朝臣主张以“弑逆”罪处李可灼以极刑。何乔远援引孝宗处理李孜省、穆宗处理金倣二案为例，建议将李可灼免死戍边。众人以为何乔远的议论识大体，较为妥当。同年，左都御史邹元标创建首善书院以讲学，宦官魏忠贤指使给事中朱童蒙上 书弹劾，诬邹元标操纵舆论，请禁之。邹元标据理力辩，并求辞职。何乔远愤然上疏曰：“书院上梁文实出臣手”，若罢邹元标，自己“义当并罢”。不久，晋升为光禄寺卿。天启三年(1623年)，又擢为通政使。由于政敌权奸流言攻击，便力求辞官，终以户部右侍郎致仕。
何乔远回泉州后，在镜山泉山书院讲学，求学士子纷纷登门。宦官魏忠贤为收人望，曾多次示意招揽何乔远，但坚辞不就。纵横海上的郑芝龙对何乔远很敬重，曾令部下：“如潜兵入城，惟镜山前后十里勿动。”
崇祯二年(1629年)，朝廷又起用何乔远为南京工部右侍郎。上任后即上疏建议，开通镇江南湖，连接内河运输。思宗览表后，称赞何乔远“老成体国”，命其兼署户、工二部。何乔远又上疏，请求“清冗役，考仓期”，陈述经费致匮之由，并言“年输淮库20万金，非旧例”，思宗因而下旨按勘。但此举触怒一帮腐败官僚，逆纷纷上疏攻讦。何乔远见弊政无可救治，便主动引退。临行，又请开海禁，称“弭盗安民，莫先此举”。
崇祯四年(1631年)，何乔远病卒，思宗赐祭葬，并赠工部尚书。
何乔远一生著述甚丰，除《闽书》外，还有《名山藏》、《武荣全集》、《皇明文征》等书行世。