方君瑛，字润如，侯官(今福州市)人。出生于光绪十年(1884年)八月初三日。父亲方家湜，曾在其兄家澍任秀水县令时协助处理政务，后来到湖北汉口经营公信存转运公司，承办转运业务，自任经理，被称为是一个“有远识，教育子女得风气先”的开明人士。
方君瑛有堂兄弟4人，姐妹7人，她是二姐，声涛、声洞都是她的弟弟，君璧是她的小妹妹。方君瑛小时候没有念什么书，到10来岁时，伯父见她聪明好学，便送她到家塾里念书。不久，中国学生掀起留日热潮，在伯父的鼓励和资助下，年方17岁的方君瑛偕同寡嫂曾醒，携带孤侄贤俶与弟声涛、弟媳郑萌(字孟勤)于光绪二十七年(1901年)东渡日本留学。第二年，她的另一弟弟声洞也到日本学习军事。以后，声洞妻王颖又跟随声洞在日本学医。一家6人同时留学日本，一时传为佳话。
光绪三十二年(1906年)，她与同在日本留学的弟声涛、声洞、嫂曾醒以及弟媳郑萌、王颖先后都加入中国同盟会。
同盟会组织一个专司暗杀的实行部，由方君瑛任部长，参加的成员有吴玉章、黄复生、喻培伦、黎仲实和曾醒等人。黄兴在横滨设立制造0的机关，聘请俄国虚无党人为教授，以擅长化学的喻培伦为主，进行研制。方君瑛与当时一些女革命党人如秋瑾、陈撷英、林宗素、唐群英、蔡蕙、吴木兰等一大批人皆加入练习。
在积极参加革命反清活动的同时，方君瑛还不放弃学习在日本的留学课程。经过几年补习日文和基础课程，终于在光绪三十三年三月(1907年4月)考入日本高等女子师范学校专修科，经过4年学习，于宣统三年(1911年)二月毕业。其间，为了革命需要，她与曾醒几次回国从事革命活动。光绪三十四年(1908年)，她与喻培伦、黄复生、黎仲实、汪精卫、曾醒、陈璧君等7人组成暗杀团，试制0，因在日本试验困难，曾与汪、黄、黎、陈等到香港，密设机关于黄泥涌道。宣统元年(1909年)冬，汪、喻、黄、黎、陈等入北京谋刺摄政王载沣，方君瑛与曾醒偕同回国，留在香港作为后继。翌年，事败，汪精卫等被捕，君瑛、曾醒与南来的喻培伦等计划再举，进行劫狱，未能实现，又回日本。
宣统三年(1911年)三月，广州起义前夕，革命党人纷纷集中香港和广州，准备大举。方君瑛与曾醒、方声洞先后自日本返国进行筹备。她与曾醒先期到香港。当时她的异母弟方声涛在广西桂林清军兵备处任会办兼学兵营管带，暗中策应起义活动。君瑛、曾醒等受广州起义总指挥黄兴委派，“往来于香港、桂林间，持黄兴、赵声书”与方声涛、耿毅等革命党人“商响应，以便联成一气”。广州起义发动当日，君瑛、曾醒与胡汉民、黎仲实、陈璧君、李佩书等革命党人同船赶赴广州，抵岸闻起义已失败，城门坚闭，不许进去。他们曾设法潜入，未能成功，不得不连夜乘船返回香港。
在广州“三·二九”之役中，君瑛胞弟方声洞壮烈牺牲，其妻王颖留在日本千叶医学专门学校学习，已有孕在身，且又带一个才满周岁的儿子。君瑛立即从香港赶往日本，亲自照应。在王颖面前，她神色泰然，一如平日，竭力强制住内心的悲痛，不让王颖的情绪受到影响。同时，深以自己未能成为烈士而遗憾。随后，她又陪送王颖母子回国，同到汉口家里。
1912年，方君瑛回到福州老家，在福建女子师范学校担任校长。下半年，她与一批留法俭学会的学生同往法国留学。君瑛带着幼妹君璧，曾醒带着儿子贤俶以及弟弟仲鸣到法国巴黎附近的蒙得尔城。
方君瑛到法国后，由于不懂法文，故先用很多功夫攻读法文、法语，同时重视学习汉文。1915年春，她听说日本向中国政府提出的二十一条，将为袁世凯-政权所接受，极为愤怒，急冲冲辍学回国，希望通过自己的行动加以阻止。到达上海时，袁世凯已与日本侵略者办完出-家主权的交易，她既激愤又悲痛。这时正好父亲去世，回家匆匆办完丧事，便带着妹妹君琦一起去法国，继续自己的学业。这时她就读于波多铎大学，专攻一向爱好的数学。1921年秋，获得硕士学位，成为我国女留学生在法获得硕士学位的第一人。1922年回国。
方君瑛回国之时，汪精卫等正在广州筹办执信学校，邀她前往主持。但因陈炯明叛变，广东局势混乱，她无法前往，羁留在沪。由于军阀混战，连年兵荒马乱，人民颠沛流离，社会极其混乱，她感到非常苦闷。她为辛亥革命先烈经多年奋斗牺牲而缔造的中华民国竟陷入如此败坏的局面深感困惑，时而愤慨，时而消沉。为了摆脱心理上的困境，终于在1923年6月12日吞下大量-品，被发现后送至医院抢救无效，于6月14日逝世，年仅39岁。
方君瑛家中的兄弟姐妹一共11人，其中兄弟四人，姐妹七人，她排行第二。家族同辈中有六人都加入了中国同盟会，被称为“举族赴义”，七弟方声洞是黄花岗七十二烈士之一。