合肥区域的主要航道有南淝河、派河、丰乐河三条河流和滁河干渠(渠化航道)，通航总里程135.35公里。通航河流均发源于大别山余脉，自北向南各自形成“倒鸡爪”状通向巢湖。南淝河是历史上著名的漕运、军运要道，也是现代江淮之间的重要的水运通道。
通航河流流域区内，除盛产水稻、小麦、油菜籽、花生、银鱼、白米虾等农、水产品外，还有蕴藏丰富的石灰石、白云石、矾矿石、耐火土、瓷土等矿藏，为水上运输提供了丰富的货源。
南淝河航道(合裕航道上段)
南淝河古称施水，源于合肥西乡将军岭(今肥西县长岗乡)，流经合肥通向巢湖，全长65公里，流域面积1619平方公里。
南宋乾道七年(1171)，淮西帅郭振奉诏在南淝河旁拓合肥城池，在出入城区跨河处设东、西水关，将南淝水从西水关引入并与金斗河、包河、逍遥津和凤凰桥四水连网贯通，再由东水关流入南淝河。这一时期城内城外舟楫相通，许多商业店铺旁河岸而兴。明正德七年(1512)，庐州知府徐钰为阻止农民起义军进攻而下令堵塞西水关，使南淝河水顺护城河呈弧形南流，城内河道水源短缺，水量陡减，通航困难。明万历十七年(1589)，合肥地区大旱。合肥知县胡正享差人于城东3里处建“王公闸”，蓄南淝河上游水供市民饮用，利小船在城区航道上短途转运货物。清乾隆二十七年(1762)，庐州知府王宬主持修复闸坝，继续蓄水维护城内短途航运。由于石闸在大水期淹没于水下，曾撞沉外地来的不识航道的民船。清末至民国初年，城内航道逐渐淤浅断航，港埠被迫迁至东门外河岸。
南淝河属自然河流。河床沿低洼地势而下，弯曲狭窄，比降值小(1.44‰)，水流排泄不畅。历年洪水冲击的泥砂大都不能随水泄走而沉淀河底，加上长久无人治理，到1949年前后，不仅上河段不能通航，连中、下游35公里通航河段，亦出现了胡浅、中心沟、板桥、河前村、大瓦房、施口口门6处浅滩(总延长7公里)。此河一年只有8个月可通航50吨级船只，汛期可通航80吨级船只。每年枯水季节，施口口门露出4公里长的河滩。即使是20吨级以内的船只，进口门时也须减载后用耕牛拖过滩。1953年后，南淝河上游相继建起的董铺、四水、梅冲水库截流蓄水，使航道水减少。阜阳路桥以下河段、主要靠巢湖回水顶托通航，水深不定。1963年巢湖水利枢纽(大闸)工程建成，巢湖水位高程常年被控制在7米以上(吴淞基面，下同)，回水稳定，通航条件好转。只是董铺水库至阜阳路桥河段，因每日都有城区排人的300～400立方米生活垃圾、工业废屑和热电厂煤渣，使河底沉积物每年都要增高。尽管航运部门每年都要清淤10～12万立方米，但航道还是随着城市的发展而逐渐缩短。
1985年，南淝河阜阳路桥至芜湖路桥3公里航道，可季节性地通航40吨级的船只。芜湖路桥至巢湖入口处28.2公里航道，底宽25～30米，河底高程6.5米，常年水深1.5米以上，最小弯曲半径130米，属六级航道、七级风区、G级航区，可常年通航100吨级船只；高水位期300吨级船只可抵大兴港区。南淝河下游支流店埠河，起自肥东众兴，流经店埠、撮镇，至三汊河9公里河段，常年可通航60吨级船只。这是南淝河支流中唯一能与南淝河通航的等外级支流航道。
由芜湖路桥顺南淝河航道南下，经施口、巢湖、裕溪河直达长江的合——裕航道，汇集巢湖水系各支流航道，穿越肥东、巢县、无为、含山等县境，全长159公里，流域面积1.3万平方公里，是合肥水运的一条最佳经济航道，也是江淮之间重要的水运干线。
1985年南淝河航道跨河桥梁

1985年南淝河航道跨河输电线

派河航道
派河发源于肥西县中部周公山、李陵山区，由西北向东南横穿3个区(镇)8个乡，经上派、中派、下派于巢湖交汇，全长68公里，流域面积700平方公里。
派河原是肥西县境内自然的中型泄洪河流，上派大桥以上46.5公里河床较陡，滩多水浅，加上合安路上派大桥净空较低，碍航。上派大桥以下21.5公里河底高程5.5～6米，最低通航水位高程7.2米，枯水期水深1米以上，平均河面宽36米，航道宽15米，可季节性通航60～100吨级船只；枯水期口门水深0.3米，只可通航30吨级船只。
雨水季节，派河经常洪水泛滥，灾害两岸圩区。1987年11月，肥西县政府利用省政府投入的资金和县内自筹的资金计755.6万元，发动全县15万民工，用3个月时间完成了陈墩至下派河口段的裁弯取直工程，使上派大桥至入湖口21.5公里航道顺直为17.9公里。工程竣工后，这里平均河面宽130米，底宽40米，河底高程5米，过水量550立方米／秒。巢湖最低水位高程7.5米时，此航道水深仍能保持2.5米，达四级航道标准，属七级风区，可常年通航300吨级船只。
丰乐河航道
丰乐河发源于六安同霍山县交界的皮岭、小霍山等大别山支脉延伸地带。主河道从岩河水库经东河口、双河、桃溪、新仓、丰乐、三河等地，在大潭湾与杭埠河汇流，至新三河口汇入巢湖，全长118公里，流域面积2240平方公里。
丰乐河是六安、肥西、舒城三县接壤部分的划界河流。上游山区河床坡比较大，河窄水浅，不通航；下游河床平缓，为沙质底层，河面平均宽100米，主要依靠巢湖回水顶托通航。1954年前，桃溪以上至双河可通航15吨级以下木船，桃溪以下45公里道可常年通航30吨级木帆船。1960年后，桃溪以上流域公路运输发展较快，进出物资多转向陆运，水运被迫停止。桃溪以下航道，因承受上游随洪水冲泄下来的沉淀于河底的黄砂年复一年地增多，又没能及时疏浚维护，出现了14处浅滩碍航，枯水期必须减载运输。1970年后，地方把黄砂作为资源开采出来运销，年均输出量近30万吨，同时也起到了疏浚作用。经过10多年的采砂疏浚，下游河床被挖深，航道有所改善。80年代，桃溪至姚湾16公里河面宽108米，航道宽15米，最小弯曲半径220米，枯水深0.6～0.9米，每年6～8月可通航20吨级船只；姚湾至丰乐6公里河面宽140米，航道宽15米，最小弯曲半径220米，枯水深1～1.5米，每年5～10月可通航100吨级船只；
丰乐至新三河口
门河面宽88～110米，航道宽20米，最小弯曲半径450米，枯水深2～2.5米，可常年通航100～300吨级船只。桃溪至新三河口门年最大水位比降3.8～4米，最低通航水位高程7.2米(桃溪以上7.5米)，属C级航区，七级风区，六级航道标准。
滁河干渠航道
滁河干渠始建于1958年冬，西端于肥西县新民坝处与淠河总干渠相连接；东穿江淮分水岭——肥西县将军岭，沿岭南蜿蜒东进，经肥西县、合肥郊区、长丰县至肥东县袁河水库，全长96.41公里。1970年4月长丰县双墩港建成后，新民坝至双墩集40.65公里渠段即正式通航。通航干渠两堰多为土质，通航截面为梯形，上宽60米、底宽20米。每年4～10月开闸放水时，平均水面宽35～45米，水深2～3米，最小弯曲半径460米，系六级航道，可航行100吨级驳船拖队。11月至次年3月不通航。
干渠通航后，减轻了合——六公路运输的压力，节约了大量的运输费用。合肥至六安公路运距82公里，每吨货物运价14.76元；水路运距113公里，每吨货物运价7.7元。两相比较每吨货物水路运费较公路运费节约7.06元。1970～1985年，合肥向六安水运货物257万吨，共节约运费1814.42万元；航运收入1978.9万元，上缴税金161万元。