清光绪二十四年(1898)前，合肥辖区内没有专门从事客运的水运工具，只有短途送客的载人划子(俗名赤膊猴)。是年，芜湖利济轮船公司中的一艘“小火轮”首开芜湖——合肥航线，顺利抵达合肥。至此，合肥辖内水上始有轮船客运。水上长途货运以木帆船为主，短途转运货物用驳船。此后，辖区水运工具的发展相当缓慢，直到1958年开始实行轮船拖带，才使货运量加大，运速加快。1965年钢质客轮投入营运，客运安全有了保障。1981年钢质驳船加入货运，使水运工具又前进了一大步。至1983年，水运工具全部改以内燃机为动力，并逐步向大吨位、全钢质、拖带化方向发展，从而结束了依赖人力、风帆为动力的历史。
客运工具
清光绪二十四年(1898)，芜湖利济轮船公司首开合——芜航线的“小火轮”，系小马力木壳蒸汽船，约100客座、50吨级。此后，该公司加入合芜航线客运的还有“丰乐河”、“逍遥津”、“筝笛埔”、“濡须坞”、“大蜀”、“宣城”，“顺升”号客轮。民国22年(1933)芜湖的戴牛昌、源丰、泰昌三家小轮公司联合起来在合芜线与利济轮船公司竞争，先后投入客运的有“元泣”、“升安”、“熔利”、“熔昌”、“快安”、“大源”号客轮。这些客轮均为木质蒸汽轮船(以木炭、煤为燃料，系外燃机动船)，最大动力30马力，时速6公里，载客70～150人左右，载重21～54吨不等。民国35年，“久安”、“三友”、“明发”号开辟合肥——三河运客航线。这些小轮客位少，安全系数小。“久安”号仅能载客50人，时速8公里，平时两开三停，常行到巢湖中抛锚修理。旅客为此编了顺口溜：“久安小火轮，实在害死人；船到巢湖心，浪打就要沉，不抵大腰盆。”
1949年新中国成立后，皖北巢湖永丰公司，接收私营“新生”、“庆利”、“韩信”、“项羽”、“湖滨”号客轮从事客运。其中“新生”号总吨位24.39吨，计28.8马力，载客102人。1952年皖北内河轮船运输公司组建客运船队，调入从解放诲南岛退役的8艘同型号双机大板船，承担合肥辖内水上客运。此船长26.6米、宽5.36米、深2米，吃水1.5米，安装2台美国产海格力斯28.8马力发动机(后换成国产80马力的4135柴油发动机)，载重80吨，载客约150人，时速5～7公里。1958年下水加入客运的“皖青”号本质客轮，长19.4米、宽4.1米、深1.45米，吃水1.1米，安装80马力的4135柴油机1台，载客125人，载货10吨，时速10～12公里。
1965年，合肥辖区内加入客运的第一艘钢质客轮“皖扛号”，总长27.5米、型宽5.95米，型深1.9米，吃水深1米，安装2台240马力6135柴油发动机，载客288人，时速15公里。相继下水的还有“皖明”、“皖建”、“皖章”、“皖航”等钢质客轮，载客都在200人左右，逐步取代了木质客轮。为适应内河浅水航行需要，钢质喷水客轮“皖江”号于1970年投入运营。其长27.5米、宽4.6米、深1.2米，最大吃水仅0.7米，安装有120马力的6135型柴油发动机1台，载客170人，时速16公里。1980年由省交通厅科研所设计、巢湖船厂建造的全国第一艘科研汽垫客轮，系玻璃钢船体，主机300马力，载客20人，时速37.5公里，性能稳定，填补了我国水路客运工具的一项空白。后因南淝河航道弯窄，船多易阻，其功能不能发挥，而转卖给江西作旅游船。1985年板桥村几户村民联合买了1只水泥挂桨机客轮在南淝河搞短途客运。
1985年，在合肥辖区内担任长途客运任务的有5艘钢质客轮，1025客位、600匹马力；进行短途客运的有3艘钢骨水泥客轮，257客位、60匹马力。至1987年，在合肥辖区内担任长途客运任务的仍是皖江轮船运输公司的客轮；从事短途客运的水泥客轮还在延用。
货运工具
民国初年，各地遍设厘金关卡，在合肥水域从事货物运输的木帆船，主要有巢湖船(又名焦湖船)和摆江船。这两类船系为隐藏运量而建，口小肚大，载重时大肚子藏在水里，使关卡难以查出实数而减少纳税，但航行慢又不易装卸。20世纪30年代，因民国政府撤去厘金关卡，货物从散装发展到包装，从而使船体长、轮面宽、易于装卸、航行较快的黄艄船和驳船产生。民国26年(1937)，合肥水域各类货运船只有425艘，计11117吨位。日本侵略军占领合肥期间，封锁了河道湖泊，使长期不能营运的木帆船腐烂损坏严重；到抗战胜利时，能使用的船只仅存131艘，计3751吨位。此后，水上货运逐渐恢复。1949年中国人民解放军渡江作战前，虽然船只遭国民党的破坏，但解放军战勤司令部仍集结各类民船共370余艘参加支前。
1956年，合肥水域私营木帆船已发展到992艘、13588吨位。合肥航管部门根据党的政策将这些船只组织起来运输，决定将30吨级以上的船只编入公私合营船队，将30吨级以下的船只编入各运输社。1958年学习苏联“一列式拖驳运输法”，合肥航运公司率先购买一艘木质拖轮进行拖带运输。此后，运输部门又陆续添置了8艘木质拖轮和2艘水泥拖轮，并将18吨级以上的木帆船改建成驳船，变张帆运输为拖带运输。随着拖带量的加大，1970年后新的钢质拖轮逐步取代了木质拖轮和水泥拖轮。60年代末至70年代初，木材和桐油短缺，价格又高，原有的木拖驳无力及时维修保养。1973年，合肥航运公司船厂采用省交通厅水泥驳船图纸建造的水泥驳船陆续下水，虽然缓和了运力下降的趋势，但船身笨重事故较多。1981年航运部门首批购置16只、计1010吨位的钢质驳船，既坚固耐用，又经济安全。一些未编入拖带运输的木质船和水泥船，陆续装上了挂桨机(即柴油发动机)，既减轻了劳动强度，又提高了航行时速。到1983年底，合肥水域扬帆运货的历史基本结束，货运机械化初步实现。
1985年，在合肥水域常年从事货运的船只有拖轮20艘，计3135马力，其中钢质15艘2440马力；驳船183艘，计11390吨位，其中钢质88艘7472吨位；挂桨机船336只，计8142吨位、4668马力。1987年有拖轮22艘，计3310马力，其中钢质16艘2625马力；驳船158艘，计13188吨位，其中钢质122艘11302吨位。大多数木质驳船已被钢质驳船所取代。
木帆船
巢湖船(又名焦湖船)：板厚梁密，结构坚固，型长、底宽肚子大，舱口窄小。如20吨级船，长15.3米、宽3.8米、深1.1米，吃水0.85米；平均日航60～70公里，抗风3～4级。
摆江船：板厚梁密，船型短，肚子大，舱口短窄，阻力大，航行慢。如20吨级船，长14.5米、宽4米、深1.15米，吃水0.9米；平均日航约60公里，抗风3～4级。
黄艄船：船体长，舱面宽，头小，尾梢高，装卸方便。如20吨级船，长16.5米、宽3.4米、深1.01米，吃水0.85米；平均日航70公里左右，抗风4级。
驳船：船体长，宽大扁浅，易装卸。如20吨级船，长16.3米、宽3.6米、深1米，吃水0.8米；张帆日航70公里左右，撑篙摇橹日航30公里左右，抗风3～4级。
跳驳船：头大尾小，板薄质轻，结构简单，宜浅水航行。如10吨级船，长14米、宽2.1米、深0.7米，吃水0.55米；抗风3级。
木质拖轮：“卫星1号”木质拖轮，长21米、宽5米、深1.4米，排水量50.5吨。安装有4120型柴油发动机2台、120马力，每马力可拖带3吨；时速5公里，抗风4级。
“合拖3号”木质拖轮，长21.8米、宽5.5米、深1.43米，排水量66.15吨。安装有4135型柴油发动机2台计160马力，每马力可拖带3.5～4吨；时速6公里，抗风5级。
钢骨水泥质拖轮：长13.5米、宽3.64米、深1.4米，排水量20.27吨，安装60马力4120型柴油发动机1台，每马力可拖带3吨；时速4～5公里，只限在南淝河航行。
钢质拖轮：“安拖1号”钢质拖轮，长20.3米、宽4.5米、深1.9米，排水量48.04吨；安装有增压6160型柴油发动机1台、185马力，每马力可拖带7吨；时速7～8公里，抗风5级。“合拖5号”钢质拖轮，长19.7米、宽4.3米、深1.4米，排水量35.8吨；安装有4135型柴油发动机2台、160马力，每马力可拖带3.5～4吨；时速6公里，抗风4级。
驳船
木质驳船：1961～1985年，市航运部门自造和改造木拖驳260只、6326吨位。其中自造的50吨级木拖驳，长20.5米、宽4.6米、深1.5米，吃水1.2米，抗风4～5级；改造的71吨木拖驳，长23.35米、宽5.5米、深1.4米，吃水1.3米，抗风5级；改造的30吨级木驳船，长17.1米、宽4.1米、深1.1米，吃水0.9米，抗风4级。
阴阳驳船：将部分难以维修的木拖驳船外层钉上钢网，糊上水泥，再使用10年左右报废。
水泥驳船：为合肥水域过渡性船舶。1973～1981年，合肥航运部门共自造水泥驳船3只、1770吨位。其中55吨级水泥驳船，长20.45米、宽4.45米、深1.5米，吃水1.2米，抗风4级；半甲板60吨级水泥驳船，长21米、宽5米、深1.3米，吃水1米，抗风4级。
钢质驳船：合肥水域1985年参加航运的钢质驳船有88艘、7472吨位。至1987年增至122艘、11302吨位，占驳船总吨位的64％。其中65吨级钢驳，长21米、宽4.5米、深1.6米，吃水1.4米，抗风4级；85吨级钢驳，长22.2米、宽4.8米、深1.8米，吃水1.45米，抗风5级；127吨级钢驳，长27.6米、宽5.7米、深1.7米，吃水1.4米，抗风6级。
挂桨机船
1983～1986年，合肥水域的挂桨机船增加较快，且多为个体(联户)运输者所拥有。他们一般在船上安装12马力S195型柴油发动机，吨级在40以下安1台，40～80安2台，80以上安3台。