建国前，合肥水域航道的养护范围小，局限性大。在进行疏浚治理时，施工者首先考虑农田灌溉和防洪排涝，其次才考虑航运。40年代，部分航道始有助航标志。建国后，人们的航道养护意识增强。1953年，省政府投资，发动民工对南淝河进行一次大规模的治理疏浚。1955～1962年，航道养护主要靠沿河社队、船员分段包干；省政府拨给的有限资金，只能集中用到重点疏浚工程上。1963～1973年，政府拨给的资金较前增多，航道养护靠“社办公助”。从1973年4月1日起，省航管部门指示各地航管部门代征航道养护费，实行“以航养河”。航道由人工疏浚发展到机械疏浚，并常年保持6级标准。
航道疏浚
南淝河航道疏浚民国18年，省政府建设厅组织力量疏浚了施口至南淝河上游7华里长的淤滩。同年冬，民工扒河填施口圩，南淝河施口段航道随之加宽6米。民国24年，省建设厅水利工程处疏浚了施口口门，清理了合肥“王公闸”上的淤滩和闸下的各处埂坝，使南淝河航道可季节性通航。枯水期，船民采用压船头、吊船梢、下水推船、减载等办法，勉强维持航行。
1953年2月，南淝河疏浚委员会成立，疏浚工程开工。肥东、肥西、无为县派出区乡于部率领2万多民工，分赴合肥和施口两个施工所，对合肥城东门外至施口30.5公里长的南淝河航道，首次进行大规模人工疏浚；并在雨花桥以下裁弯取直辟新河800米。整个工程历时16个月，共完成土方49.136万立方米。
1955～1962年，航道管理部门分别对合肥港区、胡浅、板桥等弯曲河段和施口口门，按(南淝河)底宽20米、高程6米的标准进行疏浚。同时期南淝河沿线社队民工清淤土方7291.5万立方米，捞砂4860吨，清理木桩1600根、块石1229吨，打捞沉船4艘，筑蓄水坝12道(分段抬高水位)，保障船舶正常航行。
1964年5月，省航道工程处首次使用机械疏浚施口口门凸滩，人工开挖航槽2.1公里，完成土方33580立方米，清除石块15吨、生铁2.5吨、木桩40余根，使航道底宽达30米，高程5.7米。1966年2月底，省政府投资80万元，按六级航道标准，自合肥市东门外至施口口门，采用机械和人力相结合的办法对南淝河进行规划性疏浚治理，共完成土方510598立方米。完工后航道弯曲半径不小于150米(市区受建筑物限制不小于120米)，河底宽25～35米，底标高5.7米，坡比1∶1.75～1.25。1968～1977年，省航道管理部门先后多次组织疏浚合肥港区和施口口门的航道。
1978～1979年，由省航道工程处调动6艘抓斗机船和吸扬式挖泥船，对合肥市水西门至胡浅10公里长的南淝河航道进行大规模机械疏浚。工程用资114.5万元，共清挖疏浚土方量46.05万立方米。此后连年年平均清淤土方4万立方米。1984年省航道管理部门集中资金115万元，为南淝河清淤3.236万立方米，使施口口门高程保持在5～5.5米之间，港区航道高程在5.5～6.2米之间，枯水季节航道水深达1.5米以上，100吨级船舶可常年通航。1973～1985年，南淝河经过机械疏浚，共清淤土方125.11万立方米。1986～1987年，清淤土方23万立方米。即使在枯水季节，航道也可通行300吨级船舶。
丰乐河航道疏浚民国21年前，丰乐河和杭埠河水中所含的大量泥砂曾淤塞三河口门(老河口西汉)，造成航道大范围改道。每遇枯水期，运输船舶必须在三河口门多次停航，过驳转载。1952年国家投资12亿元(旧人民币)，投入150万工日，在三河镇至新河口(东汊)14.5公里地段上，对丰乐河进行人工疏浚，共挖土方30万立方米，以维持丰乐河航道通航。此后数年，新河口口门成为丰乐河航道疏浚的重点。每年枯水季节，施工人员在航道上打坝蓄水，提高水位，使航船采用过驳转载的办法可以通过口门。
1957年，三河——新仓19公里长的丰乐河航道枯水见底，航管部门共投入4.8万个工日在新河口开挖土方7.2万立方米。1961年，因新河口(东汉)历年受巢湖回淤及丰乐河、杭埠河泥砂双重淤积，将口门河底河床抬高，运输船舶只好改驶已经过疏浚的老河口(西汊)。
数年后，三河口门(西汊)又淤塞。1968年，省航运局勘测设计队提出整治与疏浚相结合治理西汉的设计方案。1970年，省政府投资20万元，沿1965年定线航道疏浚航道底宽30米、槽长2700米，并在航道左侧筑一道1000米防浪挡回淤的石堤，利用天然屏障——孤山阻止泥砂回淤。至1978年，此段航道的通航系数值一直比较稳定。1979～1980年，航道管理部门对新河口实施机械疏浚，挖淤砂1.35万立方米。嗣后，虽年年对长达3公里长的浅河段屡屡挖淤，但每逢枯水期客货船仍常在此处搁浅。1968～1985年间，三河——新仓19公里长的航道历经清淤捞砂720万吨，终于清除了浅滩，拓宽挖深了航道，使该段航道能保持通100吨级的船舶。1986～1987年，航管部门连年对新河口航道进行疏浚，使该航道达到六级航道标准，可常年通航。
派河航道疏浚1955年前，肥西县境内的上派至下派22公里长的派河航道淤积严重，一直没有疏浚，仅能在夏秋季节里通航木帆船。1955年冬至翌年春，政府投资8万元，组织投入100万个工日，首次对这段派河航道进行大规模疏浚。施工者将河床挖深1米，挖土方20万立方米，变派河季节性通航为常年通航。1965年，航管部门组织500名船员，对下派口门1公里长的航道进行疏浚挖淤1万立方米，使派河枯水期木帆船也可通航。至1987年，因派河流域水运量小，肥西县政府筹集资金755.6万元(含自筹资金)并组织15万民工，对自上派大桥至下派人湖口22公里长的航道，进行裁弯取直、拓宽加深。工程历时3个月，共完成土方540万立方米，使航道缩短为17.9公里，河底平均宽40米，河底高程5米，河面宽130米，可常年通航300吨级船舶。
航标设置
民国34前，合肥水域的河流、港汊、航道均无助航标志。船民每次扬帆启航前，都要杀牲祭湖、烧香拜佛，祈求保佑，还要凭观测风云和水情，驾船昼行夜停。施口、三河等口门处，船民自发地埋设了木桩，以便在入夜时将一盏盏防风豆油灯点燃(俗称“天灯”)，然后挂在桩头，引导船只夜晚进港。凡在此停泊的船民，须交纳灯油费。
1950年，航运部门在施口和三河口门处的湖面上设置了三角浮鼓导航标，在口岸处设置了木制简易灯塔和台风信号塔，并派专人管理。枯水季节，采用插竹标的办法导航。1954年南淝河和丰乐河水漫河堤，沿河两岸一片汪洋，航道淹没难辨。为此，航运部门除在河口处增设三角浮鼓外，还在航道旁设置了1100余根导航旗标。1955年2月，在施口等口门处设置了风候气象收音站和台风信号塔，并在浅滩处设立航标。
1959年12月，航运部门将施口和三河两口门的导航灯塔，由煤油充气灯导航标志改为蓄电池闪光灯导航标志。1960年，在铜陵路货场处建船舶进口信号塔一座，在施口、三河口门、合肥港和三河港等地增设了一批闪光灯，初步实现了航标电气化。1961年6月，市航运局首次配备航标艇一艘，向三河和新河站派驻航标划子各一艘；将施口和三河口岸的灯塔、导航标、风汛标杆由木质换成钢质结构；在南淝河、丰乐河和派河内滩弯道处插置棒标1500余根，架导航、风汛信号杆20余处；在施口和三河口门外沿湖面航道上，增设11座浮筒式蓄电池闪光灯航标。1964年，市航运部门派航标船巡检航标航灯共128个航次。1980年，将施口外沿巢湖湖面航道上的4座导航塔改为钢筋混凝土结构。1987年，配备一艘航标艇专门维护管理巢湖西部施口、下派、三河口门等处的助航标志。