清光绪年间，合肥河下码头出现了行帮形式的“船行”。行内的把头把持着水运物资的配载业务和装卸业务，盘剥船民。
民国23～24年，省公路局船舶管理处在三河、施口设稽征所，征收船税；省民政厅在巢湖设立公安总队，名为保护船民和商人免遭水匪掠劫，实为敲榨勒索。同期，合肥公路局成立。局内设航运处(组)，编制1～3人，实际无人视事。
1949年2月，合肥港临时船舶管理所成立，隶属战勤司令部民力处，负责集中船只、船民参加运输，支援解放军渡江作战。1950年，合肥轮船营业站成立，隶属皖北轮船公司三河分公司领导，办理轮船客运业务。同时，合肥航管组成立，隶属巢湖航运管理局三河航运管理所。1951年，合肥航管组改为航管站，三河航管所改为航运办事处，隶属芜湖内河航运管理局领导。1953年8月，合肥水域的航管、联运、轮运联合办公，挂三河航运办事处一块牌子，属芜湖内河航运管理局、芜湖内河轮船运输分公司双重领导。1954年，三河联运营业站撤销，其职工与所属业务划归三河航运办事处。至此，三河航运办事处辖有合肥航管站、合肥轮船营业站和上派、白山、七里河、桃溪航管组以及施口航运代办站，管理巢湖北岸芦席咀以西、环湖至南岸白山口门一片(含这一片各汊河港站)的航运业务。1955年，该办事处将所辖的大小船只，按吨位编成船队或组。1956年完成所辖水域内私有民船的社会主义改造工作，建立了初级运输合作社。至1958年底，这些初级运输合作社归并为高级运输社。
1959年9月，合肥市航运管理局成立，隶属市人民委员会，管辖范围扩大到巢县、散兵、庐江。局下设合肥航管直属站。1961年4月22日，遵照省交通厅“水系统一，有利运输”的指示，合肥市航运管理局更名为安徽省交通厅巢湖航运管理局，负责对巢湖水系轮、驳船运输的管理和对木帆船的统一指挥与调度。内设秘书、人保、运输、计财、机务、航管等11个科室，下辖营业部(由直属站更名)、装卸队、服务所、船队、船修厂、畜牧厂，1个航办处(巢县)，3个甲级航管站(和县、庐江、三河)，4个乙级航管站(运漕、无为、散兵、忠庙)，8个丙级航管站(施口、板桥、新河、槐林、东关、黄雒河、白山、雍家镇)，计22个单位、853名职工。
1962年，巢湖航运管理局改为皖江航运局巢湖分局。局机关设在合肥。其管辖范围缩小，下属机构也有变动，只管辖3个甲级航管站(合肥、庐江、巢县)、2个乙级航管站(忠庙、散兵)、6个丙级航管站(施口、板桥、槐林、东关、白山、缺口)。无为、运漕、雍家镇、黄雒河航管站和船队、船厂、服务所归芜湖分局管辖；三河航管站及其下属单位的行政人事归淮河航运局六安分局管理，业务、航监(政)仍由巢湖分局代管。1964年底，巢湖分局根据国务院关于试办长江“托拉斯”的指示精神迁往巢县，仅留合肥航管站管辖合肥港口。
1970年，合肥航管站在航运体制调整时又改为合肥航运办事处，辖合肥港口和施口、板桥3个乙级站。
1975年，根据中央关于调整长江航运体制的指示精神，11月1日，合肥市航运局成立(合肥航办处撤销)，下辖施口、板桥站。翌年初，原六安地区航运局管辖的双墩集港划归合肥局领导。
1981年，合肥港口作业区成立，6月份正式挂牌对外开展工作。1983年，肥西县从六安专区划归合肥市领导，随之三河航管站归属合肥市航运局管辖，并被改称为肥西县航管站(甲级)。
1985年7月1日，大兴港正式开通投产；大兴航管站(甲级)成立。是年，合肥市航运局内设党委、纪委、团委、工会等党群组织和政工、保卫、航政、港埠、运管、计财、办公室等职能科室；下辖合肥港务管理处(由作业区更名)，大兴、肥东、肥西3个甲级航管站，板桥、施口、塘西、上派、新河、丰乐6个乙级管理站。
运输管理
1949年前，合肥港口码头上的大小封建把头把持着运力配载、货物装卸和运费结算。他们对民船收取10～15％的行佣，随意抽取码头工人的力资，并私设公堂非法处置船民和装卸工。客运票价，名义上由同业公会议定，明码划一，实则视客流量多少随时涨落。
1950年合肥轮船营业站建立后，大小“把头”被清除。1952年，合肥航管站组织船民开展“保质保量”的爱国运输运动，教育引导船民抛弃封建遗规。翌年6月合肥航管部门在支援南方一批物资的抢运中，总结出按航线定船只的营运管理经验。11月，执行《交通部关于航务工作的指示》中所规定的“统一计划、统一货源、统一运价”的“三统”水运管理政策，引导船民走社会主义计划营运的轨道。其间，航管部门对船舶调度实行经验管理，即按船只到港先后为序安排运输。1955年，合肥航办处在执行国家“三统”政策的同时，经常抽人到本市各工厂和马鞍山、六安、庐江、舒城等市县的工矿企业进行调查，联系货源，签定产、运、销三角合同，执行先国营、后集体的配载政策。自1955年起，推行“船舶运行作业图”，将装、运、卸反映在一张表格上供调度人员掌握调船。1957年后，调度员昼夜值班，对木帆船实行定线、定量、定期、定船的“四定”调度办法，煞住民间欺行霸市歪风。
1958年，上级规定20吨级以内木帆船不准出航长江，而合肥港15吨级以内的木帆船居多，导致货物难以快速运转。为此，合肥航办处提请上级将规定修改为10吨级以下木帆船不准出航长江，从而提高了船舶的利用率。1959年，市航运局开辟了丰乐河下游黄砂运输线，既减轻了忠庙砂场的压力，又充分发挥了运输效率。1963年，皖江航运局巢湖分局在组织贯彻“面向农村，面向支流小河”运输方针的同时，积极组织承包，精简机构，使运量和信誉都有提高。1965年，该分局针对辖区集体水运企业出现亏损的局面，采取“两赶”(赶本企业历史先进水平、赶省内先进水平)、“三消灭”(消灭亏损、消灭重大恶性事故、消灭部分经济指标低于本企业历史水平)等措施，组织开展“比、学、赶、帮、超”活动。分局书记带领工作组深入港站分工把守，使企业扭转了亏损被动局面，盈余2.34万元。
1971年，合肥航办处在“保货主、保重点”的运输方针指导下，一方面采用“抓人头，促码头，加快船头”的措施，使船舶停港时间由过去的1.5天缩短到1.1天，使船舶周转率提高27％；另一方面派员到皖南山区组织货源，扩大水陆衔接运输。翌年，该处坚持日生产例会制度，着重落实“当天到船，当天卸空、当天装齐、当天发船”措施，加快货物周转。1975年，合肥地区干旱，所辖支流小河几乎全部断流，巢湖水系的船只多集中于合肥港待货。航办处一面积极组织货源，加开合肥至上海和合肥至彭泽的航班，拓展长江各点的业务往来；一面坚持24小时调度值班制度，做好船舶预报和作业计划，采取大小船只衔接运输的方式，消除了“跑中间、窝两头”的现象。
80年代水运市场开放后，市航运局将运管权力下放，认真执行“谁经营、谁管理”的政策，从此船舶有了开拓业务的自主权。船员、船民可以自己联系货源，自行运输，自行与承运方商量运价(在额定值的基础上上下浮动30％)，使水运市场活跃，使“三统”管理方式改变。
1985～1987年，市航运局在做好运管工作的同时，着重为企业进行有效运输当好参谋、搞好服务，派人到霍山、六安、金寨、肥东、肥西、舒城等县和外贸、粮油、工矿部门，了解货源信息并反馈给各水运企业，积极发展联运业务。
航政管理
1949年，政府对合肥航政实行军管。1951年，航管部门派员对合肥辖区内私营的木帆船进行检验丈量，建立船舶进出口签证(登记)等航务运输管理制度。1952年后，合肥航政部门设专职管理员，对船只航行、停泊区域、航区秩序和港区岸线使用实行监督管理，保障航道畅通。1956年在对工业、农业、手工业进行社会主义改造中，合肥航政部门一方面对船只进行分类编排，协助有关部门将合肥水域船只分别编入公私合营船队和运输社实行运营统筹；另一方面督导船员订立保质、保量、保时、保安的“四保”公约。1963年后，航政管理人员坚持做到有七级风汛时不给轮船签证出港，有六级风汛时不给木帆船签证出港，保障航运安全。1975年，根据南淝河航道状况，对船舶出港，枯水季节竹、木筏进港，货船装卸等都作有具体规定，以保证运输秩序。
80年代水运市场开放后，沿河、沿湖部分农民利用国家贷款和自筹资金买船参加运输。合肥航政部门针对个体(联户)船主中较为普遍存在的只注重经济效益、忽视安全营运的思想，一面向他们宣传《内河避碰规则》，一面出航监艇查处所管水域客货混装、超高超宽、无证无照、设备不全、逃避规费征收等违章的运输船。1982年，开始建立船舶档案，掌握辖内所有船舶的吨位、马力、类型、质量数据，拍摄船体外型照片，填写《船舶检验证书》；对符合运营标准的船只发给《航行证书》，并根据船质确定其行驶的航区。航政部门还多次举办农、副、渔运船驾长培训班，组织船员学习水运规则、航道识标、驾驶技术、机械知识和水运业务常识，为其中考核合格者发《驾长证》，准予其驾挂桨机船航行。规定新入户的无证驾驶人员，需经初步辅导，之后发学习期临时驾驶证和有关参考书籍，待6个月期满再行考核发证。1983年，市航运局制订并实施《南淝河航行规定》、《合肥港区管理办法》。规定进港船队在合肥郊区义兴乡关镇以上航段不准超越、放长缆拖带，到港后一律先在停泊区停泊、报到，由现场调度人员安排船只进港区装卸货物；港区内不准船只超出双帮停靠(其最外点距河岸不得超过12米)，严禁船只多帮超宽、编队超长和解帮；竹木牌筏在大水期进入港区，长不得超过120米、宽不得超过12米，枯水期进港减半，如进入专用码头需按限期将货卸完。
至1985年底，合肥航政部门共举办驾长培训班14期，纠正违章行船4060余次，批准250余只适航挂桨机船悬挂船籍港号牌投入营运。
1987年，市航运局在大兴集以南、傍南淝河处设立固定检查站纠正违章，查补规费，举办船员培训班。是年8月25日，协助市交通局筹备召开了合肥地区乡(镇)客(渡)船安全工作会议，研究制订加强乡镇客(渡)船管理措施。
乡镇船舶管理
1977年前，合肥郊区乡镇的渡船和小型扒砂船(无舱、无帆、无机械动力)，基本上处于自流状态。1978年，市航运局始对沿河各小型渡口的渡运船进行安全检查，发现南淝河一线出现了几只乡镇运输船舶。到1982年，乡镇运输船舶增多，引起交通管理部门的关注。1984年郊区交通局成立始伊，即派出专人协助市航运局加强乡镇船舶管理。1986年5月12日，市编委批准组建郊区农渡船管理站(1988年更名为合肥郊区乡镇船舶安全监督管理站)。该站编制5人，行政属郊区交通局领导，业务受市航运管理局指导。1986年在巢湖路雨花桥西二里河建站房5间、147平方米。
1988年，该站因改造二里河工程需要而拆迁，又投资15万余元在水厂桥东南300米处购地1646.7平方米，建二层办公楼8间、265.14平方米及其附属建筑。是年，对所辖渡口和各类运输船舶进行普查、登记建档、审验考核、发证、年审，还协助市航管、司法部门处理各类行船事故及案件。1988年6月，《合肥市郊区乡镇船舶安全管理试行办法》实施，乡镇船舶管理工作逐步走向法制化。